时制王敦纲纪除名，参佐禁固，峤上疏曰：“王敦刚愎不仁，忍行杀戮，亲任 小人，疏远君子，朝廷所不能抑，骨肉所不能间。处其朝者恆惧危亡，故人士结舌， 道路以目，诚贤人君子道穷数尽，遵养时晦之辰也。且敦为大逆之日，拘录人士， 自免无路，原其私心，岂遑晏处，如陆玩、羊曼、刘胤、蔡谟、郭璞常与臣言，备 知之矣。必其凶悖，自可罪人斯得；如其枉入奸党，宜施之以宽。加以玩等之诚， 闻于圣听，当受同贼之责，实负其心。陛下仁圣含弘，思求允中；臣阶缘博纳，干 非其事，诚在爱才，不忘忠益。”帝从之。
是时天下凋弊，国用不足，诏公卿以下诣都坐论时政之所先，峤因奏军国要务。 其一曰：“祖约退舍寿阳，有将来之难。今二方守御，为功尚易。淮泗都督，宜竭 力以资之。选名重之士，配征兵五千人，又择一偏将，将二千兵，以益寿阳，可以 保固徐豫，援助司土。”其二曰：“一夫不耕，必有受其饥者。今不耕之夫，动有 万计。春废劝课之制，冬峻出租之令，下未见施，惟赋是闻。赋不可以己，当思令 百姓有以殷实。司徒置田曹掾，州一人，劝课农桑，察吏能否，今宜依旧置之。必 得清恪奉公，足以宣示惠化者，则所益实弘矣。”其三曰：“诸外州郡将兵者及都 督府非临敌之军，且田且守。又先朝使五校出田，今四军五校有兵者，及护军所统 外军，可分遣二军出，并屯要处。缘江上下，皆有良田，开荒须一年之后即易。且 军人累重者在外，有樵采蔬食之人，于事为便。”其四曰：“建官以理世，不以私 人也。如此则官寡而材精。周制六卿莅事，春秋之时，入作卿辅，出将三军。后代 建官渐多，诚由事有烦简耳。然今江南六州之土，尚又荒残，方之平日，数十分之 一耳。三省军校无兵者，九府寺署可有并相领者，可有省半者，粗计闲剧，随事减 之。荒残之县，或同在一城，可并合之。如此选既可精，禄俸可优，令足代耕，然 后可责以清公耳。”其五曰：“古者亲耕藉田以供粢盛，旧置藉田、廪牺之官。今 临时市求，既上黩至敬，下费生灵，非所以虔奉宗庙蒸尝之旨。宜如旧制，立此二 官。”其六曰：“使命愈远，益宜得才，宣扬王化，延誉四方。人情不乐，遂取卑 品之人，亏辱国命，生长患害。故宜重其选，不可减二千石见居二品者，”其七曰： “罪不相及，古之制也。近者大逆，诚由凶戾。凶戾之甚，一时权用。今遂施行， 非圣朝之令典，宜如先朝除三族之制。”议奏，多纳之。
帝疾笃，峤与王导、郗鉴、庚亮、陆晔、卞壸等同受顾命。时历阳太守苏峻藏 匿亡命，朝廷疑之。征西将军陶侃有威名于荆楚，又以西夏为虞，故使峤为上流形 援。咸和初，代应詹为江州刺史、持节、都督、平南将军，镇武昌，甚有惠政，甄 异行能，亲祭徐孺子之墓。又陈豫章十郡之要，宜以刺史居之。寻阳滨江，都督应 镇其地。今以州贴府，进退不便。且古镇将多不领州，皆以文武形势不同故也。宜 选单车刺史别抚豫章，专理黎庶。”诏不许。在镇见王敦画像，曰：“敦大逆，宜 加斫棺之戮，受崔杼之刑。古人阖棺而定谥，《春秋》大居正，崇王父之命，未有 受戮于天子而图形于群下。”命削去之。
峤闻苏峻之征也，虑必有变，求还朝以备不虞，不听。未几而苏峻果反。峤屯 寻阳，遣督护王愆期、西阳太守邓岳、鄱阳内史纪瞻等率舟师赴难。及京师倾覆， 峤闻之号恸。人有候之者，悲哭相对。俄而庾亮来奔，宣太后诏，进峤骠骑将军、 开府仪同三司。峤曰：“今日之急，殄寇为先，未效勋庸而逆受荣宠，非所闻也， 何以示天下乎！”固辞不受。时亮虽奔败，峤每推崇之，分兵给亮。遣王愆期等要 陶侃同赴国难，侃恨不受顾命，不许。峤初从之，后用其部将毛宝说，复固请侃行， 语在宝传。初，峤与庾亮相推为盟主，峤从弟充言于峤曰：“征西位重兵强，宜共 推之。”峤于是遣王愆期奉侃为盟主。侃许之，遣督护袭登率兵诣峤。峤于是列上 尚书，陈峻罪状，有众七千，洒泣登舟，移告四方征镇曰：
贼臣祖约、苏峻同恶相济，用生邪心。天夺其魄，死期将至。谴负天地，自绝 人伦。寇不可纵，宜增军讨扑，辄屯次湓口。即日护军庾亮至，宣太后诏，寇逼宫 城，王旅挠败，出告籓臣，谋宁社稷。后将军郭默、冠军将军赵胤、奋宗将军袭保 与峤督护王愆期、西阳太守邓岳、鄱阳内史纪瞻，率其所领，相寻而至。逆贼肆凶， 陵蹈宗庙，火延宫掖，矢流太极，二御幽逼，宰相困迫，残虐朝士，劫辱子女。承 问悲惶，精魂飞散。峤暗弱不武，不能徇难，哀恨自咎，五情摧陨，惭负先帝托寄 之重，义在毕力，死而后已。今躬率所统，为士卒先，催进诸军，一时电击。西阳 太守邓岳、寻阳太守褚诞等连旗相继，宣城内史桓彝已勒所属屯滨江之要，江夏相 周抚乃心求征，军已向路。