当日本最终允许少数几个外国人进城时，他们严密控制他们的行动。2月，他们允许几个美国海军军官上岸进南京，但只能由日本大使馆的代表陪同乘坐日本大使馆的车。直到4月份，日本最高指挥部仍不许多数外国人自由进出该城。
为了掩盖其军队令人厌恶的暴行详情，日本甚至阻止他国外交官重返南京。然而，最终证明他们未能成功地掩盖事实，尤其瞒不过德国人和美国人。
关于南京暴行的外国情报
希特勒政府迅速得知日本人这种拖延的动机。一名德国外交官于1月份向柏林汇报：“我在上一份报告中所作的推测已被证实，日本人耽误我们返回是为了不让任何官员目睹种种暴行。根据在那里的德国人和美国人所说，外国代表返回南京的意图一经传出，那里便进行了一通紧张狂乱的清理，以消除滥杀平民、妇女和儿童的证据。”
美国政府也知道日本人试图遮掩什么。虽然一套机械密码保护了日本外交部的高层外交信息，但到1936年，美军信号情报部的密码专家已破译了日本这套密码，美国人将其称之为“红色”。因此在南京暴行期间，美国情报部门能够截取东京的日本领导层与其在华盛顿的代表之间的秘密通信。1937年12月26日，日本外相广田弘毅传送了一份这类信息给在华盛顿的日本大使斋藤，它强调要阻拦美国外交人员，不让他们马上返回南京。这条信息说：“如果他们确实返回并从其侨民那里得到关于军队行为的报告，如果外交官一收到这类抱怨，就把这些报告呈送回国，我们将发现自身陷于极其不利的地位。”因此，我们认为，最好的办法是尽我们最大的努力尽可能长时间地把他们拖住。即使这会引起某些恶感，我们相信这也好过冒当场冲突的危险。”
然而，当时美国政府并未将其所知公布于众，并甚至帮日本人审查真相。例如，环球公司的新闻短片制作人诺曼·艾利拍摄了长达5300英尺的日本人袭击帕奈号的影片，但在影院放映之前，罗斯福总统要求他剪去约30英尺的片子。这部分片子揭露日本轰炸机几乎贴着甲板向炮艇射击。这30英尺也许是全部片子中的最佳图像，而且无疑是对日本政府最有力的谴责，尽管如此，艾利同意删剪。《帕奈号事件》的作者汉密尔顿·达比·佩里认为，罗斯福要为日本的借口提供凭证：这次袭击是因为错误辨认，而不是故意策划。无疑，美国政府急于和日本达成经济与外交上的协议以平息这次轰炸事件，而它知道那30英尺的片子会使这样一种和解成为不可能。
日本的宣传
日本影响舆论的企图不是什么新鲜事。甚至在南京暴行之前，美国情报界就已看到日本标以“绝密”的计划；要在美国大做亲日宣传。日本政府还有一大笔预算，用以争取有影响的报人，在主要报章和电台上作广告，以及印刷传单和小册子。
然而，在南京暴行期间，日本人面对一场如此巨大的、公共关系上的灾难，他们还试图加以掩盖，这在今天看来几近荒谬，日本人不是采取纪律措施约束其在南京的部队，而是统领其所有的力量发动一场宣传战，希望以某种方法把世界历史中一场最血腥的大屠杀的详情遮掩起来。
日本传媒首先宣布南京城一切安好无恙。12月20日，罗伯特·威尔逊得知日本同盟通讯社已报道，南京居民正在返回家园，一切正常。威尔逊写道：“如果这就是南京传出的所有消息，那么真实的消息披露时就会引起一场大震动。”
然后，日本政府批准为日本游客精心准备南京之旅。同盟通讯社的报道发表一星期后，一艘满载日本观光客的日本商船从上海抵达南京。关于这次游览，乔治·菲奇写道：“他们被用心良苦地领去逛了几条现已清除了死尸的街道”，“他们穿过马路走向中国儿童，亲切地拍拍他们受了惊吓的脑袋”。一些妇女陪伴日本商务代表游览该市，而菲奇观察到，他们看来“非常自鸣得意，也为日本的了不起的胜利感到得意，不过，他们当然听不到真正的事实--我猜，世界的其他地方也不知道”。
1月份，日本新闻记者来到南京“制造”该市的图片，用以发往日本全国和世界其他地方。新年前夜，日本大使馆召集各难民营的中国管理人开会，告诉他们第二天城里要举行“自发的”庆祝活动。中国人被勒令制作大批日本国旗并举着它们游行，以便拍摄电影，显示成群结队欢乐的居民欢迎日本士兵。日本摄影师也来到南京，拍摄中国儿童接受日本军医的医治和日本士兵的糖果的照片。刘易斯·斯迈思在给朋友们的信中写道：“但是，没有照相机在场的地方，这些活动并不重视。”
日本的宣传最卑劣的例子是，1938年1月8日，刊登在上海一家日本人控制的报纸--《新申报》上的一篇文章。在“南京城融洽的气氛在令人愉快发展”的标题下，文章宣称：“皇军进城，把刺刀插入鞘，为了检查和治愈病人伸出仁慈的双手”，该文还说，日军在南京给又饿又病的南京群众提供医疗帮助和食品。
男女老少向皇军跪拜，表达其敬仰之意......大群大群的人围绕着太阳旗和红十字旗下的士兵高呼“万岁”以表示他们的感激……士兵和中国儿童欢聚一堂，高兴地玩滑梯。南京如今是各国注目的至善之地，因为这里洋溢安居乐业的气氛。
在幸存的传教士日记中可见，日本企图以虚伪材料粉饰整个大屠杀，所激起的却是怀疑的反应。这里有几个例子：
摘自詹姆斯·麦卡勒姆的日记，1938年1月9日。
[NextPage第六章 世界知道些什么2]
如今日本人试图诋毁我们在安全区的努力。他们胁迫，恐吓可怜的中国人，使他们拒绝相信我们话……有些中国人甚至要去证明抢劫、奸淫、放火是中国而不是日本人之所为。有时我感到我们一直在与疯子和白痴打交道；而我感到惊讶的是，我们所有的外国人活着度过了这场磨难。