洪武二十五年，议开上林院，度地城南。(自牛首山接方山，西并河涯。)比图上，太祖谓有妨民业，遂止。永乐五年，始置上林苑监，设良牧、蕃育、嘉蔬、林衡、川衡、冰鉴及典察左右前后十属署。洪熙中，并为蕃育、嘉蔬二署。(以良牧、川衡并蕃育，冰鉴、林衡并嘉蔬，典察四署分并入。)宣德十年，始定四署。正德间，增设监督内臣共九十九员。嘉靖元年，裁汰八十员，革蕃育、嘉蔬二署典署，林衡、嘉蔬二署录事。
中、东、西、南、北五城兵马指挥司。各指挥一人，(正六品)副指挥四人，(正七品)吏目一人。
指挥，巡捕盗贼，疏理街道沟渠及囚犯、火禁之事。凡京城内外，各画境而分领之。境内有游民、奸民则逮治。若车驾亲郊，则率夫里供事。(凡亲、郡王妃父无官者，亲王授兵马指挥，郡王授副指挥，不管事。)
明初，置兵马指挥司，设都指挥、副都指挥、知事。后改设指挥使、副指挥使，各城门设兵马。洪武元年，命在京兵马指挥司并管市司，每三日一次校勘街市斛斗、秤尺，稽考牙侩姓名，时其物价。五年，又设兵马指挥司分司于中都。十年，定京城及中都兵马指挥司秩俱正六品。(先是秩正四品。)改为指挥、副指挥，职专京城巡捕等事，革知事。二十三年，定设五城兵马指挥司，(惟中城止称中兵马指挥司。)俱增设吏目。建文中，改为兵马司，改指挥、副指挥为兵马、副兵马。永乐元年复旧。二年，设北京兵马指挥司。嘉靖四十一年，诏巡视五城御史，每年终，将各城兵马指挥会本举劾。隆庆间，御史赵可怀言：“五城兵马司官，宜取科贡正途，职检验死伤，理刑名盗贼，如两京知县。不职者，巡城御史纠劾之。”
顺天府。府尹一人，(正三品)府丞一人，(正四品)治中一人，(正五品)通判六人，(正六品，嘉靖后革三人。)推官一人，(从六品)儒学教授一人，(从九品)训导一人。其属，经历司，经历一人，(从七品)知事一人。(从八品)照磨所，照磨一人，(从九品)检校一人。所辖，宛平、大兴二县，各知县一人，(正六品)县丞二人，(正七品)主簿无定员，(正八品)典史一人。司狱司，司狱一人。(从九品)都税司，大使一人，(从九品)副使一人。宣课司，(凡四，正阳门外、正阳门、张家湾、卢沟桥。)税课司，(凡二，安定门外、安定门。)各大使一人。(从九品)税课分司，(凡二，崇文门、德胜门。)各副使一人。递军所、批验所，各大使一人。
府尹，掌京府之政令。宣化和人，劝农问俗，均贡赋，节征徭，谨祭祀，阅实户口，纠治豪强，隐恤穷困，疏理狱讼，务知百姓之疾苦。岁立春，迎春、进春，祭先农之神。月朔望，早朝，奏老人坊厢听宣谕。孟春、孟冬，率其僚属行乡饮酒礼。凡勋戚家人文引，每三月一奏。市易平其物价。遇内官监征派物料，虽有印信、揭帖，必补牍面奏。若天子耕耤，行三推礼，则奉青箱播种于后。礼毕，率庶人终亩。府丞，贰京府，兼领学校。治中，参理府事，以佐尹丞。通判，分理粮储、马政、军匠、薪炭、河渠、堤涂之事。推官，理刑名，察属吏。二县，职掌如外县，以近莅辇下，故品秩特优。
顺天府即旧北平府。洪武二年置北平行省。九年改为北平布政司，皆以北平为会府。永乐初，改为顺天府。十年，升为府尹，秩正三品，设官如应天府。(顺天府通判，旧六人，内一人管粮，一人管马，一人清军，一人管匠，一人管河，一人管柴炭。嘉靖八年革管河、管柴炭二人。万历九年革清军、管匠二人。十一年复设一人，兼管军匠。)
武学。京卫武学，教授一人，(从九品)训导一人。卫武学，教授一人，训导二人或一人。掌教京卫各卫幼官及应袭舍人与武生，以待科举、武举、会举，而听于兵部。其无武学者，凡诸武生则隶儒学。
建文四年始置京卫武学，设教授一人。启忠等十斋，各训导二人。永乐中罢，正统六年复设。后渐置各卫武军，设官如儒学之制。
僧录司。左、右善世二人，(正六品)左、右阐教二人，(从六品)左右讲经二人，(正八品)左、右觉义二人。(从八品)
