恭又言：“清江浦河六十里，陈瑄浚至天妃祠东，注於黄河。运艘出天妃口入黄穿清特半饷耳。后黄涨，逆注入口，清遂多淤。议者不制天妃口而遽塞之，令淮水勿与黄值。开新河以接淮河，曰“接清流勿接浊流，可不淤也”。不知黄河非安流之水，伏秋盛发，则西拥淮流数十里，并灌新开河。彼天妃口，一黄水之淤耳。今淮、黄会於新闸开河口，是二淤也。防一淤，生二淤，又生淮、黄交会之浅。岁役丁夫千百，浚治方毕，水过复合。又使运艘迂八里浅滞而始达於清河，孰与出天妃口者之便且利？请建天妃闸，俾漕船直达清河。运尽而黄水盛发，则闭闸绝黄，水落则启天妃闸以利商船。新河口勿浚可也。”。乃建天妃庙口石闸。
恭又言：“由黄河入闸河为茶城，出临清板闸七百馀里，旧有七十二浅。自创开新河，汶流平衍，地势高下不甚相悬，七十浅悉为通渠。惟茶、黄交会间，运盛之时，正值黄河水落之候，高下不相接，是以有茶城黄家闸之浅，连年患之。祖宗时，尝建境山闸，自新河水平，闸没泥淖且丈馀。其闸上距黄家闸二十里，下接茶城十里，因故基累石为之，可留黄家闸外二十里之上流，接茶城内十里之下流，且挟二十里水势，冲十里之狭流，蔑不胜矣。”乃复境山旧闸。
恭建三议，尚书衡覆行之，为运道永利。而是时，茶城岁淤，恭方报正河安流，回空船速出。给事中朱南雍以回空多阻，劾恭隐蔽溺职。帝切责恭，罢去。
三年二月，总河都御史傅希挚请开泇河以避黄险，不果行。希挚又请浚梁山以下，与茶城互用，淤旧则通新而挑旧，淤新则通旧而挑新，筑坝断流，常通其一以备不虞。诏从所请。工未成，而河决崔镇，淮决高家堰，高邮湖决清水潭、丁志等口，淮城几没。知府邵元哲开菊花潭，以泄淮安、高、宝三城之水，东方刍米少通。
明年春，督漕侍郎张翀以筑清水潭堤工钜不克就，欲令粮船暂由圈子田以行。巡按御史陈功不可。河漕侍郎吴桂芳言：“高邮湖老堤，陈瑄所建。后白昂开月河，距湖数里，中为土堤，东为石堤，首尾建闸，名为康济河。其中堤之西，老堤之东，民田数万亩，所谓圈子田也。河湖相去太远，老堤缺坏不修，遂至水入圈田，又成一湖。而中堤溃坏，东堤独受数百里湖涛，清水潭之决，势所必至。宜遵弘治间王恕之议，就老堤为月河，但修东西二堤，费省而工易举。”帝命如所请行之。是年，元哲修筑淮安长堤，又疏盐城石〈石达〉口下流入海。
五年二月，高邮石堤将成，桂芳请傍老堤十数丈开挑月河。因言：“白昂康济月河去老堤太远，人心狃月河之安，忘老堤外捍之力。年复一年，不加省视，老、中二堤俱坏，而东堤不能独存。今河与老堤近，则易於管摄。”御史陈世宝论江北河道，请於宝应湖堤补石堤以固其外，而於石堤之东复筑一堤，以通月河，漕舟行其中。并议行。其冬，高邮湖土石二堤、新开漕河南北二闸及老堤加石、增护堤木城各工竣事。桂芳又与元哲增筑山阳长堤，自板闸至黄浦亘七十里，闭通济闸不用，而建兴文闸，且修新庄诸闸，筑清江浦南堤，创板闸漕堤，南北与新旧堤接。板闸即故移风闸也。堤、闸并修，淮、扬漕道渐固。
