宣德六年用御史白圭言，浚金龙口，引河水达徐州以便漕。末年至英宗初再浚，并及凤池口水，徐、吕二洪，西小河，而会通安流，自永、宣至正统间凡数十载。至十三年，河决荥阳，东冲张秋，溃沙湾，运道始坏。命廷臣塞之。
景泰三年五月，堤工乃完。未匝月而北马头复决，掣漕流以东。清河训导唐学成言：“河决沙湾，临清告涸。地卑堤薄，黄河势急，故甫完堤而复决也。临清至沙湾十二闸，有水之日，其势甚陡。请於临清以南浚月河通舟，直抵沙湾，不复由闸，则水势缓而漕运通矣。”帝即命学成与山东巡抚洪英相度。工部侍郎赵荣则言：“沙湾抵张秋岸薄，故数决。请於决处置减水石坝，使东入盐河，则运河之水可蓄。然后厚堤岸，填决口，庶无后患。”
明年四月，决口方毕工，而减水坝及南分水墩先败，已，复尽冲墩岸桥梁，决北马头，掣漕水入盐河，运舟悉阻。教谕彭埙请立闸以制水势，开河以分上流。御史练纲上其策。诏下尚书石璞。璞乃凿河三里，以避决口，上下与运河通。是岁，漕舟不前者，命漕运总兵官徐恭姑输东昌、济宁仓。及明年，运河胶浅如故。恭与都御史王竑言：“漕舟蚁聚临清上下，请亟敕都御史徐有贞筑塞沙湾决河。”有贞不可，而献上三策，请置水闸，开分水河，挑运河。
六年三月，诏群臣集议方略。工部尚书江渊等请用官军五万以浚运。有贞恐役军费重，请复陈瑄旧制，置捞浅夫，用沿河州县民，免其役。
五月，浚漕工竣。七月，沙湾决口工亦竣，会通复安。都御史陈泰一浚淮、扬漕河，筑口置坝。黄河尝灌新庄闸至清江浦三十馀里，淤浅阻漕，稍稍浚治，即复其旧。英宗初，命官督漕，分济宁南北为二，侍郎郑辰治其南，副都御史贾谅治其北。
成化七年，又因廷议，分漕河沛县以南、德州以北及山东为三道，各委曹郎及监司专理，且请简风力大臣总理其事。始命侍郎王恕为总河。二十一年敕工部侍郎杜谦浚运道，自通州至淮、扬，会山东、河南抚按相度经理。
弘治二年，河复决张秋，冲会通河，命户部侍郎白昂相治。昂奏金龙口决口已淤，河并为一大支，由祥符合沁下徐州而去。其间河道浅隘，宜於所经七县，筑堤岸以卫张秋。下工部议，从其请。昂又以漕船经高邮甓社湖多溺，请於堤东开複河西四十里以通舟。越四年，河复决数道入运河，坏张秋东堤，夺汶水入海，漕流绝。时工部侍郎陈政总理河道，集夫十五万，治未效而卒。
六年春，副都御史刘大夏奉敕往治决河。夏半，漕舟鳞集，乃先自决口西岸凿月河以通漕。经营二年，张秋决口就塞，复筑黄陵冈上流。於是河复南下，运道无阻。乃改张秋曰安平镇，建庙赐额曰显惠神祠，命大学士王鏊纪其事，勒於石。而白昂所开高邮複河亦成，赐名康济，其西岸以石甃之。又甃高邮堤，自杭家闸至张家镇凡三十里。高邮堤者，洪武时所筑也。陈瑄因旧增筑，延及宝应，土人相沿谓之老堤。正统三年易土以石。成化时，遣官筑重堤於高邮、邵伯、宝应、白马四湖老堤之东。而王恕为总河，修淮安以南诸决堤，且浚淮、扬漕河。重湖壖民盗决溉田之罚，造闸〈石达〉以储湖水。及大夏塞张秋，而昂又开康济，漕河上下无大患者二十馀年。
