在营建中都时，刘基曾持反对的论调，以为“凤阳虽帝乡，非建都地”（《明史》卷一二八《刘基传》）。八年四月罢营中都（《明史》卷二《太祖本纪》二）。
洪武十一年（1378）以南京为京师（《明史》卷四〇《地理志》一）。太祖对于建都问题已经踌躇了十年，到这时才决定。可是为着要控制北边，仍时时有迁都的雄心。选定的地点仍是长安、洛阳和北平。当时献议都长安的有胡子祺：
洪武三年以文学选为御史，上书请都关中。帝称善，遣太子巡视陕西。后以太子薨，不果。（《明史》卷一四七《胡广传》）
他的理由是：
天下形胜地可都者四。河东地势高，控制西北，尧尝都之，然其地苦寒。汴梁襟带河、淮，宋尝都之，然其地平旷，无险可凭。洛阳周公卜之，周、汉迁之，然嵩、邙非有崤函、终南之阻，涧、瀍、伊、洛非有泾、渭、灞、浐之雄。夫据百二河山之胜，可以耸诸侯之望，举天下莫关中若也。（《明史》卷一一五《兴宗孝康皇帝传》）
皇太子巡视陕西在洪武二十四年。则太祖在十一年定都南京以后仍有都长安之意。皇太子巡视的结果，主张定都洛阳：
太祖以江南地薄，颇有迁都之意。八月命皇太子往视关、洛。皇太子志欲定都洛阳，归而献地图。明年四月以疾薨。（姜清《姜氏秘史》卷一）
郑晓记此事始末，指出迁都的用意在控制西北：
国朝定鼎金陵，本兴王之地。然江南形势终不能控制西北，故高皇时已有都汴、都关中之意，以东宫薨而中止。（《今言》卷二七四）
《明史》记：
太子还，献陕西地图，遂病。病中上言经略建都事。（《明史》卷一一五《兴宗孝康皇帝传》）
是则假使太子不早死，也许在洪武时已迁都到洛阳或长安了。又议建都北平：
逮平陕西，欲置都关中。后以西北重地非自将不可，议建都于燕，以鲍频力谏而止。（《春明梦余录》卷一）
何孟春记鲍频谏都北平事说：
太祖平一天下，有北都意。尝御谨身殿亲策问廷臣曰：“北平建都可以控制边塞，比南京何如？”修撰鲍频对曰：“元主起自沙漠，立国在燕今百年，地气天运已尽，不可因也。南京兴王之地，宫殿已完，不必改图。传曰：‘在德不在险也。’”（《余冬录》卷二）
明太祖晚年之想迁都，次要的原因是南京新宫风水不好。顾炎武记：
南京新宫吴元年作。初大内填燕尾湖为之，地势中下南高而北卑。高皇帝后悔之，二十五年祭光禄寺灶神文曰：“朕经营天下数十年，事事按古有绪。维宫城前昂后洼，形势不称，本欲迁都。今朕年老，精力已倦。又天下新定，不欲劳民，且兴废有数，只得听天。惟愿鉴朕此心，福其子孙。”（顾炎武《天下郡国利病书》卷一〇三《江南》一）
由此看来，从洪武初年到二十四年这一时期中，明太祖虽然以南京作国都，可是为了控制北边的关系，仍时时有迁都的企图。迁都到北边最大的困难是漕运艰难，北边硗瘠，如一迁都，则人口必骤然增加，本地的粮食不能自给，必须仰给东南，烦费不资。次之重新创建城地宫阙，财力和人力耗费过多。懿文太子死后，这老皇帝失去勇气，就从此不再谈迁都了。
三 封建诸王
洪武二年四月编《祖训录》，定封建诸王之制（《明史》卷二《太祖本纪》二）。在沿边要塞，均置王国：
明兴，高皇帝以宋为惩，内域削弱，边圉勿威，使胡人得逞中原而居闰位。于是大封诸子，连亘边陲。北平天险，为元故都，以王燕；东历渔阳、卢龙，出喜峰，包大宁，控塞葆山戎，以王宁；东渡榆关，跨辽东，西并海被朝鲜，联开原，交市东北诸夷，以王辽；西按古北口，濒于雍河，中更上谷、云中，巩居庸，蔽雁门，以王谷若代；雁门之南，太原其都会也，表里河山，以王晋；逾河而西，历延、庆、韦、灵，又逾河北，保宁夏，倚贺兰，以王庆；兼殽、陇之险，周、秦都圻之地，牧垧之野，直走金城，以王秦；西渡河领张掖、酒泉诸郡，西扃嘉峪，护西城诸国，以王肃。此九王者皆塞王也，莫不敷险陿，控要害，佐以元戎宿将，权崇制命，势匹抚军，肃清沙漠，垒帐相望。（何乔远《名山藏》卷一《分藩记》）
在内地则有：
周、齐、楚、潭、鲁、蜀诸王，护卫精兵万六千余人，牧马数千匹，亦皆部兵耀武，并列内郡。（同上）
洪武五年置亲王护卫指挥使司，每府设三护卫（《明史》卷九十《兵志二·卫所》）。护卫甲士少者三千人，多者至万九千人（《明史》卷一一六《诸王传序》）。王国中央所派守镇兵亦得归王调遣：