导录司。左、右正一二人，(正六品)左、右演法二人，(从六品)左、右至灵二人，(正八品)左、右玄义二人。(从八品)神乐观提点一人，(正六品)知观一人，(从八品，嘉靖中革。)龙虎山正一真人一人。(正二品。洪武元年，张正常入朝，去其天师之号，封为真人，世袭。隆庆间革真人，止称提点。万历初复之。)法官、赞教、掌书各二人。阁皂山、三茅山各灵官一人，(正八品)太和山提点一人。
僧、道录司掌天下僧道。在外府州县有僧纲、道纪等司，分掌其事，俱选精通经典、戒行端洁者为之。神乐观掌乐舞，以备大祀天地、神祇及宗庙、社稷之祭，隶太常寺，与道录司无统属。
洪武元年，立善世、玄教二院。四年革。五年，给僧道度牒。十一年，建神乐观于郊祀坛西，设提点、知观。(初，提点从六品，知观从九品。洪武十五年升提点正六品，知观从八品。凡遇朝会，提点列于僧录司左善世之下，道录司左正一之上。)十五年，始置僧录司、道录司。(各设官如前所列。)僧凡三等：曰禅，曰讲，曰教。道凡二等：曰全真，曰正一。设官不给俸，隶礼部。二十四年，清理释、道二教，限僧三年一度给牒。凡各府州县寺观，但存宽大者一所，并居之。凡僧道，府不得过四十人，州三十人，县二十人。民年非四十以上、女年非五十以上者，不得出家。二十八年，令天下僧道赴京考试给牒，不通经典者黜之。其后，释氏有法王、佛子、大国师等封号，道士有大真人、高士，高士等封号，赐银印蟒玉，加太常卿、礼部尚书及宫保衔，至有封伯爵者，皆一时宠幸，非制也。
教坊司。奉銮一人，(正九品)左、右韶舞各一人，左、右司乐各一人，(并从九品)掌乐舞承应。以乐户充之，隶礼部。(嘉靖中，又设显陵供祀教坊司，设左、右司乐各一人。)
宦官。十二监。(每监各太监一员，正四品，左、右少监各一员，从四品，左、右监丞各一员，正五品，典簿一员，正六品，长随、奉御无定员，从六品。此洪武旧制也。后渐更革，详见各条下。)司礼监，(提督太监一员，掌印太监一员，秉笔太监、随堂太监、书籍名画等库掌司、内书堂掌司、六科郎掌司、典簿无定员。提督掌督理皇城内一应仪礼刑名，及钤束长随、当差、听事各役，关防门禁，催督光禄供应等事。掌印掌理内外章奏及御前勘合。秉笔、随堂掌章奏文书，照阁票批朱。掌司各掌所司。典簿典记奏章及诸出纳号簿。)内官监，(掌印太监一员，总理、管理、佥书、典簿、掌司、写字、监工无定员，掌木、石、瓦、土、塔材、东行、西行、油漆、婚礼、火药十作，及米盐库、营造库、皇坛库，凡国家营造宫室、陵墓，并铜锡妆奁、器用暨冰窨诸事。)御用监，(掌印太监一员，里外监把总二员，典簿、掌司、写字、监工无定员。凡御前所用围屏、床榻诸木器，及紫檀、象牙、乌木、螺甸诸玩器，皆造办之。又有仁智殿监工一员，掌武英殿中书承旨所写书籍画册等，奏进御前。)司设监，(员同内官监，掌卤簿、仪仗、帷幕诸事。)御马监，(掌印、监督、提督太监各一员。腾骧四卫营各设监官、掌司、典簿、写字、拿马等员。象房有掌司等员。)神宫监，(掌印太监一员，佥书、掌司、管理无定员，掌太庙各庙洒扫、香灯等事。)尚膳监，(掌印太监一员，提督光禄太监一员，总理一员，管理、佥书、掌司、写字、监工及各牛羊等房厂监工无定员，掌御膳及宫内食用并筵宴诸事。)尚宝监，(掌印一员，佥书、掌司无定员，掌宝玺、敕符、将军印信。凡用宝，外尚宝司以揭帖赴监请旨，至女官尚宝司领取，监视外司用讫，存号簿，缴进。)印绶监，(员同尚宝，掌古今通集库，并铁券、诰敕、贴黄、印信、勘合、符验、信符诸事。)直殿监，(员同上，掌各殿及廊庑扫除事。)尚衣监，(掌印太监一员，管理、佥书、掌司、监工无定员，掌御用冠冕、袍服及屦舄、靴袜之事。)都知监。(掌印太监一员，佥书、掌司、长随、奉御无定员，旧掌各监行移、关知、勘合之事，后惟随驾前导警跸。)