先是，蒋洲宣谕诸岛，至丰后被留，令僧人往山口等岛传谕禁戢。于是山口都督源义长具咨送还被掠人口，而咨乃用国王印。丰后太守源义镇遣僧德阳等具方物，奉表谢罪，请颁勘合修贡，送洲还。前杨宜所遣郑舜功出海哨探者，行至丰后岛，岛主亦遣僧清授附舟来谢罪，言前后侵犯，皆中国奸商潜引诸岛夷众，义镇等实不知。于是宗宪疏陈其事，言：“洲奉使二年，止历丰后、山口二岛，或有贡物而无印信勘合，或有印信而无国王名称，皆违朝典。然彼既以贡来，又送还被掠人口，实有畏罪乞恩意。宜礼遣其使，令传谕义镇、义长，转谕日本王，擒献倡乱诸渠，及中国奸宄，方许通贡。”诏可。
汪直之踞海岛也，与其党王滶、叶宗满、谢和、王清溪等，各挟倭寇为雄。朝廷至悬伯爵、万金之赏以购之，迄不能致。及是，内地官军颇有备，倭虽横，亦多被剿戮，有全岛无一人归者，往往怨直，直渐不自安。宗宪与直同郡，馆直母与其妻孥于杭州，遣蒋洲赍其家书招之。直知家属固无恙，颇心动。义镇等以中国许互市，亦喜。乃装巨舟，遣其属善妙等四十余人随直等来贡市，于三十六年十月初，抵舟山之岑港。将吏以为入寇也，陈兵备。直乃遣王滶入见宗宪，谓：“我以好来，何故陈兵待我？”滶即毛海峰，直养子也。宗宪慰劳甚至，指心誓无他。俄善妙等见副将卢镗于舟山，镗令擒直以献。语泄，直益疑。宗宪开谕百方，直终不信，曰：“果尔，可遣滶出，吾当入见。”宗宪立遣之。直又邀一贵官为质，即命指挥夏正往。直以为信，遂与宗满、清溪偕来。宗宪大喜，礼接之甚厚，令谒巡按御史王本固于杭州，本固以属吏。滶等闻，大恨，支解夏正，焚舟登山，据岑港坚守。
逾年，新倭大至，屡寇浙东三郡。其在岑港者，徐移之柯梅，造新舟出海，宗宪不之追。十一月，贼扬帆南去，泊泉州之浯屿，掠同安、惠安、南安诸县，攻福宁州，破福安、宁德。明年四月遂围福州，经月不解。福清、永福诸城皆被攻毁，蔓延于兴化，奔突于漳州。其患尽移于福建，而潮、广间亦纷纷以倭警闻矣。至四十年，浙东、江北诸寇以次平。宗宪寻坐罪被逮。明年十一月陷兴化府，大杀掠，移据平海卫不去。初，倭之犯浙江也，破州县卫所城以百数，然未有破府城者。至是，远近震动，亟征俞大猷、戚继光、刘显诸将合击，破之。其侵犯他州县者，亦为诸将所破，福建亦平。
其后，广东巨寇曾一本、黄朝太等，无不引倭为助。隆庆时，破碣石、甲子诸卫所。已，犯化州石城县，陷锦囊所、神电卫。吴川、阳江、茂名、海丰、新宁、惠来诸县，悉遭焚掠。转入雷、谦、琼三郡境，亦被其患。万历二年犯浙东宁、绍、台、温四郡，又陷广东铜鼓石双鱼所。三年犯电白。四年犯定海。八年犯浙江韭山及福建彭湖、东涌。十年犯温州，又犯广东。十六年犯浙江。然时疆吏惩嘉靖之祸，海防颇饬，贼来辄失利。其犯广东者，为蜒贼梁本豪勾引，势尤猖獗。总督陈瑞集众军击之，斩首千六百余级，沈其船百余艘，本豪亦授首。帝为告谢郊庙，宣捷受贺云。
日本故有王，其下称关白者最尊，时以山城州渠信长为之。偶出猎，遇一人卧树下，惊起冲突，执而诘之。自言为平秀吉，萨摩州人之奴，雄健跷捷，有口辩。信长悦之，令牧马，名曰木下人。后渐用事，为信长画策，夺并二十余州，遂为摄津镇守大将。有参谋阿奇支者，得罪信长，命秀吉统兵讨之。俄信长为其下明智所杀，秀吉方攻灭阿奇支，闻变，与部将行长等乘胜还兵诛之，威名益振。寻废信长三子，僣称关白，尽有其众，时为万历十四年。于是益治兵，征服六十六州，又以威胁琉球、吕宋、暹罗、佛郎机诸国，皆使奉贡。乃改国王所居山城为大阁，广筑城郭，建宫殿，其楼阁有至九重者，实妇女珍宝其中。其用法严，军行有进无退，违者虽子婿必诛，以故所向无敌。乃改元文禄，并欲侵中国，灭朝鲜而有之。召问故时汪直遗党，知唐人畏倭如虎，气益骄。益大治兵甲，缮舟舰，与其下谋，入中国北京者用朝鲜人为导，入浙、闽沿海郡县者用唐人为导。虑琉球泄其情，使毋入贡。
同安人陈甲者，商于琉球。惧为中国害，与琉球长史郑迥谋，因进贡请封之使，具以其情来告。甲又旋故乡，陈其事于巡抚赵参鲁。参鲁以闻，下兵部，部移咨朝鲜王。王但深辨向导之诬，亦不知其谋己也。