帝遣侍中罗含以牛酒犒温于山阳，使会稽王昱会温于途中，诏以温世子给事熙 为征虏将军、豫州刺史、假节。及南康公主薨，诏赙布千匹，钱百万，温辞不受。 又陈息熙三年之孤，且年少未宜使居偏任，诏不许。发州人筑广陵城，移镇之。时 温行役既久，又兼疾疠，死者十四五，百姓嗟怨。
袁真病死，其将硃辅立其子瑾以嗣事。慕容、苻坚并遣军授瑾，温使督护竺 瑶、矫阳之等与水军击之。时军已至，瑶等与战于武丘，破之。温率二万人自广 陵又至，瑾婴城固守，温筑长围守之。苻坚乃使其将王鉴、张蚝等率兵以救瑾，屯 洛涧，先遣精骑五千次于肥水北。温遣桓伊及弟子石虔等逆击，大破之，瑾众遂溃， 生擒之，并其宗族数十人及硃辅送于京都而斩之，所侍养乞活数百人悉坑之，以妻 子为赏。温以功，诏加班剑十人，犒军于路次，文武论功赏赐各有差。
温既负其才力，久怀异志，欲先立功河朔，还受九锡。既逢覆败，名实顿减， 于是参军郗超进废立之计，温乃废帝而立简文帝。诏温依诸葛亮故事，甲仗百人入 殿，赐钱五千万，绢二万匹，布十万匹。温多所废徒，诛庾倩、殷涓、曹秀等。是 时温威势翕赫，侍中谢安见而遥拜，温惊曰：“安石，卿何事乃尔！”安曰：“未 有君拜于前，臣揖于后。”时温有脚疾，诏乘舆入朝，既见，欲陈废立本意，帝便 泣下数十行，温兢惧，不得一言而出。
初，元明世，郭璞为谶曰：“君非无嗣，兄弟代禅。”谓成帝有子，而以国祚 传弟。又曰：“有人姓李，儿专征战。譬如车轴，脱在一面。”儿者，子也；李去 子木存，车去轴为亘，合成“桓”字也。又曰：“尔来，尔来，河内大县。”尔来 谓自尔已来为元始，温字元子也；故河内大县，温也。成康既崩，桓氏始大，故连 言之。又曰：“赖子之薨，延我国祚。痛子之陨，皇运其暮。”二子者，元子、道 子也。温志在篡夺，事未成而死，幸之也。会稽王道子虽首乱晋国，而其死亦晋衰 之由也，故云痛也。
温复还白石，上疏求归姑孰。诏曰：“夫乾坤体合，而化成万物；二人同心， 则不言所利。古之哲王咸赖元辅，姬旦光于四表，而周道以隆；伊尹格于皇天，而 殷化以洽。大司马明德应期，光大深远，上合天心，含章时发，用集大命，在予一 人，功美博陆，道固万世。今进公丞相，其大司马本官皆如故，留公京都，以镇社 稷。”温固辞，仍请还镇。遣侍中王坦之征温人相，增邑为万户，又辞。诏以西府 经袁真事故，军用不足，给世子熙布三万匹，米六万斛，又以熙弟济为给事中。
及帝不豫，诏温曰：“吾遂委笃，足下便入，冀得相见。便来，便来！”于是 一日一夜频有四诏。温上疏曰：“圣体不和，以经积日，愚心惶恐，无所寄情。夫 盛衰常理，过备无害，故汉高枕疾，吕后问相，孝武不豫，霍光启嗣。呜噎以问身 后，盖所存者大也。今皇子幼稚，而朝贤时誉惟谢安、王坦之才识智皆简在圣鉴。 内辅幼君，外御强寇，实群情之大惧，然理尽于此。陛下便宜崇授，使群下知所寄， 而安等奉命陈力，公私为宜。至如臣温位兼将相，加陛下垂布衣之顾，但朽迈疾病， 惧不支久，无所复堪托以后事。”疏未及奏而帝崩，遗诏家国事一禀之于公，如诸 葛武侯、王丞相故事。温初望简文临终禅位于己，不尔便为周公居摄。事既不副所 望，故甚愤怨，与弟冲书曰：“遗诏使吾依武侯、王公故事耳。”王、谢处大事之 际，日愤愤少怀。
及孝武即位，诏曰：“先帝遗敕云：‘事大司马如事吾。’令答表便可尽敬。” 又诏：“大司马社稷所寄，先帝托以家国，内外众事便就关公施行。”复遣谢安征 温入辅，加前部羽葆鼓吹，武贲六十人，温让不受。及温入朝，赴山陵，诏曰： “公勋德尊重，师保朕躬，兼有风患，其无敬。”又敕尚书安等于新亭奉迎，百僚 皆拜于道侧。当时豫有位望者咸战慑失色，或云因此杀王、谢，内外怀惧。温既至， 以卢悚入宫，乃收尚书陆始付廷尉，责替慢罪也。于是拜高平陵，左右觉其有异， 既登车，谓从者曰：“先帝向遂灵见。”既不述帝所言，故众莫之知，但见将拜时 频言“臣不敢”而已。又问左右殷涓形状，答者言肥短，温云：“向亦见在帝侧。” 初，殷浩既为温所废死，涓颇有气尚，遂不诣温，而与武陵王晞游，故温疑而害之， 竟不识也。及是，亦见涓为祟，因而遇疾。凡停京师十有四日，归于姑孰，遂寝疾 不起。讽朝廷加己九锡，累相催促。谢安、王坦之闻其病笃，密缓其事。锡文未及 成而薨，时年六十二。皇太后与帝临于朝堂三日，诏赐九命衮冕之服，又朝服一具， 衣一袭，东园秘器，钱二百万，布二千匹，腊五百斤，以供丧事。及葬，一依太宰 安平献王、汉大将军霍光故事，赐九旒鸾辂，黄屋左纛，缊辌车，挽歌二部，羽葆 鼓吹，武贲班剑百人，优册即前南郡公增七千五百户，进地方三百里，赐钱五千万， 绢二万匹，布十万匹，追赠丞相。