威尔进甚至目睹丁日本兵对他自己住所的洗劫。当他冒险去查看家中被毁坏的情形时，怡巧看到3个双手沾满鲜血的日本兵正在抢劫。他们已经闯上了顶楼，打开一个大箱子，并把里面所有的东西都倾俐在地上。威尔逊进去时，正有一个士兵在看显微镜。他们3个一见到他便顺着楼梯跑出门去了。“最大的侮辱发生在二楼。一个日本兵在卫生间离马桶不到一英尺的地板上留下他的“名片”（作者讽刺日本兵以随地大小便而留下的粪便作为“名片”—编注），”威尔逊写道，“这个日本兵还把一条挂在房间里的干净毛巾盖在了上面。”
但是没有什么抢劫能够与他在城里目睹的强*和杀人相比。甚至就连威尔逊这样已被战争折磨得近乎于麻木的外科医生，也为残酷野蛮罪行之登峰造极所震惊。
12月15日：对平民百姓的屠杀骇人听闻。几乎令人难以置信的强*和兽行我可以一口气写上好几页。
12月18日：今天是以现代但丁地狱篇的第六天，这个篇章是用带着鲜血和暴行的大写字母写就的。不分青红皂白的屠杀和强*数以千计。残暴、贪欲和兽行看起来似乎漫无止境。起初我尽力对日本人表示友好以避免招惹他们发怒，但是我的笑容逐渐地消失了，我的目光也完全像他们一般冷漠呆滞。
12月19日：穷人们的所有食物均被偷走了，他们处于一种极为恐怖、歇斯底里的惊惧状态中。这种局面何时才能停止！圣诞节前夜：今天他们告知我们还有两万名中国士兵仍在安全区（没人知道他们从哪里弄到这些数据），他们要把这些人全部找出来并全部杀掉。那也就是反映这座城市里18-50岁之间的每一名健壮男子。究竟他们能如何重新面对世人呢？
到年底时他回信里带有宿命论的语气。“唯一的安慰是情况不可能更糟糕了，”他在12月30日写道，“杀到无人可杀时他们就不能再杀了。”
威尔逊和其他人时常看见日本人将中国士兵聚集在一起枪杀，并将尸体填满了肮脏的防空洞，而这洞也兼作了平民的墓穴。威尔逊听说，许多中国人被杀并非由于他们对日军构成什么威胁，而是因为他们的身体有着实际用途。南京陷落之后，很多由中国人建造的用作坦克陷坑的一大串壕沟都被日本人用死伤士兵的尸休填平。当日军找不到足够的士兵尸体填沟以使坦克通过时，他们便枪杀附近的居民，并把他们扔进壕沟。告诉威尔逊这些见闻的一位目击者借了一架相机把这些情景拍成照片以证实他所说的话。
威尔逊无力阻止这些谋杀。他遇到的日本人经常不停地故意引人注目地摆弄手里的武器——将子弹上膛或者退出子弹——为了恐吓他和其他外国人。威尔逊预感到随时都有可能从背后遭到枪击。
威尔逊在南京目睹的最恶劣的情景之一——他的余生将永远不会忘记这个情景——一大帮人在街上集体强*一群十几岁的少女。日本兵把这些15至18岁的年轻女子排列成行，就在地上强*了她们，一个接着一个，有整整一个团的士兵。有的女孩因大量出血致死，而其他女孩则在事后马上自杀了。
医院里的情景甚至比大街上的更令人触目惊心。威尔逊所看到的令他痛彻心肺，一些妇女因腹部撕裂被送进急救室。一些男子被烧得面目全非，那些日本兵企图活活烧死他们，还有大量其他的惨事，他几乎没有时间记录下来。他告诉妻子他将永远不会忘记一位脑袋几乎被砍了下来，只靠一个支撑点连接在脖子上摇摇欲坠的妇女。“今天早晨又来了一名妇女，她的处境悲惨之极，她的经历恐怖之极。”一位医院的志愿者于1938年1月3日记下了这名妇女的情况。
她是被日本兵带到他们的医疗分队的5名妇女之一——白天为他们洗衣服，晚上被他们强*。每个晚上她们中的两个人被迫满足15-20个日本人的兽欲，而最漂亮的一名妇女一个晚上则被强*多达40次。到我们这儿来就医的这位的妇女是被3个日本士兵叫到一处偏僻的地方，他们试图砍下她的头。脖子上的肌肉已被戳穿，但是他们没能切断脊椎。于是她便装死，而后拖着病体到了医院——这是众多人中又一位日军兽行的见证者。
然而在他们的病痛和苦难中，威尔逊也被其中病人顽强的意志力所震撼了。在一封注明日期为1938年新年的家信中，他讲述了一个幸存者令人难以置信的故事。一名29岁的妇女住在南京以南的一个小村子里，中国士兵烧毁了她的家，并强迫她带着5个年幼的孩子步行前往南京。天擦黑的时候，一架日本飞机俯冲下来，用机关枪向她们一家人扫射，一发子弹穿过这位母亲的右眼从脖子射出。她立即昏厥过去，直到第二天早晨才醒了过来，躺在一片血泊之中，正在哭叫的孩子紧挨着她。她太虚弱了以至于根本抱不动那只有3个月的最小的孩子，便只得将这个孩子留在一幢空房子里。但她不知怎样竟鼓足力气牵着余下的4个孩于挣扎着向南京走去，并且成功地到达了医院。
威尔逊和其他志愿者坚持留在医院里直到他们濒于崩溃之时。本来安全区国际委员会可以利用来自城外的医疗援助，但是日本人却不允许医生或医疗志愿人员进入南京。因此照顾病人及管理安全区的重担便落到了这个弱小的、由差不多20人组成的被围困的委员会的肩上。为了确保医院免遭日本人的破坏，他们轮班工作，一个外国人至少每天工作24小时。他们中的一些人劳累过度以至患上了伤风，流行性感冒及其他各种疾病。大屠杀期间，城里仅有的另一位西方医生C·S·特里默在40℃度的高烧中挣扎。
金陵大学医院迅速地变为另一个难民营，因为威尔逊拒绝让无家可归的病人出院。离开医院的病人必须由外国人陪同以确保他们安全地返家。詹姆斯·麦卡勒姆充当医院的司机，开着没有上漆、仓促修理好的救护车在城里运送病人。大屠杀的幸存者们都记得，筋疲力竭的麦卡勒姆总要在头上压一块凉毛巾，为了在开车送病人回家时能保持清醒。但是凉毛巾也无法使他一直睁着眼睛，麦卡勒姆就咬着舌头，直到出血为止。
南京城里几乎没有人像威尔逊那样在医院里拼命工作。当大屠杀和暴行逐渐地停息下来时，其他几名医生每个周末都到上海去放松极度紧张的神经。但威尔逊继续毫不懈怠夜以继日地给病人做手术。约在60年之后，幸存者们还以无比尊敬的语气谈到威尔逊大夫。怀念他那无私忘我的精神。有一个人还详细地讲述了威尔迅亲手做的手术准备工作及其成功的手术。他的手术是免费的，因为很少有病人能支付得起，但是外科手术也使他自己的健康付出了极为沉重的代价。最终，他的家人深信，只有他作为一名美以美教徒的虔诚信念连同他对中国的热爱，两者结合在一起才赋予了他能够在南京的暴行中幸存下来的勇气。