嗣昌既终右文灿，而文灿实不知兵。既降国能、献忠，谓抚必可恃。嗣昌亦阴主之，所请无不曲徇，自是不复言“十面张网”之策矣。是月，帝御经筵毕，嗣昌奏对有“善战服上刑”等语，帝怫然，诘之曰：“今天下一统，非战国兵争比。小丑跳梁，不能伸大司马九伐之法，奈何为是言？”嗣昌惭。
当是时，流贼既大炽，朝廷又有东顾忧，嗣昌复阴主互市策。适太阴掩荧惑，帝减膳修省，嗣昌则历引汉永平、唐元和、宋太平兴国事，盖为互市地云。给事中何楷疏驳之，给事中钱增、御史林兰友相继论列，帝不问。
六月，改礼部尚书兼东阁大学士，入参机务，仍掌兵部事。嗣昌既以夺情入政府，又夺情起陈新甲总督，于是楷、兰友及少詹事黄道周抗疏诋斥，修撰刘同升、编修越士春继之。帝怒，并镌三级，留翰林。刑部主事张若麒上疏丑诋道周，遂镌道周六级，并同升、士春皆谪外。已而南京御史成勇、兵部尚书范景文等言之，亦获谴。嗣昌自是益不理于人口。
我大清兵入墙子岭、青口山，蓟辽保定总督吴阿衡方醉，不能军，败死。京城戒严，召卢象升帅师入卫。象升主战，嗣昌与监督中官高起潜主款，议不合，交恶。编修杨廷麟劾嗣昌误国，嗣昌怒，改廷麟职方主事监象升军，而戒诸将毋轻战。诸将本恇怯，率藉口持重观望，所在列城多破。嗣昌据军中报，请旨授方略。比下军前，则机宜已变，进止乖违，疆事益坏云。象升既阵亡，嗣昌亦贬三秩，戴罪视事。
十二年正月，济南告陷，德王被执，游骑北抵兖州。二月，大清兵北旋，给事中李希沆言：“圣明御极以来，北兵三至。己巳之罪未正，致有丙子；丙子之罪未正，致有今日。”语侵嗣昌。御史王志举亦劾嗣昌误国四大罪，请用丁汝夔、袁崇焕故事。帝怒，希沆贬秩，志举夺官。初，帝以嗣昌才而用之，非廷臣意，知其必有言，言者辄斥。嗣昌既有罪，帝又数逐言官，中外益不平。嗣昌亦不自安，屡疏引罪，乃落职冠带视事。未几，以叙功复之。
先是，京师被兵，枢臣皆坐罪。二年，王洽下狱死，复论大辟。九年，张凤翼出督师，服毒死，犹削籍。及是，亡七十余城，而帝眷嗣昌不衰。嗣昌乃荐四川巡抚傅宗龙自代。帝命嗣昌议文武诸臣失事罪，分五等：曰守边失机，曰残破城邑，曰失陷藩封，曰失亡主帅，曰纵敌出塞。于是中官则蓟镇总监邓希诏、分监孙茂霖，巡抚则顺天陈祖苞、保定张其平、山东颜继祖，总兵则蓟镇吴国俊、陈国威，山东倪宠，援剿祖宽、李重镇及他副将以下，至州县有司，凡三十六人，同日弃市。而嗣昌贬削不及，物议益哗。
当戒严时，廷臣多请练边兵。嗣昌因定议：宣府、大同、山西三镇兵十七万八千八百有奇，三总兵各练万，总督练三万，以二万驻怀来，一万驻阳和，东西策应。余授镇监、巡抚以下分练。延绥、宁夏、甘肃、固原、临兆五镇兵十五万五千七百有奇，五总兵各练万，总督练三万，以二万驻固原，一万驻延安，东西策应。余授巡抚、副将以下分练。辽东、蓟镇兵二十四万有奇，五总兵各练万，总督练五万，外自锦州，内抵居庸，东西策应。余授镇监、巡抚以下分练。汰通州、昌平督治二侍郎，设保定一总督，合畿辅、山东、河北兵，得十五万七千有奇，四总兵各练二万，总督练三万，北自昌平，南抵河北，闻警策应。余授巡抚以下分练。又以畿辅重地，议增监司四人。于是大名、广平、顺德增一人，真定、保定、河间各一人。蓟辽总督下增监军三人。议上，帝悉从之。嗣昌所议兵凡七十三万有奇，然民流饷绌，未尝有实也。
帝又采副将杨德政议，府汰通判，设练备，秩次守备，州汰判官，县汰主簿，设练总，秩次把总，并受辖于正官，专练民兵。府千，州七百，县五百，捍乡土，不他调。嗣昌以势有缓急，请先行畿辅、山东、河南、山西，从之。于是有练饷之议。初，嗣昌增剿饷，期一年而止。后饷尽而贼未平，诏征其半。至是，督饷侍郎张伯鲸请全征。帝虑失信，嗣昌曰：“无伤也，加赋出于土田，土田尽归有力家，百亩增银三四钱，稍抑兼并耳。”大学士薛国观、程国祥皆赞之。于是剿饷外复增练饷七百三十万。论者谓：“九边自有额饷，概予新饷，则旧者安归？边兵多虚额，今指为实数，饷尽虚糜，而练数仍不足。且兵以分防不能常聚，故有抽练之议，抽练而其余遂不问。且抽练仍虚文，边防愈益弱。至州县民兵益无实，徒糜厚饷。”以嗣昌主之，事钜莫敢难也。神宗末增赋五百二十万，崇祯初再增百四十万，总名辽饷。至是，复增剿饷、练饷，额溢之。先后增赋千六百七十万，民不聊生，益起为盗矣。