但这并没有吓退常书鸿坚守莫高窟的决心。当国民政府教育部宣布撤销国立敦煌研究所时，常书鸿四处写信呼吁、求救。当抗日战争胜利、他的同伴们纷纷要回过去的敌占区找亲人团聚时，他没有强行挽留。那些人去楼空的夜晚，大漠里的敦煌寂寥无声，死气沉沉，陪伴常书鸿父子的只有远处的阵阵狼嚎。
在“文*”那个黑白颠倒、是非不明的年代里，远在大漠深处的莫高窟和常书鸿也不能逃脱政治的大手。莫高窟被定为魔窟，成了毒害人民的精神鸦片。那些他们日夜操劳守护的佛洞成了关押他们的“牛棚”。常书鸿和妻子李承仙常常被打得遍体鳞伤，不能站立。他不怨。时隔多年，对那一段经历他只用淡淡的一句话来概括：我是个幸存者，一个留下满身“纪念品”的幸存者。
10年过去了，20年过去了……半个多世纪过去了，越来越多的人来到敦煌，同常书鸿并肩站在一起，担负起临摹、维修、加固、编码的工作，常书鸿却一天天老去。
1994年，常书鸿病重之时，在北京的病房里，他给女儿常沙娜安排后事。他说：“我不是佛教徒，不相信转世，不过，如果真的再一次托生为人，我愿意还是常书鸿，我还要去完成那些未完成的工作。”1994年6月23日，常书鸿在北京逝世，享年90岁。
离开常书鸿之后的陈芝秀生活并不如意，对于自己当初的逃离，她只有一句话：“一失足成千古恨。”
如果没有与敦煌的相遇，常书鸿可以优雅从容地走一生，可以为这个世界留下许多传世之作。可敦煌莫高窟里那些彩衣飘飘的飞天却可能还要在漫漫的风沙中独自哭泣，而不知又有多少千年的瑰宝要永久地从敦煌那片热土上流失。常书鸿的老家在烟雨迷蒙的西子湖畔，然而他却把自己的墓穴选在了茫茫的敦煌大漠。如今，透过敦煌莫高窟9层大殿敞开的楼窗，可以隐隐看到远处沙漠里有一个小小的黑点，那就是常书鸿永远安歇的地方。