13."信仰的科学基础"，这本身就是一个极具启发性的论题。在此，才华横溢的默非也向其读者发表了他的研究目的。他写到："对于人类来说，道德生活和精神生活是属于更高的境界和领域的，这是上帝所鼓励人类去做的，并且，人们能在其中发现到上帝的存在，这才是人们应当追求的生活。而我们通过科学来解释和了解自然和内心世界，都只是为更高境界的道德和精神生活做准备而已。"
14.总的来说，在科学和宗教的关系这个问题上，默非的认识和理解要比任何一个现代作家的认识和理解哲学性要强得多，也更有深度，更透彻。在他的理解下，宗教不仅仅局限于一个很小的范围，相反，他眼里的宗教的含义已远远超出了人们所熟知的领域，其范畴扩大了，意义也加深了。
15.同时，他也具备了足够的科学知识，这使得他的研究更方便，更具成效。在研究的过程中，他也用到了类比的方法。而他所用的类比往往前后一致性很强，通俗易懂，并且都是他自己独创的。这些都是值得让人称赞的优点。
16.尽管默非引用了本段开首的那段话，他却独独没有看出所有这些法则之间所存在的可类比性。而这本应是一个极具挑战性的、值得关注的课题，却偏偏容易被人们遗忘和忽视了。
17.在别的领域里，例如，宗教和自然的联系和区别，默非轻轻松松地就比较出了基督教福音派和自然之间的联系，然而，除此之外，他的研究就再无进展，可以说是一无所获了。而追究其原因，我们不能简单地将其归咎于默非目光短浅，缺乏远见，或是他自视过高，不够脚踏实地。
18.这都是很极端很偏激的看法，都是很片面很肤浅的说法。事实上，默非不止一次地想到了两者之间的联系，但他却都不把它当一回事，并顽固地否认掉它。在他看来，这个命题是绝对不会成立的，任何研究都只能是在浪费时间和精力，做无用功，最终结局只能是劳而无获。
19.在巴特勒的著作《起源说》中有一章叫做"类比"，而其中有一段令人记忆深刻、发人深省的话。巴特勒认为，宗教哲学体系和宗教的构成模式是相似的，而宗教的构成模式和自然的组成方式又是相似的，因此，宗教哲学体系和自然的组成方式是相似的，这样的解释是合理的，在宗教层次上也是说得通的。
20.而默非对此却颇有微辞。默非认为，巴特勒关于宗教哲学的类比是肤浅的，并且是大错特错、毫无意义的。他认为这种说法不但没有实际意义，而且这样的双重类比是不存在的。
21.如果一切生物天性里都具备一定的道德品质，并且一定具备公平正义的品质，那么，宗教里关于道德的部分和自然之间是有可比性的，并且两者之间联系的密切程度也超出人们想象。
22.宗教道德体现的是人类的一个美好愿望，希望自然世界的公正不会仅止步于自然世界而已。宗教道德是自然世界里公正的延伸，它延伸至不为人所知的未来。但在基督教教义里，是否也存在这样的道德？神会同意这样的比喻吗？我可不这样认为。
23.而当问到具体的实际性的问题，如关于"永恒不朽"的问题时，他断言："自然界里的东西和法则是不适用于永生不朽的世界的，或者说，永恒的世界其运行规律和自然法则是截然不同的。因此，这两个世界之间是不具备可比性的。"
24.当巴特勒开始研究这个领域时，他的目标很明确，然而，随着研究的深入，他渐渐地偏离了他最初的目标，对于这一点，他自己竟毫无察觉。而现在指出这一点，对他也是于事无补了。
25.一开始，他的研究目标并不是为了弄清楚自然的形成和发展变化的进程以及宗教的形成和发展变化的进程之间是否存在相似之处。他的主旨是"宗教和自然的形成和发展变化的进程之间的类比"。
26.虽然，他直接指出了宗教哲学和自然现象之间有可以比拟之处，例如，昆虫蜕变进化（如毛毛虫变成蝴蝶）就像宗教里的教义会随着时间而不断完善一样。他进而指出，来自自然的和来自道德的统治世界的力量，它们彼此联系，相互作用，最后形成一股统一的力量来管理和领导世间万物。
