四年春二月，徐龛又帅众来降。鲜卑末波奉送皇帝信玺。庚戌，告于太庙，乃受之。癸亥，日斗。三月，置周易、仪礼、公羊博士。癸酉，以平东将军曹嶷为安东将军。夏四月辛亥，帝亲览庶狱。石勒攻厌次，陷之。抚军将军、幽州刺史段匹磾没于勒。五月，旱。庚申，诏曰：“昔汉二祖及魏武皆免良人，武帝时，凉州覆败，诸为奴婢亦皆复籍，此累代成规也。其免中州良人遭难为扬州诸郡僮客者，以备征役。”秋七月，大水。甲戌，以尚书戴若思为征西将军、都督司兖豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥；丹阳尹刘隗为镇北将军、都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴。壬千，以骠骑将军王导为司空。八月，常山崩。九月壬寅，镇西将军、豫州刺史祖逖卒。冬十月壬午，以逖弟侍中约为平西将军、豫州刺史。十二月，以慕容廆为持节、都督幽平二州东夷诸军事、平州牧，封辽东郡公。
永昌元年正月乙卯，大赦，改元。戊辰，大将军王敦举兵于武昌，以诛刘隗为名，龙骧将军沈充帅众应之。三月，徵征西将军戴若思、镇北将军刘隗还卫京都。以司空王导为前锋大都督，以戴若思为骠骑将军，丹阳诸郡皆加军号。加仆射周顗尚书左仆射，领军王邃尚书右仆射。以太子右卫率周筵行冠军将军，统兵三千讨沈充。甲午，封皇子昱为琅邪王。刘隗军于金城，右将军周札守石头，帝亲被甲徇六师于郊外。遣平南将军陶侃领江州，安南将军甘卓领荆州，各帅所统以蹑敦后。四月，敦前锋攻石头，周札开城门应之，奋威将军侯礼死之。敦据石头，戴若思、刘隗帅众攻之，王导、周顗、郭逸、虞潭等三道出战，六军败绩。尚书令刁协奔于江乘，为贼所害。镇北将军刘隗奔于石勒。帝遣使谓敦曰：“公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安也。如其不然，腾当归于琅邪，以避贤路。”辛未，大赦。敦乃自为丞相、都督中外诸军、录尚书事，封武昌郡公，邑万户。丙子，骠骑将军、秣陵侯戴若思，尚书左仆射、护军将军、武城侯周顗为敦所害。敦将沈充陷吴国，魏乂陷湘州，吴国内史张茂，湘州刺史、谯王承并遇害。五月壬申，敦以太保、西阳王羕为太宰，加司空王导尚书令。乙亥，镇南大将军甘卓为襄阳太守周虑所害。蜀贼张龙寇巴东，建平太守柳纯击走之。石勒遣骑寇河南。六月，旱。秋七月，王敦自加兖州刺史郗鉴为安北将军。石勒将石季龙攻陷太山，执守将徐龛。兖州刺史郗鉴自邹山退守合肥。八月，敦以其见含为卫将军，自领宁、益二州都督。琅邪太守孙默叛，降于石勒。冬十月，大疫，死者十二三。己丑，都督荆梁二州诸军事、平南将军、荆州刺史、武陵侯王暠卒。辛卯，以下邳内史王邃为征北将军、都督青徐幽平四州诸军事，镇淮阴。新昌太守梁硕起兵反。京师大务，黑气蔽天，日月无光。石勒攻陷襄城、城父，遂围谯，破祖约别军，约退据寿春。十一月，以司徒荀组为太尉。己酉，太尉荀组薨。罢司徒，并丞相。闰月己丑，帝崩于内殿，时年四十七，葬建平陵，庙号中宗。
帝性简俭冲素，容纳直言，虚己待物。初镇江东，颇以酒废事，王导深以为言，帝命酌，引觞覆之，于此遂绝。有司尝奏太极殿广室施绛帐，帝曰：“汉文集上书皁囊为帷。”遂令冬施青布，夏施青綀帷帐。将拜贵人，有司请市雀钗，帝以烦费不许。所幸郑夫人衣无文彩。从母弟王暠为母立屋过制，流涕止之。然晋室遘纷，皇舆播越，天命未改，人谋叶赞。元戎屡动，不出江畿，经略区区，仅全吴楚。终于下陵上辱，忧愤告谢。恭俭之德虽充，雄武之量不足。始秦时望气者云“五百年后金陵有天子气”，故始皇东游以厌之，改其地曰秣陵，堑北山以绝其势。及孙权之称号。自谓当之。