天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石。以山西言，存留百五十二万石，而宗禄三百十二万。以河南言，存留八十四万三千石，而宗禄百九十二万（《明史》卷八二《食货志》六）。
不得已大加减削，宗藩日困（《明史》卷一〇〇《诸王世表序》）。枣阳王祐楒“请除宗人禄，使以四民业自为生，贤者用射策应科第”，不许（《明史》卷一一九《襄王传》附《枣阳王传》）。万历二十二年（1594）郑靖王世子载堉请许宗室皆得儒服就试，毋论中外职，中式者视才品器使（《明史》卷一一九《郑王传》），从此宗室方得出仕。国家竭天下之力来养活十几万游荡无业的贵族游民，不但国力为之疲敝不支，实际上宗室又因不能就业而陷于贫困，势不能不作奸犯法，扰害平民，这也是当时创立“祖制”的人所意想不到的。
成祖削藩的结果，宁、谷二王内徙，尽释诸王兵权，北边空虚。按照当时的情势，“四裔北边为急，倏来倏去，边备须严。若畿甸去远而委守将，则非居重取轻之道（章潢《图书编》卷三三《论北龙帝都垣局》）”。于是有迁都北京之计，以北京为行在，屯驻重兵，抵御蒙古人的入侵：
太宗靖难之勋既集，切切焉为北顾之虑，建行都于燕，因而整戈秣马，四征弗庭，亦势所不得已也。銮舆巡幸，劳费实繁。易世而后，不复南幸，此建都所以在燕也（顾祖禹《读史方舆纪要》卷一〇，《直隶方舆纪要序》）。
合军事与政治中心为一，以国都当敌。朱健曾为成祖迁都下一历史的地理的解释。他说：
自古建立都邑，率在北土，不止我朝，而我朝近敌为甚。且如汉袭秦旧都关中，匈奴入寇，烽火辄至甘泉。唐袭隋旧都亦都关中，吐蕃入寇，辄到渭桥。宋袭周旧都汴，西无灵夏，北无燕、云，其去契丹界直浃旬耳。景德之后亦辄至澶渊。三治朝幅员善广矣，而定都若此者何？制敌便也。我朝定鼎燕京，东北去辽阳尚可数日，去渔阳百里耳。西北去云中尚可数日，去上谷亦仅倍渔阳耳。近敌便则常时封殖者尤勤，常时封殖则一日规画措置者尤亟。是故去敌之近，制敌之便，莫有如今日者也。（《古今治平略·古今都会》）
建都北京的最大缺点是北边粮食不能自给，必须仰给东南。海运有风波之险，由内河漕运则或有时水涸，或被“寇盗”所阻，稍有意外，便成问题：
今国家燕都可谓百二山河，天府之国，但其间有少不便者，漕粟仰给东南耳。运河自江而淮，自淮而黄，自黄而汶，自汶而卫，盈盈衣带，不绝如线，河流一涸，则西北之腹尽枵矣。元时亦输粟以供上都，其后兼之海运。然当群雄奸命之时，烽烟四起，运道梗绝，惟有束手就困耳。此京师之第一当虑者也。
要解决这两个困难，则第一必须大治河道，第二必须仍驻重兵于南京，镇压东南。成祖初年，转漕东南，水陆兼挽，仍元人之旧，参用海运，而海运多险，陆运亦艰。九年命宋礼开会通河，十三年陈瑄凿清江浦，通北京漕运，直达通州，而海陆运俱废（《明史》卷五《成祖本纪》二；卷八五《河渠志》三；卷七九《食货志》三）。运粮官军十二万人，有漕运总兵及总督统之（《明史》卷七六《职官志》五；卷七九《食货志》三）。十九年（1421）迁都北京后，以南京为留都，仍设五府六部官，并设守备掌一切留守防护之事，节制南京诸卫所（《明史》卷七六《职官志》五）。
永乐元年以北平为北京。四年诏以明年五月建北京宫殿。十八年北京郊庙宫殿成，诏以北京为京师，不称行在（《明史》卷七《成祖本纪》三）。在实际上，自七年以后，成祖多驻北京，以皇太子在南京监国。自邱福征本雅失里败死后，五入漠北亲征。自十五年北巡以后，即不再南返。南京在事实上，从七年北巡后即已失去政治上的地位，十九年始正式改为陪都。
迁都之举，当时有一部分人不了解成祖的用心，力持反对论调：
初以殿灾诏求直言，群臣多言都北京非便。帝怒，杀主事萧仪，曰：“方迁都时，与大臣密议，久而后定，非轻举也。”（《明史》卷一四九《夏元吉传》）
仁宗即位（1425）后，胡濙从经济的立场“力言建都北京非便，请还南都，省南北转运供亿之烦”（《明史》卷一六九《胡濙传》）。于是又定计还都南京，洪熙元年三月诏北京诸司悉称行在。五月仁宗崩，迁都之计遂又搁置不行（《明史》卷八《仁宗本纪》）。一直到英宗正统六年（1441）北京三殿两宫都已告成，才决定定都北京，诏文武诸司不称行在，仍以南京为陪都（《明史》卷一〇《英宗前纪》）。