二十一年五月，恒雨。漕河泛溢，溃济宁及淮河诸堤岸。总河尚书舒应龙议：筑堽城坝，遏汶水之南，开马踏湖月河口，导汶水之北。开通济闸，放月河土坝以杀汹涌之势。从其奏。数年之间，会通上下无阻，而黄、淮并涨，高堰及高邮堤数决害漕。应龙卒罢去。建议者纷纷，未有所定。
杨一魁代应龙为总河尚书，力主分黄导淮。治逾年，工将竣，又请决湖水以疏漕渠，言：“高、宝诸湖本沃壤也，自淮、黄逆壅，遂成昏垫。今入江入海之路即浚，宜开治泾河、子婴沟、金湾河诸闸及瓜、仪二闸，大放湖水，就湖疏渠，与高、宝月河相接。既避运道风波之险，而水涸成田，给民耕种，渐议起科，可充河费。”命如议行。时下流既疏，淮水渐帖，而河方决黄堌口。督漕都御史褚鈇恐泄太多，徐、邳淤阻，力请塞之。一魁持不可，浚两河口至小浮桥故道以通漕。然河大势南徙，二洪漕屡涸，复大挑黄堌下之李吉口，挽黄以济之，非久辄淤。
一魁入掌部事。二十六年，刘东星继之，守一魁旧议，李吉口淤益高。岁冬月，即其地开一小河，春夏引水入徐州，如是者三年，大抵至秋即淤。乃复开赵家圈以接黄，开泇河以济运。赵家圈旋淤，泇河未复，而东星卒。於是凤阳巡抚都御史李三才建议自镇口闸至磨儿庄仿闸河制，三十里一闸，凡建六闸於河中，节宣汶、济之水，聊以通漕。漕舟至京，不复能如期矣。东星在事，开邵伯月河，长十八里，阔十八丈有奇，以避湖险。又开界首月河，长千八百馀丈。各建金门石闸二，漕舟利焉。
三十二年，总河侍郎李化龙始大开泇河，自直河至李家港二百六十馀里，尽避黄河之险。化龙忧去，总河侍郎曹时聘终其事，疏叙泇河之功，言：“舒应龙创开韩家庄以泄湖水，而路始通。刘东星大开良城、侯家庄以试行运，而路渐广。李化龙上开李家港，凿都水石，下开直河口，挑田家庄，殚力经营，行运过半，而路始开，故臣得接踵告竣。”因条上善后六事，运道由此大通。其后每年三月开泇河坝，由直河口进，九月开召公坝入黄河，粮艘及官民船悉以为准。
四十四年，巡漕御史朱堦请修复泉湖，言：“宋礼筑坝戴村，夺二汶入海之路，灌以成河，复导洙、泗、洸、沂诸水以佐之。汶虽率众流出全力以奉漕，然行远而竭，已自难支。至南旺，又分其四以南迎淮，六以北赴卫，力分益薄。况此水夏秋则涨，冬春而涸，无雨即夏秋亦涸。礼逆虑其不可恃，乃於沿河昭阳、南旺、马踏、蜀山、安山诸湖设立斗门，名曰水柜。漕河水涨，则潴其溢出者於湖，水消则决而注之漕。积泄有法，盗决有罪，故旱涝恃以无恐。及岁久禁驰，湖浅可耕，多为势豪所占，昭阳一湖已作藩田。比来山东半年不雨，泉欲断流，按图而索水柜，茫无知者。乞敕河臣清核，亟筑堤坝斗门以广蓄储。”帝从其请。
方议浚泉湖，而河决徐州狼矢沟，由蛤鳗诸湖入泇河，出直口，运船迎溜艰险。督漕侍郎陈荐开武河等口，泄水平溜。后二年，决口长淤沙，河始复故道。总河侍郎王佐加筑月坝以障之。至泰昌元年冬，佐言：“诸湖水柜已复，安山湖且复五十五里，诚可利漕。请以水柜之废兴为河官殿最。”从之。
天启元年，淮、黄涨溢，决里河王公祠，淮安知府宋统殷、山阳知县练国事力塞之。三年秋，外河复决数口，寻塞。是年冬，浚永济新河。自凌云翼开是河，未几而闭。总河都御史刘士忠尝开坝以济运，已复塞。而淮安正河三十年未浚。故议先挑新河，通运船回空，乃浚正河，自许家闸至惠济祠长千四百馀丈，复建通济月河小闸，运船皆由正河，新河复闭。时王家集、磨儿庄湍溜日甚，漕储参政朱国盛谋改浚一河以为漕计，令同知宋士中自泇口迤东抵宿迁陈沟口，复溯骆马湖，上至马颊河，往回相度。乃议开马家洲，且疏马颊河口淤塞，上接泇流，下避刘口之险，又疏三汊河流沙十三里，开滔庄河百馀丈，浚深小河二十里，开王能庄二十里，以通骆马湖口，筑塞张家等沟数十道，束水归漕。计河五十七里，名通济新河。五年四月，工成，运道从新河，无刘口、磨儿庄诸险之患。明年，总河侍郎李从心开陈沟地十里，以竟前工。
崇祯二年，淮安苏家嘴、新沟大坝并决，没山、盐、高、泰民田。五年，又决建义北坝。总河尚书朱光祚浚骆马湖，避河险十三处，名顺济河。六年，良城至徐塘淤为平陆，漕运愆期，夺光祚官，刘荣嗣继之。
八年，骆马湖淤阻，荣嗣开河徐、宿，引注黄水，被劾，得重罪。侍郎周鼎继之，乃专力于泇河，浚麦河支河，筑王母山前后坝、胜阳山东堤、马蹄厓十字河拦水壩，挑良城闸抵徐塘口六千馀丈。九年夏，泇河复通，由宿迁陈沟口合大河。鼎又修高家堰及新沟漾田营堤，增筑天妃闸石工，去南旺湖彭口沙礓，浚刘吕庄至黄林庄百六十里。而是时黄、淮涨溢日甚，倒灌害漕。鼎在事五年，卒以运阻削职。继之者侍郎张国维，甫莅任，即以漕涸被责。
十四年，国维言：“济宁运道自枣林闸溯师家庄、仲家浅二闸，岁患淤浅，每引泗河由鲁桥入运以济之。伏秋水长，足资利涉。而挟沙注河，水退沙积，利害参半。旁自白马河汇邹县诸泉，与泗合流而出鲁桥，力弱不能敌泗，河身半淤，不为漕用。然其上源宽处正与仲家浅闸相对，导令由此入运，较鲁桥高下悬殊，且易细流为洪流，又减沙渗之患，而济仲家浅及师庄、枣林，有三便。”又言：“南旺水本地脊，惟藉泰安、新泰、莱芜、宁阳、汶上、东平、平阴、肥城八州县泉源，由汶入运，故运河得通。今东平、平阴、肥城淤沙中断，请亟浚之。”复上疏运六策：一复安山湖水柜以济北闸，一改挑沧浪河从万年仓出口以利四闸，一展浚汶河、陶河上源以济邳派，一改道沂河出徐塘口以并利邳、宿，其二即开三州县淤沙及改挑白马湖也。皆命酌行。国维又浚淮、扬漕河三百馀里。当是时，河臣竭力补苴，南河稍宁，北河数浅阻。而河南守臣壅黄河以灌贼。河大决开封，下流日淤，河事益坏，未几而明亡矣。