先是，胡惟庸谋逆，欲藉日本为助。乃厚结宁波卫指挥林贤，佯奏贤罪，谪居日本，令交通其君臣。寻奏复贤职，遣使召之，密致书其王，借兵助己。贤还，其王遣僧如瑶率兵卒四百余人，诈称入贡，且献巨烛，藏火药、刀剑其中。既至，而惟庸已败，计不行。帝亦未知其狡谋也。越数年，其事始露，乃族贤，而怒日本特甚，决意绝之，专以防海为务。然其时王子滕祐寿者，来入国学，帝犹善待之。二十四年五月特授观察使，留之京师。后著《祖训》，列不征之国十五，日本与焉。自是，朝贡不至，而海上之警亦渐息。
成祖即位，遣使以登极诏谕其国。永乐元年又遣左通政赵居任、行人张洪偕僧道成往。将行，而其贡使已达宁波。礼官李至刚奏：“故事，番使入中国，不得私携兵器鬻民。宜敕所司核其舶，诸犯禁者悉籍送京师。”帝曰：“外夷修贡，履险蹈危，来远，所费实多。有所赍以助资斧，亦人情，岂可概拘以禁令。至其兵器，亦准时直市之，毋阻向化。”十月，使者至，上王源道义表及贡物。帝厚礼之，遣官偕其使还，赉道义冠服、龟钮金章及锦绮、纱罗。
明年十一月来贺册立皇太子。时对马、台岐诸岛贼掠滨海居民，因谕其王捕之。王发兵尽歼其众，絷其魁二十人，以三年十一月献于朝，且修贡。帝益嘉之，遣鸿胪寺少卿潘赐偕中官王进赐其王九章冕服及钱钞、锦绮加等，而还其所献之人，令其国自治之。使者至宁波，尽置其人于甑，烝杀之。明年正月又遣侍郎俞士吉赍玺书褒嘉，赐赉优渥。封其国之山为寿安镇国之山，御制碑文，立其上。六月，使来谢，赐冕服。五年、六年频入贡，且献所获海寇。使还，请赐仁孝皇后所制《劝善》、《内训》二书，即命各给百本。十一月再贡。十二月，其国世子源义持遣使来告父丧，命中官周全往祭，赐谥恭献，且致赙。又遣官赍敕，封义持为日本国王。时海上复以倭警告，再遣官谕义持剿捕。
八年四月，义持遣使谢恩，寻献所获海寇，帝嘉之。明年二月复遣王进赍敕褒赉，收市物货。其君臣谋阻进不使归，进潜登舶，从他道遁还。自是，久不贡。是年，倭寇盘石。十五年，倭寇松门、金乡、平阳。有捕倭寇数十人至京者。廷臣请正法。帝曰：“威之以刑，不若怀之以德，宜还之。”乃命刑部员外郎吕渊等赍敕责让，令悔罪自新。中华人被掠者，亦令送还。明年四月，其王遣使随渊等来贡，谓：“海寇旁午，故贡使不能上达。其无赖鼠窃者，实非臣所知。愿贷罪，容其朝贡。”帝以其词顺，许之，礼使者如故，然海寇犹不绝。
十七年，倭船入王家山岛，都督刘荣率精兵疾驰入望海埚。贼数千人分乘二十舟，直抵马雄岛，进围望海埚。荣发伏出战，奇兵断其归路。贼奔樱桃园，荣合兵攻之，斩首七百四十二，生擒八百五十七。召荣至京，封广宁伯。自是，倭不敢窥辽东。二十年，倭寇象山。
宣德七年正月，帝念四方蕃国皆来朝，独日本久不贡，命中官柴山往琉球，令其王转谕日本，赐之敕。明年夏，王源义教遣使来。帝报之，赉白金、彩币。秋复至。十年十月以英宗嗣位，遣使来贡。
正统元年二月，使者还，赉王及妃银币。四月，工部言：“宣德间，日本诸国皆给信符勘合，今改元伊始，例当更给。”从之。四年五月，倭船四十艘连破台州桃渚、宁波大嵩二千户所，又陷昌国卫，大肆杀掠。八年五月，寇海宁。先是，洪熙时，黄岩民周来保、龙岩民钟普福困于徭役，叛入倭。倭每来寇，为之乡导。至是，导倭犯乐清，先登岸侦伺。俄倭去，二人留村中丐食，被获，置极刑，枭其首于海上。倭性黠，时载方物、戎器，出没海滨，得间则张其戎器而肆侵掠，不得则陈其方物而称朝贡，东南海滨患之。
景泰四年入贡，至临清，掠居民货。有指挥往诘，欧几死。所司请执治，帝恐失远人心，不许。先是，永乐初，诏日本十年一贡，人止二百，船止二艘，不得携军器，违者以寇论。乃赐以二舟，为入贡用，后悉不如制。宣德初，申定要约，人毋过三百，舟毋过三艘。而倭人贪利，贡物外所携私物增十倍，例当给直。礼官言：“宣德间所贡硫黄、苏木、刀扇、漆器之属，估时直给钱钞，或折支布帛，为数无多，然已大获利。今若仍旧制，当给钱二十一万七千，银价如之。宜大减其直，给银三万四千七百有奇。”从之。使臣不悦，请如旧制。诏增钱万，犹以为少，求增赐物。诏增布帛千五百，终怏怏去。