大家都听过牛顿的故事，说牛顿坐在一棵苹果树下，看到苹果从树上掉下来，牛顿产生了为什么所有的苹果都往地下掉而不是往天上飞的疑向，从而产生了对万有引力理论的一些最初的构思。
《万物简史》的作者告诉我们，实际上这个故事是查无实据或者说是以讹传讹的一个美丽传说。促成牛顿发现万有引力的不是一个苹果，而是那位名叫哈雷的科学家，哈雷彗星就是以他的名字命名的。作者说：1683年有三位科学家在伦敦的一家小餐馆里吃饭聊天，这三位科学家分别是雷恩、胡克、哈雷。他们聊天的内容海阔天空，当时就谈到了天体的运行方式。他们三人都猜想到天体之间有吸引力，其引力与距离的平方相关，但是这个凭直觉意识到的规律并没有得到数学上的证明。因为科学是非常强调实证的，必须要有相关的证明，才能称之为理论。
贵族出身的科学家雷恩就说，谁先拿出证明方案他就出40先令奖励谁。40先令在当时是雷恩两个星期的工资，雷恩没有意识到这40先令的“奖金”会赢得一个崭新的世界。哈雷回去就对这个问题进行研究，但是毫无头绪，百般无奈之下，他想起了剑桥大学的牛顿。
牛顿是那个时代最伟大的科学家，但是《万物简史》的作者告诉我们，牛顿绝对是一个怪人。他常常离群索居，沉闷无趣，而且敏感多疑，注意力也不集中。他曾经把一根大针塞进自己的眼窝里，就是要看看会不会发生什么。还有一次，他瞪大眼睛望着太阳，能看多久就看多久，结果眼睛受到严重伤害，为此他不得不在暗室里待了几天，直到眼睛恢复过来。
但与牛顿的非凡天才相比，这些奇异的性格和古怪的特点根本算不了什么。在学生时代他曾经感到普通数学的局限性很大，于是就创造了微积分，发明这个成果之后，他27年之间从没有对任何人说起过。在光学领域里，他改变了我们对光的认识，为光谱学奠定了基础，但是过了40年，他才把自己的成果与别人分享。
这样聪明的一个人，却用了一生中将近一半的时间研究和科学不怎么沾边的炼金术。他还参加了一些宗教活动，曾经信仰一种叫阿里乌斯的异教，该教的主要观点是认为根本没有三位一体这样的事情。牛顿还用了无数个小时去研究耶路撒冷不复存在的所罗门王神殿的平面图，为此自学了希伯来语，以便了解更多的一手资料和知识。牛顿逝世以后有人对他的—绺头发所做的分析发现，头发里面的汞含量高度超标，这与他沉迷炼金术是有关系的。这些研究耗费了‘他大量的精力，甚至有可能过早地夺去了他的生命。
哈雷拜访牛顿，向他请教如果太阳的引力与行星到太阳距离的平方成反比的话，行星运行的轨迹将会是什么样的。令哈雷万万没有想到的是，牛顿脱口而出说是椭圆形的。哈雷当时差一点从坐的椅子上掉下来。牛顿轻描淡写地说：“我计算过了。”哈雷让他赶紧找出来。但是牛顿在杂乱的资料堆里翻了半天，说他的演算手稿不知道放到哪里去了。这好比现在有一个人说他发明了治愈艾滋病的药，但是配方却找不到了——牛顿就是这么荒唐。
在哈雷的百般劝说之下，牛顿同意重新计算。他闷在家里两年时间足不出产，最终创作出改变世界的巨着——《自然哲学的数学原理》。在《万物简史》里面，作者引用了亚历山大·蒲珀的一句话来说明牛顿在科学史上的重要性：“大自然和大自然的法则藏匿于黑暗之中。上帝说，让牛顿出世吧!于是世界一片光明。”