27.巴特勒试验研究的真正目的不是为了发现并创建新的理论，一开始他就从当时的理论中精心挑选，确定了自己的信仰。他所要做的，仅是大量搜集证据来证明他所选的理论的正确性。而在他的漫长的求证之旅中，旅途上的阻挡和障碍数不胜数，所付出的艰辛和努力可想而知。
28.因此，巴特勒把所有的精力和注意力都放在了克服这些艰难险阻上，再无暇顾及其他。所以，他难免会走弯路，难免会走错路，难免会出现遗漏和失误。因此，他无法清楚地认识到这两种力量对于世界运转所产生的积极作用，而是过分强调其所产生的负面的消极的影响。这是非常遗憾的地方。
29.关于这一点，他作了很详尽的解说。他认为，在这两种力量的作用下，人类依旧没能通过自然法则合理地解释清楚精神世界，因此，他们不接受精神世界更糟糕的是，在其影响下，人类渐渐对这两个世界都失去了信心，失望和失落同时袭来。
30.这是巴特勒的局限性，也是他所处的时代的局限性。因为，在巴特勒所处的时代，证明已知理论比创立新理论更有必要。原因在于，新理论的创立不是小孩子玩过家家，其中的困难和艰辛是常人无法想象的。除此之外，创立新理论还需要许多别的必要条件，如其他可供其作为参考的理论和实践等，而当时，可参考的理论和实践，要么少得可怜，要么就是无法令人信服。
31.所以，那时候并不是创立新理论的最佳时机。与此同时，前人所提出的理论尚待考证，而这亦非易事。所以，当时的学者求证前人留下的理论尚且忙不过来，又如何分得了身去自立新说呢？尽管巴特勒的学说不完全正确，他在这一领域的影响却是无人能企及的。
32.而随着时代的发展，现代人们普遍的看法是，精神世界是无需遵循自然法则的。然而，奇怪的是，在精神世界不适用的自然法则却可用于宗教学。而对于这一观点，人们自始至终都是承认的。为什么会出现这种情况呢？究竟谁对谁错呢？
33.普遍看法是，宗教学是无须为这种情况的出现负责的。人类在研究精神世界时，经常忽略宗教的研究，这使得宗教的完整性得以保全下来，它一如创立之初般令人敬畏，让人不敢轻视它，让人忍不住地面对它的伟大大发感慨，它的成就是无法超越的。
34.一直以来，自然都在向人类诉说，尽管它的声音很低微，有时甚至都听不见，但它的诉说从未停止过。现代科学才是这个怪现象的罪魁祸首。因为科学是衡量一切标准的最根本的尺度，而宗教学尚未完全发展。
35.或许，宗教学要充分完整地发展，还需耐心地等上好长一段时间。在科学尚未完全进化之前，宗教学是不可能真正有所发展的。
36.神学的世界作为一个独立完整的世界将会永远维持下去，而对于将其称为"肉眼无法看见的宇宙"的说法却遭到了越来越多的质疑。
37.过去，神学里曾提到奇迹的出现，现今的神学认为："奇迹的出现是无法用自然法则来解释说明的，如果硬要如此，只会越解释越乱，最终的结果也只能是徒劳无功，白费力气。因为奇迹和任何事物都没有联系，不管是自然世界的，还是精神世界的，无论过去，还是现在，抑或将来。"
38.奇迹的存在只是为了在我们普通意义下的宇宙里再构建一个无形的宇宙。在这个奇迹的宇宙里，一切的发生都无法也无需用科学常识来解释。这个世界是神秘莫测的，是奇特无比的。在它和科学之间横架着一道科学永远也无法跨越的鸿沟。
39.在科学的世界里，宗教已经堕落了，而这就是它堕落的原因。因为科学无法容忍例外的存在，在科学的理解范围内，只有符合其规律的才是正确的，才能合理地存在；而不符合科学规律的东西，根本就不会存在。而宗教的存在无疑是对科学权威的最大挑战。
40.奇迹之类的超科学的存在，是永远不会得到科学的承认的。因为这是自然对科学最诚挚的忠告，也是自然献给科学的最实用的课程。那么，自然总不会错吧！所以，任何无法用科学解释的存在都是虚假的，其存在只是用以迷惑人的假象。
41.为此，无论要付出多少代价，无论会遇到多少阻挠，科学都有责任、有义务去维护自己的权威，维护自然的权威。如果科学只会怨天尤人，一味地责备神学不知变通，那真的就是贻笑大方了。而在还没有弄清楚事实的真相之前，科学就对神学起内讧，最终的结果将是"螳螂捕蝉，黄雀在后"。最后便宜的只是别人而已。
