最初的两年生活对威尔逊一家来说也许是最为美妙和惬意的。生活节奏舒缓而令人陶醉——他们与其他传教士夫妇共餐，参加外国使馆举办的高雅的茶话会和招待会，在配有私人厨师和仆役的乡间别墅聚会．晚上他阅读中国古文，并在一位私人家庭教师的指导下学习，以提高中文水平。每星期三下午休缓时，他便去打网球。有时他和妻子一起去湖边，在小船上用餐，驾船漂流在盛开着红色荷花的水巷之间，呼吸着沁人心脾的芳香空气。
然而战争无情地永远击碎了威尔逊一家在南京的安闲宁静的生活。七月，卢沟桥事件之后，为防止日本人用毒气袭击，南京城里人人都戴着用化学涪荆和多层棉纱布做的防毒面具。威尔逊赶在1938年8月日本人开始轰炸这座古都之前，把妻子马乔里和刚出生不久的小女儿伊丽莎白送上了一艘炮艇，她们安全抵达牯岭（在庐山上—编注）。可他担心，如果战争继续下去，自己的妻女都会被饿死，因此威尔逊执意要求她们母女俩返回美国。威尔逊夫人顺从了丈夫的意愿，回到纽约后，在圣卢克医院工作，她的母亲帮忙照看着孩子，毋庸置疑，威尔逊大夫本人留在了南京。大约60年后，他的妻子回忆说：“他认为这是他的职责所在”，“中国人民是他的同胞。”
那年秋天，为了解除孤独，威尔逊搬到赛珍珠的前夫洛辛·巴克的家中。不久这里便挤俩了他的朋友：外科医生理查德·布雷迪，基督教联合会传教士詹姆斯·麦卡勒姆和其他一些人，他们后来都成为南京安全区国际委员会的成员。像威尔逊一样，其中有许多人已将他们的妻子和儿女送出了南京。
病人较少的时候，威尔逊经常给家人写信。许多信中详细描述了死于日机轰炸的牺牲者的惨状，其场景令人毛骨悚然。例如记叙一个背部被弹片击中的女孩子蜷缩在那里，她的臀部被炸裂了。他从战争伤亡人员身上取出的弹片和子弹数目不断增加——他以讽刺的语气写道，这足够在战争结束之前开“一个相当大的博物馆了”。
尽管他知道日本人不会由于轰炸医院而深感良心不安，但威尔逊继续去上班。9月25日，南京遭受了历史上最严重的一次空袭，日本人向中央医院和卫生部投下两枚重达1000磅的炸弹，虽然其中一幢建筑物顶上竖立着明显的大红十字标志，但同样难逃厄运。这些炸弹在距离100名医生及护士藏身的防空洞仅有50英尺左右的地方爆炸。
在医院里，威尔逊尽一切可能将遭受日军空袭的危险降至最低点。他们在窗户上挂了厚厚的黑色窗帘，遮挡房间里的灯光，以免被日军飞行员发现。但是全城到处流传着间谍们散怖的谣言，说威尔逊他们在夜里用红色和绿色信号灯把最主要的目标指示给日军飞行员。在一次空袭中，一个陌生人潜入了医院，手章一个红色遮掩着的手电筒，而不是用绿色或黑色，当他企图打开为防止谍气诱入而已经被紧紧地封闭着的窗户时，引起了人们的怀疑。而当他向一名受伤的中国飞行员询问有关飞行高度和中国轰炸机的射程等一系列不同寻常的问题时，更令人十分怀疑。
随着秋天的临近，威尔逊感觉到自己已经是极为劳累过度了。然而却有越来越多的人需要治疗——不仅有被日本人炸伤的平民百姓，而且有从上海撤下来的伤兵。从上海到芜湖之间的医院里，住着大约10万名中国伤兵。一列又一列满载伤兵的火车将他们送到南京北郊的下关车站。有些人就躺在车站的地上死去，而其他人则踉踉跄跄漫无目的地走在南京城中。一些伤病痊愈的士兵重返前线，而那些折了胳膊或断了腿的终身残废者则只能揣着领到的两美元抚恤金及一纸送伍文书，被遣散回家了。对大多数士兵而言，故乡是遥远的。很少有人能有充足的财力和体力返回家乡。数以千计的中国士兵被长官丢弃不管，在上海——南京一带地区无依无靠——他们或是失明，或是跛足，或是因受伤和感染而腐烂——最终沦为乞丐沿街乞讨。
随着局势的恶化，医院里的工作人员减少了。中国医生和护士们加入了成千上万南京居民向西迁移的行列，逃离南京，威尔逊竭力劝阻他的同事们要留下来，并坚持认为，南京陷落以后在戒严法的保护之下，他们没有什么可害怕的危险。然而最终他未能说服他们。到12月的第一个周末，金陵大学医院里仅剩下3名医生：罗伯特·威尔赴，C· S·持里默和一名中国医生。城中的另一位美国外科医生理查德·布雷迪也因他的小女儿在牯岭病重而离开南京，这样威尔逊就成为唯一的一位每小时都要做一例截肢手术的外科医生。“这简直太令人难以置信了，”他在12月7日的日记中写道，“我是这座被战争破坏的大城市中唯一的外科医生。”
第二天，当日军士兵沿街闲逛时，威尔逊差一点儿丢了性命。那天下午，他决定给一位眼睛被严重炸伤的病人施行艰难而精巧的手术。为了保全另一只眼睛，威尔逊不得不将那只眼睛里的残余部分清除掉。可眼球刚刚取出一半时，一发炮弹在距威尔逊50码的地方爆炸了，弹片击碎窗户，洒得满屋子都是。虽然没有造成人员伤亡，但是威尔逊注意到护士们“都无一例外地剧烈颤抖着”，并且她们都想知道是否有必要把手术继续下去。“很显然是什么都做不了了，”威尔逊写道，“但是我想任何眼睛都不会那么快就能取出来。”
到12月13日黄昏时分，日本人已经完全控制了这座古都。威尔逊看到全城到处都飘着日本旗；第二天，日军开始接管城里的医院。他们闯入中国军队的主要医院——位于外交部内，并由安全区国际委员会成员管理，这些人自己组织了国际红十字会南京分会——将几百名中国士兵困在其中。日本人禁止医生们进入医院或者给伤兵们送食物，这些伤兵后来都被押出去有计划地枪杀了。日本人以此种方式控制了4所红十字会医院中的3所，国际委员会把全部精力集中投入到金陵大学医院。
[NextPage第五章 南京安全区5]
在南京被占领的最初几天里，威尔逊亲眼目睹了日本士兵烧杀抢掠的行径。他眼看着日军洗劫了金陵大学医院，为不能阻止这些强盗行为而倍感失望，只能在心里暗暗地瞄准一个试图偷一名护士的相机的日本兵“飞起一脚”。他还看见一些士兵在街上烧一堆乐器，因此极想知道他们对财物的这种破坏是否是日本人企图在此之后迫使南京人购买日货的一个阴谋。