就在这天下午，红卫兵闯进了八道湾11号——周作人的住处。红卫兵的一位女头领勒令周作人的儿子周丰一交出手表。第二天，这伙红卫兵再次冲击了八道湾11号。这天一大早，红卫兵就将院中所有房子统统查封，并将周作人拉到院中的一棵大榆树下，用皮带、棍子抽打。为首的红卫兵看到周作人年迈，就提醒手下的小将们：“不要打头部，留下活口，好叫他交待问题。”不久，周作人的儿子周丰一从单位回来吃午饭，红卫兵索性将他扣下，代父挨打。周丰一当时已经54岁，但小将们对他毫不留情，以致他的右腿被当场打坏，昏死过去。周作人的几个孙男孙女作为“狗崽子”也被勒令跪在旁边“陪绑”。
当晚这批红卫兵便占据了周家的后罩房，以便监视周作人一家。周作人只好蜷缩在后罩房的屋檐底下。后来他的两腿实在支持不住就干脆跪倒了。这样过了三天三夜，天下雨了，周作人的儿媳张菼芳硬着头皮去找红卫兵，央求他们：“我们也不能老呆在露天底下呀，好歹给我们个安身的地方吧。”周丰一一家7口人住的四间房中，有一间和周作人所住的那三间有门相通。靠东边的两间半是用墙隔死了的，红卫兵启开封条，叫他们住在那里。至于周作人，则让他睡在洗澡间里。这个洗澡间格外潮湿，正是夏末初秋，周作人关在里面，被蚊子叮得体无完肤。
不久，周丰一作为“摘帽右派”，被揪回北京图书馆关进了“牛棚”。半月后张菼芳再次向红卫兵求情，在厨房的北角为周作人东拼西凑搭了个铺板床。让他卧在那里。周作人生命中的最后8个月就是在这里度过的。
此后，周作人斯文扫地、狼狈不堪，一直过着“生不如死”的生活。当时红卫兵为周家规定的生活标准是：老保姆15元，周作人10元。而且他们还向粮店打招呼：只允许给周家卖粗粮。周作人牙口不好，一日三餐只能就着臭豆腐喝点玉面糊糊。由于营养不良，加之长期囚禁在小屋，周作人的两条腿很快就浮肿了。当时在中学当教员的张菼芳每天在回家的路上不时地到药铺为公公买点维生素片，或是到副食店去买点松软的糕点，趁红卫兵熟睡后，偷偷地塞给周作人。每当这时，周作人就泪流满面地说：“我还不如早点死掉算了，免得这么牵累你们。”不仅这样，周作人还两次向派出所写呈文，恳请公安机关准许他服安眠药安乐死。他在呈文中这样说：共产党素来是最讲究革命人道主义的，鄙人已年过八旬，再延长寿命，也只是徒然给家人添负担而已。恳请公安机关，恩准鄙人服安眠药，采取“安乐死”一途。希望红卫兵能本着人道的、科学的伦理原则，让鄙人早点结束痛苦不堪的生命。但是，周作人的呈文交上去以后，毫无消息。
1967年5月6日早晨，张菼芳照例给公公倒了马桶，为他准备了一暖瓶开水，就上班去了。……那天下午，照例只有老保姆和周作人在家吃饭。老保姆在自己屋的房檐下熬好了玉面糊糊后，给周作人盛来一碗。周作人吃的干干净净，未见任何异常。下午两点多钟，住在同院后罩房西端那间屋里的邻居，偶然隔着玻璃窗往里看了看。发现周作人趴在铺板上一动也不动，姿势很不自然。他感到不妙，赶紧给张菼芳打电话，把她从学校叫了回来。张菼芳回家后，发现公公浑身早已冰凉。看光景，周作人是正要下地来解手时猝然发病的，连鞋都没来得及穿就阖然长逝了。
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周作人一生之思想有三个要点：自由思想、独立判断和美的生活。