二十三年，擢右副都御史，巡抚陕西。寻进兵部右侍郎兼右佥都御史，代翟鹏总督宣、大、山西、保定军务。劾罢宣府总兵官郤永、副总兵姜奭，荐何卿、赵卿、沈希仪。赵卿遂代永。万达谨侦候，明赏罚。每当防秋，发卒乘障，阴遣卒倾朱于油，察离次者朱其处。卒归辄缚，毋敢复离次者。严杀降禁，违辄抵死。得降人，抚之如所亲，以是益知敌情。寇数万骑犯大同中路，入铁裹门，故总兵官张达力战却之。又犯鹁鸽谷，参将张凤、诸生王邦直等战死。万达与总兵官周尚文备阳和，而遣骑四出邀击，颇有斩获。寇登山，见官兵大集，乃引去。事闻，赐敕奖赉。屡疏请修筑边墙，议自大同东路阳和口至宣府西阳河，须帑银二十九万。帝已许之，兵部挠其议，以大同旧有二边，不当复于边内筑墙。帝不听。乃自大同东路天城、阳和、开山口诸处为墙百二十八里，堡七，墩台百五十四；宣府西路西阳河、洗马林、张家口诸处为墙六十四里，敌台十。斩崖削坡五十里。工五十余日成。进右都御史。发代府宗室充灼等叛谋，进左都御史。
已，会宣、大、山西镇巡官议上边防修守事宜，其略曰：
山西起保德州黄河岸，历偏头，抵老营二百五十四里。大同西路起丫角山，历中北二路，东抵东阳河镇口台六百四十七里。宣府起西阳河，历中北二路，东抵永宁四海冶千二十三里。凡千九百二十四里，皆逼巨寇，险在外，所谓极边也。山西老营堡转南而东，历宁武、雁门，至平刑关八百里。又转南而东，历龙泉、倒马、紫荆之吴王口、插箭岭、浮图峪，至沿河口千七十余里。又东北，历高崖、白羊，至居庸关一百八十余里。凡二千五十余里，皆峻山层冈，险在内，所谓次边也。外边，大同最难守，次宣府，次山西之偏、老。大同最难守者，北路。宣府最难守者，西路。山西偏关以西百五十里，恃河为险；偏关以东百有四里，略与大同西路等。内边，紫荆、宁武、雁门为要，次则居庸、倒马、龙泉、平刑。迩年寇犯山西，必自大同；犯紫荆，必自宣府。
先年山西防秋，止守外边偏、老一带，岁发班军六千人备御，大同仍置兵，宁、雁为声援。比弃极冲，守次边，非守要之意。宣府亦专备西、中二路，而北路空虚。且连年三镇防秋，征调辽、陕兵马，糜粮赏不訾，恐难持久。并守之议，实为善经。外边四时皆防，城堡兵各有分地，冬春徂夏，不必参错征发。若泥往事临时调遣，近者数十里，远者百余里，首尾不相应。万一如往年溃墙而入，越关而南，京师震骇，方始征调，何益事机？摆边之兵，未可遽罢。
《易》曰“王公设险以守其国”。“设”之云者，筑垣乘障、资人力之谓也。山川之险，险与彼共。垣堑之险，险为我专。百人之堡，非千人不能攻，以有垣堑可凭也。修边之役，必当再举。夫定规画，度工费，二者修边之事；慎防秋，并兵力，重责成，量征调，实边堡，明出塞，计供亿，节财用，八者守边之事。
因条十事上之，帝悉报许。乃请帑银六十万两，修大同西路、宣府东路边墙，凡八百里。工成，予一子官。
万达精心计，善钩校，墙堞近远，濠堑深广，曲尽其宜。寇乃不敢轻犯。墙内戍者得以暇耕牧，边费亦日省。初，客兵防秋，岁帑金一百五十余万，添发且数十万，其后减省几半。又议掣山西兵并力守大同，巡抚孙继鲁沮之。帝为逮继鲁，悉纳万达言。
万达更事久，帝深倚之，所请无不从，独言俺答贡事与帝意左。先是，二十一年，俺答阿不孩使石天爵等款镇远堡求贡。言小王子等九部牧青山，艳中国缣帛，入掠止人畜，所得寡，且不能无亡失，故令天爵输诚。朝议不纳。天爵等复至，巡抚龙大有执之。大有进一官，将吏悉迁擢，磔天爵于市。寇怒，大入，屠村堡，信使绝五年。会玉林卫百户杨威为所掠，威诡能定贡市，遂释还。俺答阿不孩复遣使款大同左卫塞，边帅家丁董宝等狃天爵前事，复杀之，以首功报。万达言：“北敌，弘治前岁入贡，疆场稍宁。自虞台岭之战覆我师，渐轻中国，侵犯四十余年。石天爵之事，臣尝痛边臣失计。今复通款，即不许，当善相谕遣。诱而杀之，此何理也？请亟诛宝等，榜塞上，明告以朝廷德意，解其蓄怨构兵之谋。”帝不听。未几，俺答阿不孩复奉印信番文，欲诣边陈款。万达为奏曰：“今届秋，彼可一逞。乃屡被杀戮，犹请贡不已者，缘入犯则利在部落，获贡则利归其长。处之克当，边患可弭。若臣等封疆臣，贡亦备，不贡亦备，不缘此懈也。”兵部尚书陈经等言敌难信，请敕边臣诘实，责万达十日内回奏。万达还其使，与约。至期，使者不至。万达虑帝督过，以使者去无可究为辞。已而使狎至，牢拒之，好言慰答而已。俺答以通好，散处其众，不设备，亦不杀哨卒。顷之，复至，词益恭。万达又为奏曰：“敌恳恳求贡，去而复来。今宣、大兴版筑，正当羁縻，使无扰。请限以地、以人、以时。悉听，即许之贡；不听，则曲在彼，即拒绝之。”帝责其渎奏，卒不许。盖是时曾铣有复套之议，夏言主之，故力绌贡议，且以复套事行诸边臣议之。万达议曰：