更进一步地讲，这可能意味着神不仅设立了这些“物种”，而且它们的存在并不是神随心所欲的创造，而是一番精心设计过的创造，这其中蕴含了神为万物设立的目的（前文提及过的telos）——这种思想我们如今会称之为“智能设计论”（Intelligent Design），而这种思想经常直接表现为，认定“生物的变化”具有着一种“趋势/朝向”（并进一步默认这一趋势是由某个外力所引导的）。
1802年，英国的一名神职人员威廉·佩利（William Paely）发表了一部非常重要的作品，名曰《自然神学》（Nature Theology）。这部书便是这种思想的代表，而这种思路再往上追溯，甚至可以到中世纪的“托马斯·阿奎那”（Thomas Aquinas）以及他的老师大阿尔伯特（Albertus Magus）。实际上，当时对自然的研究越来越成为了一项专业工作，很多研究者虽然并非神职人员，也会使用这个思路来说明自己的工作意义。
譬如，著名的生物学家卡尔·冯·林内（Carl von Linné）就曾经说过：“人是为了研究造物主的作品的目的而受造的，由此他可以在这些作品中观察到神性智慧的显著记号。”
实际上就连达尔文自己都承认自己曾经受到过这种流行思路的影响——“我无法消除我之前的信仰的影响，彼时众人普遍相信每一个物种都是以某种目的被创造出来的。”
三、达尔文的“物种”——离开上帝的自然
读者如果看到这里，多半已经会明白达尔文思想中的独特之处了。不过，笔者还是要费些笔墨来把这个问题稍微深入地谈一些。
我们之前谈到在达尔文同时期，很多人已经开始了在谈生物的“进化”和“变化”，虽然这是上帝安排下的运动。这实际上已经为人们接受达尔文的思想铺平了道路。然而除了这些生物学的积累，可能仍然有很多人并不知道达尔文的一个重要理论来源，这个来源与生物学没有直接的关系，反而与一个社会经济理论相关程度很高。
这便是托马斯·罗伯特·马尔萨斯（Thomas Robert Malthus）的《人口论》思想！达尔文亲口承认过，在1838年10月，偶然读到了马尔萨斯的《人口论》，并从中获得了灵感。
那么，马尔萨斯所阐述的内容是什么呢？他提出了一个数学模型：一片土地所能供应的人类是由上限的。可是人口是按照几何级数增长的；粮食产量则是按照算术级数增长的。因此，人口与能够喂养人口的粮食最终是不会相互匹配的。故而，马尔萨斯认为只要人口过多超过土地的负载，那么就必然会发生饥荒和战争，或者由此引发一场大瘟疫。
达尔文则将之应用于自然世界之中，由此诞生了“自然选择”（Natural selection）的学说。他认为自然资源所能供养的生物数量也是有限的。当生物过量繁殖的（而且这简直是必然的），那么具有一定的适应特性的生物才能生存下来，另外一部分则会被淘汰掉，并且随着这种变化的累积，新的物种最终会产生出来！
那么，达尔文的学说意义何在呢？
我们可以说，达尔文为自然中的生物变化寻求到了一个“上帝”之外的原因，这个原因就在自然竞争的机制当中——虽然自然神学仍然可以将之解释为上帝的精妙设计，然而自然至少获得了“自主权”。自然的变化可以不是朝向着某个外在设计好的目的，而是一种内发的目的。
在这个意义上说，达尔文的学说实际上而是建立了一个相对独立的自然学说，他没有去讨论上帝在进化中的作用，而是认为自然无需借助外力而运作。