孙盛以为始皇逮于孙氏四百三十七载，考其历数，犹为未及；元帝之渡江也，乃五百二十六年，真人之应在于此矣。咸宁初，风吹太社树折，社中有青气，占者以为东莞有帝者之祥。由是徙封东莞王于琅邪，即武王也。及吴之亡，王濬实先至建邺，而皓之降款，远归玺于琅邪。天意人事，又符中兴之兆。太安之际，童谣云：“五马浮渡江，一马化为龙。”及永嘉中，岁、镇、荧惑、太白聚斗、牛之间，识者以为吴越之地当兴王者。是岁，王室沦覆，帝与西阳、汝南、南顿、彭城五王获济，而帝竟登大位焉。初，玄石图有“牛继马后”，故宣帝深忌牛氏，遂为二榼，共一口，以贮酒焉，帝先饮佳者，而以毒酒鸩其将牛金。而恭王妃夏侯氏竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符云。
史臣曰：晋氏不虞，自中流外，五胡扛鼎，七庙隳尊，滔天方驾，则民怀其旧德者矣。昔光武以数郡加名，元皇以一州临极，岂武宣余化犹畅于琅邪，文景垂仁传芳于南顿，所谓后乎天时，先诸人事者也。驰章献号，高盖成阴，星斗呈祥，金陵表庆。陶士行拥三州之旅，郢外以安；王茂弘为分陕之计，江东可立。或高旌未拂，而遐心斯偃，回首朝阳，仰希乾栋，帝犹六让不居，七辞而不免也。布帐綀帷，详刑简化，抑扬前轨，光启中兴。古首私家不蓄甲兵，大臣不为威福，王之常制，以训股肱。中宗失驭强臣，自亡齐斧，两京胡羯，风埃相望。虽复六月之驾无闻，而鸿雁之歌方远，享国无几，哀哉！
明皇帝讳绍，字道畿，元皇帝长子也。幼而聪哲，为元帝所宠异。年数岁，尝坐置膝前，属长安使来，因问帝曰：“汝谓日与长安孰远？”对曰：“长安近。不闻人从日边来，居然可知也。”元帝异之。明日，宴群僚，又问之。对曰：“日近。”元帝失色，曰：“何乃异间者之言乎？”对曰：“举目则见日，不见长安。”由是益奇之。
建兴初，拜东中郎将，镇广陵。元帝为晋王，立为晋王太子。及帝即尊号，立为皇太子。性至孝，有文武才略，钦贤爱客，雅好文辞。当时名臣，自王导、庚亮、温峤、桓彝、阮放等，咸见亲待。尝论圣人真假之意，导等不能屈。又习武艺，善抚将士。于时东朝济济，远近属心焉。及王敦之乱，六军败绩，帝欲帅将士决战，升车将出，中庶子温峤固谏，抽剑斩鞅，乃止。敦素以帝神武明略，朝野之所钦信，欲诬以不孝而废焉。大会百官而问温峤曰：“皇太子以何德称？”声色俱厉，必欲使有言。峤对曰：“钩深致远，盖非浅局所量。以礼观之，可称为孝矣。”众皆以为信然，敦谋遂止。
永昌元年闰月己丑，元帝崩。庚寅，太子即皇帝位，大赦，尊所生荀氏为建安郡君。
太宁元年春正月癸巳，黄雾四塞，京师火。李雄使其将李骧、任回寇台登，将军司马玖死之。越巂太守李钊、汉嘉太守王载以郡叛，降于骧。二月，葬元帝于建平陵，帝徒跣至于陵所。以特进华恆为骠骑将军、都督石头水陆军事。乙丑，黄雾四塞。丙寅，陨霜。壬申，又陨霜，杀谷。三月戊寅朔，改元，临轩，停飨宴之礼，悬而不乐。丙戌，陨霜，杀草。饶安、东光、安陵三县灾，烧七千余家，死者万五千人。石勒攻陷下邳，徐州刺史卞敦退保盱眙。王敦献皇帝信玺一纽。敦将谋篡逆，讽朝廷徵己，帝乃手诏徵之。夏四月，敦下屯于湖，转司空王导为司徒，自领扬州牧。巴东监军柳纯为敦所害。以尚书陈??为都督幽平二州诸军事、幽州刺史。五月，京师大水。李骧等寇宁州，刺史王逊遣将姚岳距战于堂狼，大破之。梁硕攻陷交州，刺史王谅死之。六月壬子，立皇后庾氏。平南将军陶侃遣参军高宝攻梁硕，斩之，传首京师。进侃位征南大将军、开府仪同三司。秋七月丙子朔，震太极殿柱。是月，刘曜攻陈安于陇城，灭之。八月，以安北将军郗鉴为尚书令。石勒将石季龙攻陷青州，刺史曹嶷遇害。冬十一月，王敦以其兄征南大将军含为征东大将军、都督扬州江西诸军事。以军事饥乏，调刺史以下米各有差。