及元帝崩，则豫章复迁。然元帝神位犹在愍帝之下，故有坎室者十也。至明帝崩，而颖川又迁，犹十室也。于时续广太庙，故三迁主并还西储，名之曰祧，以准远庙。成帝咸康七年五月，始作武悼皇后神主，祔于庙，配飨世祖。成帝崩而康帝承统，以兄弟一世，故不迁京兆，始十一室也。
至康帝崩，穆帝立，永和二年七月，有司奏：“十月殷祭，京兆府君当迁祧室。昔征西、豫章、颍川三府君毁主，中兴之初权居天府，在庙门之西。咸康中，太常冯怀表续奉还于西储夹室，谓之为祧，疑亦非礼。今京兆迁入，是为四世远祖，长在太祖之上。昔周室太祖世远，故迁有所归。今晋庙宣皇为主。而四祖居之，是屈祖就孙也；殷祫在上，是代太祖也。”领司徒蔡谟议：“四府君宜改筑别室，若未展者，当入就太庙之室，人莫敢卑其祖，文武不先不窋。殷祭之日，征西东面，处宣皇之上。其后迁庙之主，藏于征西之祧，祭荐不绝。”护军将军冯怀议：“礼，无庙者为坛以祭，可立别室藏之，至殷禘则祭于坛也。”辅国将军谯王司马无忌等议：“诸儒谓太王、王季迁主，藏于文武之祧。如此，府君迁主宜在宣帝庙中。然今无寝室，宜变通而改筑。又殷祫太庙，征西东面。”尚书郎孙绰与无忌议同，曰：“太祖虽位始九五，而道以从畅，替人爵之尊，笃天伦之道，所以成教本而光百代也。”尚书郎徐禅议：“《礼》‘去祧为坛，去坛为墠’，岁祫则祭之。今四祖迁主，可藏之石室，有祷则祭于坛墠。”又遣禅至会稽，访处士虞喜。喜答曰：“汉世韦玄成等以毁主瘗于园，魏朝议者云应埋两阶之间。且神主本在太庙，若今别室而祭，则不如永藏。又四君无追号之礼，益明应毁而无祭。”是时简文为抚军、与尚书郎刘邵等奏：“四祖同居西祧，藏主石室，禘祫及祭，如先朝旧仪。”时陈留范宣兄子问此礼，宣答曰：“舜庙所祭，皆是庶人，其后世远而毁，不居舜上，不序昭穆。今四君号犹依本，非以功德致祀也。若依虞主之瘗，则犹藏子孙之所；若依夏主之埋，则又非本庙之阶。宜思其变，则筑一室，亲未尽则禘祫处宣帝之上，亲尽则无缘下就子孙之列。”其后太常刘遐等同蔡谟议。博士张凭议：“或疑陈于太祖者，皆其后之毁主，凭案古义无别前后之文也。禹不先鲧，则迁主居太祖之上，亦何疑也。”于是京兆迁入西储，同谓之祧，如前三祖迁主之礼，故正室犹十一也。穆帝崩而哀帝、海西并为兄弟，无所登除。咸安之初，简文皇帝上继元皇，世秩登进，于是颍川、京兆二主复还昭穆之位。至简文崩，颍川又迁。
孝武帝太元十二年五月壬戌，诏曰：“昔建太庙，每事从俭，太祖虚位，明堂未建。郊祀国之大事，而稽古之制阙然，便可详议。”祠部郎中徐邈议：“圆丘郊祀，经典无二，宣皇帝尝辩斯义，而检以圣典。爰及中兴，备加研极，以定南北二郊，诚非异学所可轻改也。谓仍旧为安。武皇帝建庙六世，祖三昭三穆。宣皇帝创基之主，实惟太祖，亲则王考。四庙在上，未及迁世，故权虚东向之位也。兄弟相及，义非二世。故当今庙祀，世数未足，而欲太祖正位，则违事七之义矣。又《礼》曰庶子王亦禘祖立庙，盖谓支胤援立，则亲近必复。京兆府君于今六世，宜复立此室，则宣皇未在六世之上，须前世既迁，乃太祖位定耳。京兆迁毁宜藏主于石室，虽禘祫犹弗及。何者？传称毁主升合乎太祖，升者自下之名，不谓可降尊就卑也。太子太孙，阴室四主，储嗣之重，升祔皇祖，所配之庙，世远应迁，然后从食之孙，与之俱毁。明堂方圆之制，纲领已举，不宜阙配帝之祀。且王者以天下为家，未必一邦，故周平、光武无废于二京也。明堂所配之神，积疑莫辩。案《易》‘殷荐上帝，以配祖考’，祖考同配，则上帝亦为天，而严父之义显。