行人司。司正一人，(正七品)左、右司副各一人，(从七品)行人三十七人。(正八品)职专捧节、奉使之事。凡颁行诏赦，册封宗室，抚谕诸蕃，征聘贤才，与夫赏赐、慰问、赈济、军旅、祭祀，咸叙差焉。每岁朝审，则行人持节传旨法司，遣戍囚徒，送五府填精微册，批缴内府。
初，洪武十三年置行人司，设行人，秩正九品。左、右行人，从九品。寻改行人为司正，左、右行人为左、右司副，更设行人三百四十五人。二十七年升品秩，以所任行人多孝廉人材，奉使率不称旨，定设行人司官四十员，咸以进士为之。非奉旨，不得擅遣，行人之职始重。建文中，罢行人司，而以行人隶鸿胪寺。成祖复旧制。
钦天监。监正一人，(正五品)监副二人。(正六品)其属，主簿厅，主簿一人，(正八品)春、夏、中、秋、冬官正各一人，(正六品)五官灵台郎八人，(从七品，后革四人。)五官保章正二人，(正八品，后革一人。)五官挈壶正二人，(从八品，后革一人。)五官监候三人，(正九品，后革一人。)五官司历二人，(正九品)五官司晨八人，(从九品，后革六人。)漏刻博士六人。(从九品，后革五人。)
监正、副，掌察天文、定历数、占候、推步之事。凡日月、星辰、风云、气色，率其属而测候焉。有变异，密疏以闻。凡习业分四科：曰天文，曰漏刻，曰回回，曰历。自五官正下至天文生、阴阳人，各分科肄业。每岁冬至日，呈奏明岁《大统历》，(成化十五年改颁明岁历于十月朔日。)移送礼部颁行。其《御览月令历》、《七政躔度历》、《六壬遁甲历》、《四季天象录》，并先期进呈。凡历注，御历注三十事，(如祭祀、颁诏、行幸等类。)民历三十二事，壬遁历七十二事。凡祭日，前一年会选以进，移知太常。凡营建、征讨、冠婚、山陵之事，则选地而择日。立春，则预候气于东郊。大朝贺，于文楼设定时鼓、漏刻报时，司晨、鸡唱，各供其事。日月交食，先期算其分秒时刻、起复方位以闻，下礼部，移内外诸司救之，仍按占书条奏。(若食不及一分，与《回回历》虽食一分以上，则奏而不救。)监官毋得改他官，子孙毋得徙他业。乏人，则移礼部访取而试用焉。五官正推历法，定四时。司历、监候佐之。灵台郎辨日月星辰之躔次、分野，以占候天文之变。观象台四面，面四天文生，轮司测候。保章正专志天文之变，定其吉凶之占。挈壶正知刻漏。孔壶为漏，浮箭为刻，以考中星昏旦之次。漏刻博士定时以漏，换时以牌，报更以鼓，警晨昏以钟鼓。司晨佐之。
明初，即置太史监，设太史令，通判太史监事，佥判太史监事，校事郎，五官正，灵台郎，保章正、副，挈壶正，掌历，管勾等官。以刘基为太史令。吴元年，改监为院，秩正三品。(院使，正三品，同知，正四品，院判，正五品，五官正，正六品，典簿、雨旸司、时叙郎、纪候郎，正七品，灵台郎、保章正，正八品，副，从八品，掌历、管勾，从九品。)洪武元年，征元太史张佑、张沂等十四人，改太史院为司天监，设监令一人，(正三品)少监二人，(正四品)监丞一人，(正六品)主簿一人，(正七品)主事一人，(正八品)五官正五人，(正五品)五官副五人，(正六品)灵台郎二人，(正七品)保章正二人，(从七品)监候三人，(正八品)司辰八人，(正九品)漏刻博士六人。(从九品)又置回回司天监，设监令一人，(正四品)少监二人，(正五品)监丞二人。(正六品)征元回回司天监郑阿里等议历。三年，改司天监为钦天监。