遇成帝驾崩，哀帝即位，杜业又上书说：“王氏世代掌权为时太久，朝无鲠直之臣，宗室诸侯微弱，与囚徒无异，自佐史以上至大吏都是权臣党羽。曲阳侯王根前为三公辅政，知道赵昭仪杀皇子，不立即上奏，反而与赵氏结为朋党，恣意妄行，陷害故许后，横加非罪，诛杀诸许家族，摧毁元帝外家。内嫉妒同母兄、姐红阳侯王立及淳于氏，都在年老时废弃。新近又喋血京师，威权可畏。高阳侯薛宣有不养母之名，安昌侯张禹是奸入之首，惑乱朝廷，让先帝背上海内怨谤之名，尤其不可不慎。陛下初即位，未暇谦让，孤独特立，没有辅佐依仗，权臣换代，有如以手探试沸水。应早El以大义施恩，安慰百姓之心。臣私下看到朱博忠信勇猛，才略近世罕见，实为国家雄俊瑰宝之臣，应征召朱博安置在左右，以镇抚天下。此人在朝，陛下便可以高枕无忧了。以前诸吕想危害刘氏，赖有高祖遣臣周勃、陈平尚在，不然的话，几乎要被奸臣所讥笑。”杜业又说应为恭王在京师立庙，以显示孝道。当时高昌侯董宏也说应尊帝母定陶王丁后为帝太后。大司空师丹等举劾董宏误朝不道，因此获罪被免为庶人，杜业又上书为董宏申辩。杜业前后所言皆合旨意因而得以施行，朱博果然被提拔重用。杜业由此被征召，又任太常。一年多，降任上党都尉。遇司隶奏杜业任太常选举不实，杜业因此犯罪免官，又归封国。
哀帝驾崩，王莽执政，以前各位议立庙尊号者全部免官，徙往合浦。杜业此前已被罢黜，因此对他宽纵不问，但因忧惧，发病而死。杜业在成帝初年娶帝妹颖邑公主，公主无子已去，杜业家上书请求灵柩运还京师与公主合葬，朝廷不许，而赐谧号荒侯，传子至孙绝封。当初，杜周在武帝时迁徙茂陵，到延年迁至杜陵。
赞曰：张汤、杜周并起于文墨小吏，进位到三公，列为酷吏。然而都有贤良儿子，德才都超过父辈，爵位尊显，继承父辈，在朝为官，两家不相上下。至束汉建武时，杜氏爵位才断绝。追考他们的福运踪迹，元勋功臣及儒林之后，没有谁能比得上。自称是周代唐杜氏苗裔，难道是这样吗？到杜钦浮沉当世，好谋划而成功，在建始之初深刻陈述女戒，事实终于证实了他的话，《关雎》差不多是微妙的，不是那种浮夸华丽杂而不专之徒所能窥视到的。杜业顺势乘人之危而加以抨击，竟然称颂朱博，诋毁师丹，爱憎之议多么可怕呀！