《周礼》旅上帝者，有故告天，与郊祀常礼同用四圭，故并言之。若上帝是五帝，《经》文何不言祀天旅五帝，祀地旅四望乎？”侍中车胤议同。又曰：“明堂之制，既其难详，且乐主于和，礼主于敬，故质文不同，音器亦殊。既茅茨广夏，不一其度，何必守其形范，而不弘本从俗乎？九服咸宁，河朔无尘，然后明堂辟雍可崇而修之。”时朝议多同，于是奉行，一无所改。十六年，始改作太庙殿，正室十四间，东西储各一间，合十六间，栋高八丈四尺。备法驾迁神主于行庙，征西至京兆四主及太子太孙各用其位之仪服。四主不从帝者之仪，是与太康异也。诸主既入庙，设脯醢之奠。及新庙成，神主还室，又设脯醢之奠。十九年二月，追尊简文母会稽太妃郑氏为简文皇帝宣太后，立庙太庙道西。及孝武崩，京兆又迁，如穆帝之世四祧故事。
义熙九年四月，将殷祠，诏博议迁毁之礼。大司马琅邪王德文议：“泰始之初，虚太祖之位，而缘情流远，上及征西，故世尽则宜毁，而宣帝正太祖之位。又汉光武移十一帝主于洛邑，则毁主不设，理可推矣。宜筑别室，以居四府君之主，永藏而弗祀也。”大司农徐广议：“四府君尝处庙堂之首，歆率土之祭，若埋之幽壤，于情理未必咸尽。谓可迁藏西储，以为远祧，而禘飨永绝也。”太尉谘议参军袁豹议：“仍旧无革，殷祠犹及四府君，情理为允。”时刘裕作辅，意与大司马议同，须后殷祠行事改制。会安帝崩，未及禘而天禄终焉。
武帝咸宁五年十一月己酉，弘训羊太后崩，宗庙废一时之祀，天地明堂去乐，且不上胙。穆帝升平五年十月己卯，殷祀，以帝崩后不作乐。孝武太元十一年九月，皇女亡，及应烝祠，中书侍郎范1111奏：“案《丧服传》有死宫中者三月不举祭，不别长幼之与贵贱也。皇女虽在婴孩，臣窃以为疑。”于是尚书奏使三公行事。
武帝泰始七年四月，帝将亲祠，车驾夕牲，而仪注还不拜。诏问其故，博士奏历代相承如此。帝曰：“非致敬宗庙之礼也。”于是实拜而还，遂以为制，夕牲必躬临拜，而江左以来复止。
魏故事，天子为次殿于庙殿之北东，天子入自北门。新礼，设次殿于南门中门外之右，天子入自南门。挚虞以为：“次殿所以为解息之处，凡适尊以不显为恭，以由隐为顺，而设之于上位，入自南门，非谦厌之义。宜定新礼，皆如旧说。”从之。
礼，大事则告祖祢，小事则特告祢，秦汉久废。魏文帝黄初四年七月，将东巡，以大军当出，使太常以特牛告南郊。及文帝崩，又使太尉告谥策于南郊。自是迄晋相承，告郊之后仍以告庙，至江左其礼废。至成帝咸和三年，苏峻覆乱京都，温峤等立行庙于白石，复行其典。告先君及后曰：“逆臣苏峻，倾覆社稷，毁弃三正。污辱海内。臣侃、臣峤、臣亮等手刃戎首，龚行天罚。惟中宗元皇帝、肃祖明皇帝、明穆皇后之灵，降鉴有罪，剿绝其命，翦此群凶，以安宗庙。臣等虽陨首摧躯，犹生之年。”
魏明帝太和三年，诏曰：“礼，王后无嗣，择建支子，以继大宗，则当纂正统而奉公义，何得复顾私亲哉！汉宣继昭帝后，加悼考以皇号。哀帝以外籓援立，而董宏等称引亡秦，惑误朝议，遂尊恭皇，立庙京师。又宠籓妾，使比长信，僭差无礼，人神弗佑。非罪师丹忠正之谏，用致丁傅焚如之祸。自是之后，相踵行之。其令公卿有司，深以前世为戒。后嗣万一有由诸侯入奉大统，则当明为人后之义。敢为佞邪导谀君上，妄建非正之号，谓考为皇，称妣为后，则股肱大臣诛之无赦。其书之金策，藏之宗庙。”是后高贵、常道援立，皆不外尊。及愍帝建兴四年，司徒梁芬议追尊之礼，帝既不从，而左仆射索綝等亦称引魏制，以为不可，故追赠吴王为太保而已。元帝太兴二年，有司言琅邪恭王宜称皇考。贺循议云：“礼典之义，子不敢以己爵加其父号。”帝又从之。