呈秀憾犹未释，矫诏下其子世儒吏。刑部坐世儒不能防闲其父，谪为徒。崇祯初，赠太子少保，兵部尚书，谥忠宪，授世儒官。
初，海内学者率宗王守仁，攀龙心非之。与顾宪成同讲学东林书院，以静为主。操履笃实，粹然一出于正，为一时儒者之宗。海内士大夫，识与不识，称高、顾无异词。攀龙削官之秋，诏毁东林书院。庄烈帝嗣位，学者更修复之。
冯从吾，字仲好，长安人。万历十七年进士。改庶吉士，授御史。巡视中城，阉人修刺谒，拒却之。礼科都给事中胡汝宁倾邪狡猾，累劾不去。从吾发其奸，遂调外。时当大计，从吾严逻侦，苞苴绝迹。
二十年正月，抗章言：“陛下郊庙不亲，朝讲不御，章奏留中不发。试观戊子以前，四裔效顺，海不扬波；己丑以后，南倭告警，北寇渝盟，天变人妖，叠出累告。励精之效如彼，怠斁之患如此。近颂敕谕，谓圣体违和，欲借此自掩，不知鼓钟于宫，声闻于外。陛下每夕必饮，每饮必醉，每醉必怒。左右一言稍违，辄毙杖下，外庭无不知者。天下后世，其可欺乎！愿陛下勿以天变为不足畏，勿以人言为不足恤，勿以目前晏安为可恃，勿以将来危乱为可忽，宗社幸甚。”帝大怒，欲廷杖之。会仁圣太后寿辰，阁臣力解得免。寻告归，起巡长芦盐政。洁己惠商，奸宄敛迹。既还朝，适帝以军政大黜两京言官。从吾亦削籍，犹以前疏故也。
从吾生而纯悫，长志濂、洛之学，受业许孚远。罢官归，杜门谢客，取先正格言，体验身心，造诣益邃。家居二十五年。光宗践阼，起尚宝卿，进太仆少卿，并以兄丧未赴。俄改大理。
天启二年擢左佥都御史。甫两月，进左副都御史。廷议“三安”，从吾言：“李可灼以至尊尝试，而许其引疾，当国何心！至梃击之狱，与发奸诸臣为难者，即奸人也。”由是群小恶之。
已，与邹元标共建首善书院，集同志讲学其中，给事中朱童蒙遂疏诋之。从吾言：“宋之不竞，以禁讲学故，非以讲学故也。我二祖表章《六经》，天子经筵，皇太子出阁，皆讲学也。臣子以此望君，而己则不为，可乎？先臣守仁，当兵事倥偬，不废讲学，卒成大功。此臣等所以不恤毁誉，而为此也。”因再称疾求罢，帝温诏慰留。而给事中郭允厚、郭兴治复相继诋元标甚力。从吾又上言：“臣壮岁登朝，即与杨起元、孟化鲤、陶望龄辈立讲学会，自臣告归乃废。京师讲学，昔已有之，何至今日遂为诟厉？”因再疏引归。
四年春，起南京右都御史，累辞未上，召拜工部尚书。会赵南星、高攀龙相继去国，连疏力辞，予致仕。明年秋，魏忠贤党张讷疏诋从吾，削籍。乡人王绍徽素衔从吾，及为吏部，使乔应甲抚陕，捃摭百方，无所得。乃毁书院，曳先圣像，掷之城隅。从吾不胜愤悒，得疾卒。崇祯初，复官，赠太子太保，谥恭定。
赞曰：赵南星诸人，持名检，励风节，严气正性，侃侃立朝，天下望之如泰山乔岳。《诗》有之，“邦之司直”，其斯人谓欤？权枉盈廷，谴谪相继，“人之云亡，邦国殄瘁”，悲夫！