二十一年八月拜武英殿大学士，入直文渊阁，仍掌礼部事。时嵩年六十余矣。精爽溢发，不异少壮。朝夕直西苑板房，未尝一归洗沐，帝益谓嵩勤。久之，请解部事，遂专直西苑。帝尝赐嵩银记，文曰“忠勤敏达。”寻加太子太傅。翟銮资序在嵩上，帝待之不如嵩。嵩讽言官论之，銮得罪去。吏部尚书许赞、礼部尚书张璧同入阁，皆不预闻票拟事，政事一归嵩。赞尝叹曰：“何夺我吏部，使我旁睨人。”嵩欲示厚同列，且塞言者意，因以显夏言短，乃请凡有宣召，乞与成国公朱希忠、京山侯崔元及赞、璧偕入，如祖宗朝謇、夏、三杨故事，帝不听，然心益喜嵩，累进吏部尚书、谨身殿大学士、少傅兼太子太师。
久之，帝微觉嵩横。时赞老病罢，璧死，乃复用夏言，帝为加嵩少师以慰之。言至，复盛气陵嵩，颇斥逐其党，嵩不能救。子世蕃方官尚宝少卿，横行公卿间。言欲发其罪，嵩父子大惧，长跪榻下泣谢，乃已。知陆炳与言恶，遂与比而倾言。世蕃迁太常少卿，嵩犹畏言，疏遣归省墓。嵩寻加特进，再加华盖殿大学士。窥言失帝眷，用河套事构言及曾铣，俱弃市。已而南京吏部尚书张治、国子祭酒李本以疏远擢入阁，益不敢预可否。嵩既倾杀言，益伪恭谨。言尝加上柱国，帝亦欲加嵩，嵩乃辞曰：“尊无二上，上非人臣所宜称。国初虽设此官，左相国达，功臣第一，亦止为左柱国。乞陛下免臣此官，著为令典，以昭臣节。”帝大喜，允其辞，而以世蕃为太常卿。
嵩无他才略，惟一意媚上，窃权罔利。帝英察自信，果刑戮，颇护己短，嵩以故得因事激帝怒，戕害人以成其私。张经、李天宠、王忬之死，嵩皆有力焉。前后劾嵩、世蕃者，谢瑜、叶经、童汉臣、赵锦、王宗茂、何维柏、王晔、陈垲、厉汝进、沈练、徐学诗、杨继盛、周鈇、吴时来、张翀、董传策皆被谴。经、炼用他过置之死，继盛附张经疏尾杀之。他所不悦，假迁除考察以斥者甚众，皆未尝有迹也。
俺答薄都城，慢书求贡。帝召嵩与李本及礼部尚书徐阶入对西苑。嵩无所规画，委之礼部。帝悉用阶言，稍轻嵩。嵩复以间激帝怒，杖司业赵贞吉而谪之。兵部尚书丁汝夔受嵩指，不敢趣诸将战。寇退，帝欲杀汝夔。嵩惧其引己，谓汝夔曰：“我在，毋虑也。”汝夔临死始知为嵩绐。
大将军仇鸾，始为曾铣所劾，倚嵩倾铣，遂约为父子。已而鸾挟寇得帝重，嵩犹儿子蓄之，浸相恶。嵩密疏毁鸾，帝不听，而颇纳鸾所陈嵩父子过，少疏之。嵩当入直，不召者数矣。嵩见徐阶、李本入西内，即与俱入。至西华门，门者以非诏旨格之。嵩还第，父子对泣。时陆炳掌锦衣，与鸾争宠，嵩乃结炳共图鸾。会鸾病死，炳讦鸾阴事，帝追戮之。于是益信任嵩，遣所乘龙舟过海子召嵩，载直西内如故。世蕃寻迁工部左侍郎。倭寇江南，用赵文华督察军情，大纳贿赂以遣嵩，致寇乱益甚。及胡宗宪诱降汪直、徐海，文华乃言：“臣与宗宪策，臣师嵩所授也。”遂命嵩兼支尚书俸无谢，自是褒赐皆不谢。
帝尝以嵩直庐隘，撤小殿材为营室，植花木其中，朝夕赐御膳、法酒。嵩年八十，听以肩舆入禁苑。帝自十八年葬章圣太后后，即不视朝，自二十年宫婢之变，即移居西苑万寿宫，不入大内，大臣希得谒见，惟嵩独承顾问，御札一日或数下，虽同列不获闻，以故嵩得逞志。然帝虽甚亲礼嵩，亦不尽信其言，间一取独断，或故示异同，欲以杀离其势。嵩父子独得帝窾要，欲有所救解，嵩必顺帝意痛诋之，而婉曲解释以中帝所不忍。即欲排陷者，必先称其媺，而以微言中之，或触帝所耻与讳。以是移帝喜怒，往往不失。士大夫辐辏附嵩，时称文选郎中万寀、职方郎中方祥等为嵩文武管家。尚书吴鹏、欧阳必进、高翟、许论辈，皆惴惴事嵩。
嵩握权久，遍引私人居要地。帝亦浸厌之，而渐亲徐阶。会阶所厚吴时来、张翀、董传策各疏论嵩，嵩因密请究主使者，下诏狱，穷治无所引。帝乃不问，而慰留嵩，然心不能无动，阶因得间倾嵩。吏部尚书缺，嵩力援欧阳必进为之，甫三月即斥去。赵文华忤旨获谴，嵩亦不能救。有诏二王就婚邸第，嵩力请留内。帝不悦，嵩亦不能力持。嵩虽警敏，能先意揣帝指，然帝所下手诏，语多不可晓，惟世蕃一览了然，答语无不中。及嵩妻欧阳氏死，世蕃当护丧归，嵩请留侍京邸。帝许之，然自是不得入直所代嵩票拟，而日纵淫乐于家。嵩受诏多不能答，遣使持问世蕃。值其方耽女乐，不以时答。中使相继促嵩，嵩不得已自为之，往往失旨。所进青词，又多假手他人不能工，经此积失帝欢。会万寿宫火，嵩请暂徙南城离宫，南城，英宗为太上皇时所居也，帝不悦。而徐阶营万寿营甚称旨，帝益亲阶，顾问多不及嵩，即及嵩，祠祀而已。嵩惧，置酒要阶，使家人罗拜，举觞属曰：“嵩旦夕且死，此曹惟公乳哺之。”阶谢不敢。