四年，诏监官职专司天，非特旨不得升调。又定监官散官。(监令，正仪大夫；少监，分朔大夫；五官司，司玄大夫；监丞，灵台郎；五官保章正，平秩郎；五官灵台郎，司正郎；五官挈壶正，挈壶郎。)十四年，改钦天监为正五品，设令一人，丞一人，(属官五官正以下，员数如前所列。)俱从品级授以文职散官。二十二年，改令为监正，丞为监副。三十一年，罢回回钦天监，以其历法隶本监。明初，又置稽疑司，以掌卜筮，未几罢。(洪武十七年，置稽疑司，设司令一人，正六品，左、右丞各一人，从六品，属官司筮，正九品，无定员。寻罢。)
太医院。院使一人，(正五品)院判二人。(正六品)其属，御医四人，(正八品，后增至十八人，隆庆五年定设十人。)生药库、惠民药局，各大使一人，副使一人。
太医院掌医疗之法。凡医术十三科，医官、医生、医士，专科肄业：曰大方脉，曰小方脉，曰妇人，曰疮疡，曰针灸，曰眼，曰口齿，曰接骨，曰伤寒，曰咽喉，曰金镞，曰按摩，曰祝由。凡医家子弟，择师而教之。三年、五年一试、再试、三试，乃黜陟之。凡药，辨其土宜，择其良楛，慎其条制而用之。四方解纳药品，院官收贮生药库，时其燥湿，礼部委官一员稽察之。诊视御脉，使、判、御医参看校同，会内臣就内局选药，连名封记药剂，具本开写药性、证治之法以奏。烹调御药，院官与内臣监视。每二剂合为一，候熟，分二器，一御医、内臣先尝，一进御。仍置历簿，用内印钤记，细载年月缘由，以凭考察。王府请医，本院奉旨遣官或医士往。文武大臣及外国君长有疾，亦奉旨往视。其治疗可否，皆具本覆奏。外府州县置惠民药局。边关卫所及人聚处，各设医生、医士或医官，俱由本院试遣。岁终，会察其功过而殿最之，以凭黜陟。
太祖初，置医学提举司，设提举，(从五品)同提举，(从六品)副提举，(从七品)医学教授，(正九品)学正、官医、提领。(从九品)寻改为太医监，设少监，(正四品)监丞。(正六品)吴元年，改监为院，设院使，秩正三品，同知，正四品，院判，正五品，典簿，正七品。洪武三年，置惠民药局，府设提领，州县设官医。凡军民之贫病者，给之医药。六年，置御药局于内府，始设御医。(御医局，秩正六品，设尚药、奉御二人，直长二人，药童十人，俱以内官、内使充之。设御医四人，以太医院医士充之。凡收受四方贡献名药及储蓄药品，奉御一人掌之。凡供御药饵，医官就内局修制，太医院官诊视。)十四年，改太医院为正五品，设令一人，丞一人，吏目一人。属官御医四人，俱如文职授散官。二十二年，复改令为院使，丞为院判。嘉靖十五年，改御药房为圣济殿，又设御药库，诏御医轮直供事。
上林苑监。左、右监正各一人，(正五品)左、右监副各一人，(正六品，监正、监副后不常设，以监丞署职。)左、右监丞各一人。(正七品)其属，典簿厅，典簿一人。(正九品)良牧、蕃育、林衡、嘉蔬四署，各典署一人，(正七品)署丞一人，(正八品)录事一人。(正九品)
监正掌苑囿、园池、牧畜、树种之事。凡禽兽、草木、蔬果，率其属督其养户、栽户，以时经理其养地、栽地而畜植之，以供祭祀、宾客、宫府之膳羞。凡苑地，东至白河，西至西山，南至武清，北至居庸关，西南至浑河，并禁围猎。良牧，牧牛羊豕，蕃育，育鹅鸭鸡，皆籍其牝牡之数，而课孳卵焉。林衡，典果实、花木，嘉蔬，典莳艺瓜菜，皆计其町畦、树植之数，而以时苞进焉。