大家都敢怒而不敢言：曹操性情多变，现在和你称兄道弟，心里面说不定正想着怎么让你脑袋搬家。可是孔融敢。没过两天，就当大家以为此事已经过去了的时候，孔融将一份“考古发现”呈到了曹操的面前：武王灭商，苏妲己并不像历史上说的那样是被赐死的，而是被赏赐给了周公。
曹操頗为欣喜，问道，耶？真有此事啊？从哪里考证出来的？
孔融的回话简单明了：不过是从现在发生的事情倒推上去，想当然耳。
这件事情有一点人身攻击的意思，曹操不太高兴，但也没对孔融怎么样。没想到接下来，他做什么孔融就反对什么。
建安十年（205年），曹操征乌桓，孔融立刻上书，说曹操这次远征，可以将当初肃慎（商周时北方的蛮夷）不向周武王敬献生长在北方的树木，苏武在匈奴辛苦放了几十年却被丁零人偷走的羊都连本带利地讨回来了。
人都怕苦怕累更怕死，谁都不喜欢打仗。可是大多数人讲话都比较委婉，满口德政、养民地去劝曹操。孔融的同事贾诩就是这样：小事睁只眼闭只眼，大事迂回曲折地劝，见老板要发飙，转身就跑。
只有孔融抱持理想者原来的样子。他专拣重要的事、难听的话讲，显示出极差的人际交往技巧。本来，孔融行走江湖这么多年，不该如此不懂人情世故，可是，在他的时代，在汉末虚伪的“孝”与曹操虚伪的“忠诚”“大度”中，他忍得太久。现在，他宁愿去死，也不想再忍了。
孔融的时代，实行察举孝廉的制度。孝悌能够换得官位，所以出现了造假“孝子”的狂潮：有声称为父母守孝二十年，表面上不结婚、不喝酒，转眼却在墓道里生了五个孩子的;有故意犯罪，把官让给弟弟做，博取世人的称赞之后以换得更大官位的……孔融的老板曹操讲有容乃大，讲周公吐哺天下归心，可现实中却派了密探去监听臣下家里的密谈;大臣和他意见不合，弄不好就被拖出去打屁股，以至于有人为了不受侮辱，上朝都带着毒药。
在这样的状况下，一个聪明人要么就该处江湖之远，隐于深山;要么就在朝廷随波逐流，混口饭吃。可是孔融，他选择对抗一切，不管那是否正确。他的逻辑是这样的：既然他的对抗能让这些不正常的人不舒服，那么这些行为一定具有普遍的正确性。
作为九卿之一，孔融上朝的时候不遵朝仪，不戴礼帽，甚至溜达溜达去了后宫……孔融曾经对祢衡说，父亲对于孩子有什么恩德呢？他不过是为了满足自己的情欲;母亲对孩子有什么恩德呢？孩子在她的肚子里就像东西放在缸里，取出来也就罢了……终于，曹操对他开始感到头疼了——愤青可以容忍，因为他们只有愤怒，但是没有社会影响力;可是老愤青就要严格管制了，因为这些人不但自己愤，而且还能带领大家一起愤，这就叫不安定因素了。孔融既不懂得柔顺，又不想闭嘴，只能杀了。
建安十三年（208年），曹操的秘书班子将孔融的罪名拟定妥当。一共四条，皆为其平时出格的言行，哪一条也不是必死的重罪。
孔融看到这份罪状的时候心里一定没有太多波澜，对于一个生无可恋的人来说，死未必是一种惩罚。他甚至可能带有一种悲壮的殉道感——犹如后来本可以苟且逃生的谭嗣同选择血染菜市口。
孔融是这个时代的最后一个儒者，尽管不合时宜，但他还是笃行儒家精神。他像个剑客，单枪匹马地想要恢复一种早已远去的时代精神，却和与风车作战的堂吉诃德一样，成为一个孤独而怪异的骑士。
黑格尔在《逻辑学》的序言里曾经说过，假如一个民族觉得它的国家法学、它的情思、它的风习和道德已变得无用时，是一件很奇怪的事情……就像一座庙，其他各方面都装饰得富丽堂皇，却没有至圣的神。
有的人，一辈子也不会发现这样荒唐的虚无。
孔融死，妻子皆被诛。他用自己的生命结束了儒家理想在这个时代实现的可能。
只是可怜了他的两个小儿子，和孔融年少之时何其相像的两个聪慧的孩子。得到父亲被治罪下狱的消息时，两个人正在下棋，脸上毫无惊慌之色。没有人知道这两个当时一个七岁、一个九岁的孩子的想法。知道的，只是这两个本可能和孔融一样在中国的历史上闪耀几许光芒的孩子，用超越年龄的镇定留下的一句千古名言：
覆巢之下，焉有完卵。