42.因此，将所有的过错全都推到神学的身上，还为时过早。想一想，假如宗教真的能用某些条条律律来界定社会上发生的一切，将会发生什么呢？一切的法则定律都是无数人类历经沧桑、不断犯错，在错误的基础上不断前行、不弃不馁而总结出来的。
43.正是因为有这种"屡战屡败，屡败屡战"，不轻言放弃的精神，人类才能一步步揭晓自然的秘密。而所有这些发现都是好几代人努力的成果，是无数人智慧的结晶，是时间的沉淀。
44.时间在缓缓地流逝，人类社会在不断地进步，科学发展的脚步也加快了。科学早已细化为许多彼此独立的学科，如生物科学、自然科学、社会科学等等。每个细化的学科都是独立又完整的，各个学科之间又天衣无缝地联系着。只有所有这些科学领域都得到了完善，精神科学才能最终完善。
45.要解开有机世界的谜就得先解开无机世界的谜。只有破译了自然世界的密码，才能破译精神世界的密码。否则，就会像还没有学会走路之前就想跑，只会摔得个鼻青脸肿，给旁边的看客徒增笑柄罢了。
46.和其他学科比起来，宗教学仅处于起步阶段，还只是个牙牙学语的婴儿。它的发展究竟会受到别的学科多大的影响呢？或者，诚如它自己所宣称的，它是独一无二的，它亦能够独善其身。我们可以拭目以待。
47.从古至今，无论是人类自身的进化，还是人类社会从低级到高级的过渡，都是循序渐进的过程。而科学由一个整体分裂为不同的学科，不同的学科又由最初的创立到最后的完善，都不能一蹴而就，就像不能一口吃成个胖子。有句俗话说："罗马不是一天建成的。"神学也不例外。
48.凡事只能一步一个脚印，走稳了才能走得快。妄想一步登天，一劳永逸，只能落得一事无成的下场。而人类经过几千年不断的探寻与试验，建立了比较完善的科学机制，能对一切事物的发展做出合理的解释与预测。
49.所有事物都是由低级向高级，由简单到复杂发展的。这是众所周知的事实。任何事物的发展过程及模式都是一样的。例如地质学，一个世纪以前，地质学这门学科尚未出现。而在当时，自然灾害频繁发生。
50.在强大的无法预知的大自然面前，人们深受其害，甚至到了谈虎色变的程度。由于对这些自然灾害不了解，人们无法预测灾难什么时候发生，也不知道如何避免这些灾害并将伤害程度降到最低，但是人类并不想坐以待毙。
51.人们开始意识到，在大自然精致华丽的外衣之下竟是满目疮痍。原来所谓的和平只是一个华而不实的美丽的谎言，为此，人们付出了沉重的代价。但是，人们就甘愿坐以待毙、别无他法了吗？不！人类是世界上最聪明的动物，他们不会就此放弃，更不会轻易认输！不战而降不是人类的作风。
52.而此时，地质学应运而生。可以说它是在人类无限期待与希冀中诞生的，它身兼无比重大的责任。因此，一开始地质学被看做是一门"灾难学"。其含义不言而喻，是专门为了预知和避免自然灾害的发生而特别设立的一门学科。
53.其他学科向我们呈现的大自然是神秘难测、博大精深、令人敬畏的，而地质学却向我们揭示了大自然鲜为人知的阴暗邪恶的一面。对于这一事实，人类大为震惊，他们一直赖以生存的、视为亲邻睦友的大自然竟会在背后狠狠地给他们捅一刀。
54.因此，一些有为之士开始"光明正大"地断言，对于自然的研究只能止步于地质学了。然而这一论点的错误很快就彻底地暴露出来了。修正后的均变论的诞生，标志着灾难不再是科学研究的重点，也标志着一个全新的地质学的诞生。
55.地质学不再只是"灾难学"，而我们现在真正意义上的地质学也就是从那时候开始的。这也意味着地质学开始步入了正轨，地质学的研究也有理可依、有章可循了。
56.而宗教学的发展正犹如当时被认为是"灾难学"的地质学，许多宗教教义对自然的理解与我们一贯的解析是背道而驰的。在科学界一直盛行这样的说法，即在精神世界里，依照神学规律运作的事物，其排列顺序及运作模式和我们所熟知的自然世界的排列规则是大不相同的，其排列方式是不科学的。这也是科学对神学的不满之处。