关于达尔文进化论的争议和论战，可能是自伽利略之后的科学上的“第二次世界大战”。在安德鲁·迪克森·怀特的《科学-神学论战史》中这样写道：
“达尔文的《物种起源》如同犁铧翻开了蚁冢一般进入了神学世界。在每一个地方，那些忽然从过去的安逸和宁静的睡梦中猛然惊醒的人满腹怒气并且不知所措。轻率的和深邃的评论、布道和著作从四面八方向新思想家们蜂拥而来。”
怀特的语言文学性极强，而且也具有煽动性，以至于好像达尔文是从天而降，迅速摧毁了旧有的平静。可实际上，他却把科学发展的进程想象得太一惊一乍了。不仅如此，他似乎还忽略了这样一个史实：那便是在达尔文之前，“进化”或者类似的观念可能对当时的人们并不那么陌生。
不过，如果我们想要了解跟“物种”有关系的这段历史，我们应当首先回顾下“物种”这个概念的起源和发展。
一、“物种”概念的古代起源——对“共相”的思考
从古希腊时代开始，人们就认为自然是处于变化中的。无论是柏拉图还是亚里士多德都承认自然是变动不居的，但是他们也相信在这变幻无常的自然现象之后，应该有一些确定恒常的东西，而这些东西我们可以称为“共相”（通俗地说，可以理解为“共同性质”）。
那么，这个问题之于“生物学”有什么样的意义呢？
我们可以把“共相”这个概念，看成是生物学中的“物种”概念，也就是我们要对动植物进行“分类工作”。简单地说，“物种”就是生物学版的“共相”。
那么，我们如何从这种“共相”确定到具体的生物呢？亚里士多德在批判柏拉图的“二分法”的基础上，提出“种加属差”的方法——最终他以这种方法确定了人是“有理性的动物”。故而，亚里士多德也被人们称为是“分类学之父”。
不仅如此，古希腊的哲学家们还都会认为在宇宙是有序的，而且Kosmus（希腊文中的“宇宙”）本身就有“秩序”的意思。因此，作为宇宙组成的一部分，生物界也是如此。这就意味着“物种”也必须处于一种稳定的秩序之中。而且，对于这种“稳定”的达成，亚里士多德还给出了一个很有意思的说法：
人的牙齿就一定长得门齿锋利，适于撕咬，臼齿宽大，便于磨碎食物，它们的产生并不是为了这个目的，而只是一种巧合的结果……这些由于自发而成形成的很合适的事物就生存下来；反之，凡不是这样长起来的那些事物就灭亡了，并且还在继续灭亡着，如恩培多克勒所说的那种“人头牛”就是这样地灭亡了。
我们可以看到，亚里士多德实际上是早就承认“不恰当的物种”会灭亡的，而“恰当的物种”则会保留下来，从而达成“恰当的‘目的’（telos）”。
不过，关于“共相”我们却还要做进一步的思考。
无论是柏拉图还是亚里士多德都会认为，这些共相我们无法通过“肉体的眼睛”直接观测，所以我们只能运用“心灵的眼睛”去探求之——举个简单的例子，日常中我们能够直接看到砖头、盒子和电视机，但是我们是如何从中提炼出来一个“方形”这个概念的呢？
通俗地说，柏拉图认为是先有的“抽象的方形”，而后各种自然界的“方形”都是它的“仿制品”；亚里士多德则认为，抛却自然界的各种方形物，我们可能不会认识到“方形”这个概念——至于“方形”存在是先于还是次于具体的方形物，亚里士多德却没有表述太清晰。
这种“个体-共性”的关系研究被称为“共相问题”（Problem of Universals），古希腊哲学家波菲利（Porphyry）在其作品《绪论》（Isagoge）中将之作出了总结，并且可以说是一直萦绕着中世纪的一个哲学问题。
那么，如果代入到生物学中，这个问题就成为了“物种”是如何存在的？想必我们都会认可“物种”的存在，但是那些已经灭亡或者消失的动植物所属的“共相”是彻底地消失了？还是以某种方式隐藏起来了呢？那些仍旧存在并且繁衍的动植物的“共相”是早已存在，只是如今显示出来？还是后天形成的？
这些问题实际上一直困扰着当时的人们。
二、达尔文同时期的“物种”观——上帝掌握之中的“变化”
因此除了古希腊哲学的源泉，当时另外一个影响人们“物种”的观念的权威是《圣经》。在《创世纪》中，上帝在第三日至第五日创造了各种动植物。在这一段落的文字中，在与“创造”相关的话语中，反复出现了几个非常相似且重要的短语——中文一律翻译为“各按其类”（in species suas/ in genere suo），并且上帝还让“动植物们”要“各按其类”的方式（secundum speciem suam/ secundum genus suum）来繁衍。不但如此，对这件事上帝还给这件事盖章定性了，因为他看这是好的（vidit Deus quod esset bonum）。
这一段经文“似乎”为之前的问题提供了一个解决方案，这是因为至少有一些“物种”是由神所规定的，而且这个观念也可以得到柏拉图和亚里士多德思想的背书——在柏拉图看来，物质世界是由一位神灵一般的存在（Demiurge）通过模仿各种“共相”而塑造而成的；亚里士多德则认为，宇宙本身可能就是一位神，他推动并以某种方式规定了一切的存在。