十六年，巡抚徐源言：“济宁地最高，必引上源洸水以济，其口在堈城石濑之上。元时治闸作堰，使水尽入南旺，分济南北运。成化间，易土以石。夫土堰之利，水小则遏以入洮，水大则闭闸以防沙壅，听其漫堰西流。自石堰成，水遂横溢，石堰既坏，民田亦冲。洸河沙塞，虽有闸门，压不能启。乞毁石复土，疏洸口壅塞以至济宁，而筑堈城迤西春城口子决岸。”帝命侍郎李遂往勘，言：“堈城石堰，一可遏淤沙，不为南旺湖之害，一可杀水势，不虑戴村坝之冲，不宜毁。近堰积沙，宜浚。堈城稍东有元时旧闸，引洸水入济宁，下接徐、吕漕河。东平州戴村，则汶水入海故道也。自永乐初，横筑一坝，遏汶入南旺湖，漕河始通。今自分水龙王庙至天井闸九十里，水高三丈有奇，若洸河更浚而深，则汶流尽向济宁而南，临清河道必涸。洸口不可浚。堈城口至柳泉九十里，无关运道，可弗事。柳泉至济宁，汶、泗诸水会流处，宜疏者二十馀里。春城口，外障汶水，内防民田，堤卑岸薄，宜与戴村坝并修筑。”从之。正德四年十月，河决沛县飞云桥，入运。寻塞。
世宗之初，河数坏漕。嘉靖六年，光禄少卿黄绾论泉源之利，言：“漕河泉源皆发山东南旺、马场、樊村、安山诸湖。泉水所钟，亟宜修浚，且引他泉并蓄，则漕不竭。南旺、马场堤外孙村地洼，若潴为湖，改作漕道，尤可免济宁高原浅涩之苦。”帝命总河侍郎章拯议。而拯以黄水入运，运船阻沛上，方为御史吴仲所劾。拯言：“河塞难遽通，惟金沟口迤北新冲一渠可令运船由此入昭阳湖，出沙河板桥。其先阻浅者，则西历鸡冢寺，出庙道北口通行。下部并议，未决。给事中张嵩言：“昭阳湖地庳，河势高，引河灌湖，必致弥漫，使湖道复阻。请罢拯，别推大臣。”部议如嵩言。拯再疏自劾，乞罢，不许。卒引运船道湖中。其冬，诏拯还京别叙，而命择大臣督理。
诸大臣多进治河议。詹事霍韬谓：“前议役山东、河南丁夫数万，疏浚淤沙以通运。然沙随水下，旋浚旋淤。今运舟由昭阳湖入鸡鸣台至沙河，迂回不过百里。若沿湖筑堤，浚为小河，河口为闸，以待蓄泄，水溢可避风涛，水涸易为疏浚。三月而土堤成，一年而石堤成，用力少，取效速。黄河愈溢，运道愈利，较之役丁夫以浚淤土，劳逸大不侔也。”尚书李承勋谓：“於昭阳湖左别开一河，引诸泉为运道，自留城沙河为尤便。”与都御史胡世宁议合。七年正月，总河都御史盛应期奏如世宁策，请於昭阳湖东凿新河，自汪家口南出留城口，长百四十里，刻期六月毕工。工未半，而应期罢去，役遂已。其后三十年，朱衡始循其遗迹，浚而成之。是年冬，总河侍郎潘希会加筑济、沛间东西两堤，以拒黄河。
十九年七月，河决野鸡冈，二洪涸。督理河漕侍郎王以旂请浚山东诸泉以济运，且筑长堤聚水，如闸河制。遂清旧泉百七十八，开新泉三十一。以旂复奏四事。一请以诸泉分隶守土官兼理其事，毋使堙塞。一请於境山镇、徐、吕二洪之下，各建石闸，蓄水数尺以行舟，旁留月河以泄暴汛；筑四木闸於武家沟、小河口、石城、匙头湾，而置方船於沙坊等浅，以备捞浚。一言漕河两岸有南旺、安山、马场、昭阳四湖，名为水柜，所以汇诸泉济漕河也。豪强侵占，蓄水不多，而昭阳一湖淤成高地，大非国初设湖初意。宜委官清理，添置闸、坝、斗门，培筑堤岸，多开沟渠，浚深河底，以复四柜。一言黄河南徙，旧闸口俱塞，惟孙继一口独存。导河出徐州小浮桥，下徐、吕二洪，此济运之大者。请於孙继口多开一沟，及时疏瀹，庶二洪得济。帝可其奏，而以管泉专责之部曹。