六年，总理河漕都御史潘季驯筑高家堰，及清江浦柳浦湾以东加筑礼、智二坝，修宝应、黄清等八浅堤，高、宝减水闸四，又拆新庄闸而改建通济闸於甘罗城南。明初运粮，自瓜、仪至淮安谓之里河，自五坝转黄河谓之外河，不相通。及开清江浦，设闸天妃口，春夏之交重运毕，即闭以拒黄。岁久法驰，闸不封而黄水入。嘉靖末，塞天妃口，於浦南三里沟开新河，设通济闸以就淮水。已又从万恭言，复天妃闸。未几又从御史刘光国言，增筑通济，自仲夏至季秋，隔日一放回空漕船。既而启闭不时，淤塞日甚，开朱家口引清水灌之，仅通舟。至是改建甘罗城南，专向淮水，使河不得直射。
十年，督漕尚书凌云翼以运船由清江浦出口多艰险，乃自浦西开永济河四十五里，起城南窑湾，历龙江闸，至杨家涧出武家墩，折而东，合通济闸出口。更置闸三，以备清江浦之险。是时漕河就治，淮、扬免水灾者十馀年。初，黄河之害漕也，自金龙口而东，则会通以淤。迨塞沙湾、张秋闸，漕以安，则徐、氵市间数被其害。至崔镇高堰之决，黄、淮交涨而害漕，乃在淮、扬间，湖溃则败漕。季驯以高堰障洪泽，俾堰东四湖勿受淮侵，漕始无败。而河漕诸臣惧湖害，日夜常惴惴。
十三年从总漕都御史李世达议，开宝应月河。宝应汜光湖，诸湖中最湍险者也，广百二十馀里。槐角楼当其中，形曲如箕，瓦店翼其南，秤钩湾翼其北。西风鼓浪，往往覆舟。陈瑄筑堤湖东，蓄水为运道。上有所受，下无所宣，遂决为八浅，汇为六潭，兴、盐诸场皆没。而淮水又从周家桥漫入，溺人民，害漕运。武宗末年，郎中杨最请开月河，部覆不从。嘉靖中，工部郎中陈毓贤、户部员外范韶、御史闻人诠、运粮千户李显皆以为言，议行未果。至是，工部郎中许应逵建议，世达用其言以奏，乃决行之。浚河千七百馀丈，置石闸三，减水闸二，筑堤九千馀丈，石堤三之一，子堤五千馀丈。工成，赐名弘济。寻改石闸为平水闸。应逵又筑高邮护城堤。其后，弘济南北闸，夏秋淮涨，吞吐不及，舟多覆者。神宗季年，督漕侍郎陈荐於南北各开月河以杀河怒，而溜始平。
十五年，督漕侍郎杨一魁请修高家堰以保上流，砌范家口以制旁决，疏草湾以杀河势，修礼坝以保新城。诏如其议。一魁又改建古洪闸。先是，汶、泗之水由茶城会黄河。隆庆间，浊流倒灌，稽阻运船，郎中陈瑛移黄河口於茶城东八里，建古洪、内华二闸，漕河从古洪出口。后黄水发，淤益甚。一魁既改古洪，帝又从给事中常居敬言，令增筑镇口闸於古洪外，距河仅八十丈，吐纳益易，粮运利之。
工部尚书石星议季驯、居敬条上善后事宜，请分地责成：接筑塔山缕堤，清江浦草坝，创筑宝应西堤，石砌邵伯湖堤，疏浚里河淤浅，当在淮、扬兴举；察复南旺、马踏、蜀山、马场四湖，建筑坎河滚水坝，加建通济、永通二闸，察复安山湖地，当在山东兴举。帝从其议。未几，众工皆成。
十九年，季驯言：“宿迁以南，地形西洼，请开缕堤放水。沙随水入，地随沙高，庶水患消而费可省。”又请易高家堰土堤为石，筑满家闸西拦河坝，使汶、泗尽归新河。设减水闸於李家口，以泄沛县积水。从之。十月，淮湖大涨，江都淳家湾石堤、邵伯南坝、高邮中堤、朱家墩、清水潭皆决。郎中黄日谨筑塞仅竣，而山阳堤亦决。