二年春正月丁丑，帝临朝，停飨宴之礼，悬而不乐。庚辰，赦五岁刑以下。术人李脱造妖书惑众，斩于建康市。石勒将石季龙寇兖州，刺史刘遐自彭城退保泗口。三月，刘曜将康平寇魏兴，及南阳。夏五月，王敦矫诏拜其子应为武卫将军，兄含为骠骑大将军。帝所亲信常从督公乘雄、冉曾并为敦所害。六月，敦将举兵内向，帝密知之，乃乘巴滇骏马微行，至于湖，阴察敦营垒而出。有军士疑帝非常人。又敦正书寝，梦日环其城，惊起曰：“此必黄须鲜卑奴来也。”帝母荀氏，燕代人，帝状类外氏，须黄，敦故谓帝云。于是使五骑物色追帝。帝亦驰去，马有遗粪，辄以水灌之。见逆旅卖食妪，以七宝鞭与之，曰：“后有骑来，可以此示也。”俄而追者至，问妪。妪曰：“去巳远矣。”因以鞭示之。五骑传玩，稽留遂久，又见马粪冷，以为信远而止不追。帝仅而获免。丁卯，加司徒王导大都督、假节，领扬州刺史，以丹阳尹温峤为中垒将军，与右将军卞敦守石头，以光禄勋应詹为护军将军、假节、督硃雀桥南诸军事，以尚书令郗鉴行卫将军、都督从驾诸军事，以中书监庾亮领左卫将军，以尚书卞壸行中军将军。征平北将军、徐州刺史王邃，平西将军、豫州刺史祖约，北中郎将、兖州刺史刘遐，奋武将军、临淮太守苏峻，奋威将军、广陵太守陶瞻等还卫京师。帝次于中堂。秋七月壬申朔，敦遣其兄含及钱凤、周抚、邓岳等水陆五万，至于南岸。温峤移屯水北，烧硃雀桁，以挫其锋。帝躬率六军，出次南皇堂。至癸酉夜，募壮士，遣将军段秀、中军司马曹浑、左卫参军陈嵩、钟寅等甲卒千人渡水，掩其未备。平旦，战于越城，大破之，斩其前锋将何康。王敦愤惋而死。前宗正虞潭起义师于会稽。沈充帅万余人来会含等，庚辰，筑垒于陵口。丁亥，刘遐、苏峻等帅精卒万人以至，帝夜见，劳之，赐将士各有差。义兴人周蹇杀敦所署太守刘芳，平西将军祖约逐敦所署淮南太守任台于寿春。乙未，贼众济水，护军将军应詹帅建威将军赵胤等距战，不利。贼至宣阳门，北中郎将刘遐、苏峻等自南塘横击，大破之。刘遐又破沈充于青溪。丙申，贼烧营宵遁。丁西，帝还宫，大赦，惟敦党不原。于是分遣诸将追其党与，悉平之。封司徒王导为始兴郡公，邑三千户，赐绢九千匹；丹阳尹温峤建宁县公，尚书卞壸建兴县公，中书监庾亮永昌县公，北中郎将刘遐泉陵县公，奋武将军苏峻邵陵县公，邑各一千八百户，绢各五千四百匹；尚书令郗鉴高平县侯，护军将军应詹观阳县侯，邑各千六百户，绢各四千八百匹；建威将军赵胤湘南县侯，右将军卞敦益阳县侯，邑各千六百户，绢各三千二百匹。其余封赏各有差。冬十月，以司徒王导为太保、领司徒，太宰、西阳王羕领太尉，应詹为平南将军、都督江州诸军事、江州刺史，刘遐为监淮北诸军事、徐州刺史，庾亮为护军将军。诏王敦群从一无所问。是时，石勒将石生屯洛阳，豫州刺史祖约退保寿阳。十二月壬子，帝谒建平陵，从大祥之礼。梁水太守爨亮、盗窃州太守李逷以兴古叛，降于李雄。沈充故将顾飏反于武康，攻烧城邑，州县讨斩之。
三年春二月戊辰，复三族刑，惟不及妇人。三月，幽州刺史段末波卒，以弟牙嗣。戊辰，立皇子衍为皇太子，大赦，增文武位二等，大酺三日，赐鳏寡孤独帛，人二匹。癸巳，征处士临海任旭、会稽虞喜并为博士。夏四月，诏曰：“大事初定，其命惟新。其令太宰、司徒巳下，诣都坐参议政道，诸所因革，务尽事中。”又诏曰：“餐直言，引亮正，想群贤达吾此怀矣。予违汝弼，尧舜之相君臣也。吾虽虚暗，庶不距逆耳之谈。稷契之任，君居之矣。望共勖之。”己亥，雨雹。石勒将石良寇兖州，刺史檀赟力战，死之。