日本故有孝、武两朝勘合几二百道，使臣前此入贡请易新者，而令缴其旧。至是良持弘治勘合十五道，言其余为素卿子所窃，捕之不获。正德勘合留十五道为信，而以四十道来还。部议令异时悉缴旧，乃许易新，亦报可。当是时，日本王虽入贡，其各岛诸倭岁常侵掠，滨海奸民又往往勾之。纨乃严为申禁，获交通者，不俟命辄以便宜斩之。由是，浙、闽大姓素为倭内主者，失利而怨。纨又数腾疏于朝，显言大姓通倭状，以故闽、浙人皆恶之，而闽尤甚。巡按御史周亮，闽产也，上疏诋纨，请改巡抚为巡视，以杀其权。其党在朝者左右之，竟如其请。又夺纨官。罗织其擅杀罪，纨自杀。自是不置巡抚者四年，海禁复弛，乱益滋甚。
祖制，浙江设市舶提举司，以中官主之，驻宁波。海舶至则平其直，制驭之权在上。及世宗，尽撤天下镇守中官，并撤市舶，而滨海奸人遂操其利。初市犹商主之，及严通番之禁，遂移之贵官家，负其直者愈甚。索之急，则以危言吓之，或又以好言绐之，谓我终不负若直。倭丧其赀不得返，已大恨，而大奸若汪直、徐海、陈东、麻叶辈素窟其中，以内地不得逞，悉逸海岛为主谋。倭听指挥，诱之入寇。海中巨盗，遂袭倭服饰、旂号，并分艘掠内地，无不大利，故倭患日剧，于是廷议复设巡抚。三十一年七月以佥都御史王忬任之，而势已不可扑灭。
明初，沿海要地建卫所，设战船，董以都司、巡视、副使等官，控制周密。迨承平久，船敝伍虚。及遇警，乃募渔船以资哨守。兵非素练，船非专业，见寇舶至，辄望风逃匿，而上又无统率御之。以故贼帆所指，无不残破。三十二年三月，汪直勾诸倭大举入寇，连舰数百，蔽海而至。浙东、西，江南、北，滨海数千里，同时告警。破昌国卫。四月犯太仓，破上海县，掠江阴，攻乍浦。八月劫金山卫，犯崇明及常熟、嘉定。三十三年正月自太仓掠苏州，攻松江，复趋江北，薄通、泰。四月陷嘉善，破崇明，复薄苏州，入崇德县。六月由吴江掠嘉兴，还屯柘林。纵横来往，若入无人之境，忬亦不能有所为。未几，忬改抚大同，以李天宠代，又命兵部尚书张经总督军务。乃大征兵四方，协力进剿。是时，倭以川沙洼、柘林为巢，抄掠四出。明年正月，贼夺舟犯乍浦、海宁，陷崇德，转掠塘栖、新市、横塘、双林等处，攻德清县。五月复合新倭，突犯嘉兴，至王江泾，乃为经击斩千九百余级，余奔柘林。其他倭复掠苏州境，延及江阴、无锡，出入太湖。大抵真倭十之三，从倭者十之七。倭战则驱其所掠之人为军锋，法严，人皆致死，而官军素懦怯，所至溃奔。帝乃遣工部侍郎赵文华督察军情。文华颠倒功罪，诸军益解体。经、天宠并被逮，代以周珫、胡宗宪。逾月，珫罢，代以杨宜。
时贼势蔓延，江浙无不蹂躏。新倭来益众，益肆毒。每自焚其舟，登岸劫掠。自杭州北新关西剽淳安，突徽州歙县，至绩溪、旌德，过泾县，趋南陵，遂达芜湖。烧南岸，奔太平府，犯江宁镇，径侵南京。倭红衣黄盖，率众犯大安德门，及夹冈，乃趋秣陵关而去，由溧水流劫溧阳、宜兴。闻官兵自太湖出，遂越武进，抵无锡，驻惠山。一昼夜奔百八十余里，抵浒墅。为官军所围，追及于杨林桥，歼之。是役也，贼不过六七十人，而经行数千里，杀戮战伤者几四千人，历八十余日始灭，此三十四年九月事也。
应天巡抚曹邦辅以捷闻，文华忌其功。以倭之巢于陶宅也，乃大集浙、直兵，与宗宪亲将之。又约邦辅合剿，分道并进，营于松江之甎桥。倭悉锐来冲，遂大败，文华气夺，贼益炽。十月，倭自乐清登岸，流劫黄岩、仙居、奉化、余姚、上虞，被杀掳者无算。至〈山乘〉县乃歼之，亦不满二百人，顾深入三府，历五十日始平。其先一枝自山东日照流劫东安卫，至淮安、赣榆、沭阳、桃源，至清河阻雨，为徐、邳官兵所歼，亦不过数十人，流害千里，杀戮千余，其悍如此。而文华自甎桥之败，见倭寇势甚，其自柘林移于周浦，与泊于川沙旧巢及嘉定高桥者自如，他侵犯者无虚日，文华乃以寇息请还朝。
明年二月，罢宜，代以宗宪，以阮鹗巡抚浙江。于是宗宪乃请遣使谕日本国王，禁戢岛寇，招还通番奸商，许立功免罪。既得旨，遂遣宁波诸生蒋洲、陈可愿往。及是，可愿还，言至其国五岛，遇汪直、毛海峰，谓日本内乱，王与其相俱死，诸岛不相统摄，须遍谕乃可杜其入犯。又言，有萨摩洲者，虽已扬帆入寇，非其本心，乞通贡互市，愿杀贼自效。乃留洲传谕各岛，而送可愿还。宗宪以闻，兵部言：“直等本编民，既称效顺，即当释兵。乃绝不言及，第求开市通贡，隐若属国然，其奸叵测。宜令督臣振扬国威，严加备御。移檄直等，俾剿除舟山诸贼巢以自明。果海疆廓清，自有恩赉。”从之。时两浙皆被倭，而慈溪焚杀独惨，余姚次之。浙西柘林、乍浦、乌镇、皂林间，皆为贼巢，前后至者二万余人，命宗宪亟图方略。七月，宗宪言：“贼首毛海峰自陈可愿还，一败倭寇于舟山，再败之沥表，又遣其党招谕各岛，相率效顺，乞加重赏。”部令宗宪以便宜行。当是时，徐海、陈东、麻叶，方连兵攻围桐乡，宗宪设计间之，海遂擒东、叶以降，尽歼其余众于乍浦。未几，复蹴海于梁庄，海亦授首，余党尽灭。江南、浙西诸寇略平，而江北倭则犯丹阳及掠瓜洲，烧漕艘者明春复犯如皋、海门，攻通州，掠扬州、高耶，入宝应，遂侵淮安府，集于庙湾，逾年乃克。其浙东之倭则盘踞于舟山，亦先后为官军所袭。