将军李矩等并众溃而归，石勒尽陷司、兖、豫三州之地。五月，以征南大将军陶侃为征西大将军、都督荆湘雍梁四州诸军事、荆州刺史，王舒为安南将军、都督广州诸军事、广州刺史。六月，石勒将石季龙攻刘曜将刘岳于新安，陷之。以广州刺史王舒为都督湘州诸军事、湘州刺史，湘州刺史刘顗为平越中郎将、都督广州诸军事、广州刺史。大旱，自正月不雨，至于是月。秋七月辛未，以尚书令郗鉴为车骑将军、都督青兖二州诸军事、假节，镇广陵，领军将军卞壸为尚书令。诏曰：“三恪二王，世代之所重；兴灭继绝，政道之所先。又宗室哲王有功勋于大晋受命之际者，佐命功臣，硕德名贤，三祖所与共维大业，咸开国胙土、誓同山河者，而并废绝，禋祀不传，甚用怀伤。主者其祥议诸应立后者以闻。”又诏曰：“郊祀天地，帝王之重事。自中兴以来，惟南郊，未曾北郊，四时五郊之礼都不复设，五岳、四渎、名山、大川载在祀典应望秩者，悉废而未举。主者其依旧详处。”八月，诏曰：“昔周武克殷，封比干之墓；汉高过赵，录乐毅之后，追显既往，以劝将来也。吴时将相名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”闰月，以尚书左仆射荀崧为光禄大夫、录尚书事，尚书邓攸为尚书左仆射。壬午，帝不豫，召太宰、西阳王羕，司徒王导，尚书令卞壸，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹阳尹温峤并受遗诏，辅太子。丁亥，诏曰：“自古有死，贤圣所同，寿夭穷达，归于一概，亦何足特痛哉！朕枕疾已久，常虑忽然。仰惟祖宗洪基，不能克终堂构，大耻未雪，百姓涂炭，所以有慨耳。不幸之日，敛以时服，一遵先度，务从简约，劳众崇饰，皆勿为也。衍以幼弱，猥当大重，当赖忠贤，训而成之。昔周公匡辅成王，霍氏拥育孝昭，义行前典，功冠二代，岂非宗臣之道乎？凡此公卿，时之望也。敬听顾命，任托付之重，同心断金，以谋王室。诸方岳征镇，刺史将守，皆朕扞城，推毂于外，虽事有内外，其致一也。故不有行者，谁扞牧圉？譬若脣齿，表里相资。宜戮力一心，若合符契，思美焉之美，以缉事为期。百辟卿士，其总己以听于冢宰，保祐冲幼，弘济艰难，永令祖宗之灵，宁于九天之上，则朕没于地下，无恨黄泉。”戊子，帝崩于东堂，年二十七，葬武平陵，庙号肃祖。
帝聪明有机断，尤精物理。于时兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极艰虞。属王敦挟震主之威，将移神器。帝骑驱遵养，以弱制强，潜谋独断，廓清大昆。改授荆、湘等四州，以分上流之势，拨乱反正，强本弱枝。虽享国日浅，而规模弘远矣。
史臣曰：维扬作宇，凭带洪流，楚江恆战，方城对敌，不得不推诚将相，以总戎麾。楼船万计，兵倍王室，处其利而无心者，周公其人也。威权外假，嫌隙内兴，彼有顺流之师，此无强籓之援。商逢九乱，尧止八音，明皇负图，属在兹日。运龙韬于掌握，起天旆于江靡，燎其余烬，有若秋原。去缞绖而践戎场，斩鲸鲵而拜园阙。镇削威权，州分江汉，覆车不践。贻厥孙谋。其后七十余年，终罹敬道之害。或曰：“兴亡在运，非止上流。”岂创制不殊，而弘之者异也。
赞曰：倾天起害，猛兽呈灾。琅邪之子，仁义归来，龚行赵璧，命箠荆台。云瞻北晦，江望南开。晋阳御敌，河西全壤。胡寇虽艰，灵心弗爽。三方驰骛，百蛮从响。宝命还昌，金辉载明。明后岐嶷，军书接要。莽首晨悬，董脐昏燎。厥德不回，余风可劭。