时诸葛长人失期，为刁逵执送，未至而玄败。玄经寻阳，江州刺史郭昶之为具乘舆法物。初，荆州刺史王绥以江左冠族，又桓氏之甥，素甚陵帝，至是，及其父尚书左仆射愉有自疑志，并及诛。
四月戊子，奉武陵王遵为大将军，承制，大赦，惟桓氏一祖后不免。桓玄之篡，王谧佐命，手解安帝玺绂。及义旗建，众谓谧宜诛，惟帝素德谧，保持之。刘毅尝因朝会，问谧玺绂所在，谧益惧。及王愉父子诛，谧从弟谌谓谧曰："王驹无罪而诛，此是剪除胜己，兄既桓氏党附，求免得乎？"驹，愉小字也。谧惧，奔曲阿。帝牍白大将军迎还，复其位。玄挟天子走江陵，又浮江东下。与刘毅、何无忌、刘道规等遇于峥嵘洲，众军大破之。
玄党殷仲文奉晋二皇后还建邺。玄复挟天子至江陵，因走南郡，太守王腾之、荆州别驾王康产奉天子入南郡府。
初，益州刺史毛璩遣从孙佑之与参军费恬送弟丧下州，璩弟子修之，时为玄屯骑校尉，诱玄入蜀，至枚回洲，恬与佑之迎射之，益州督护冯迁斩玄，传首建邺。玄从子振逃于华容之涌中，招集逆党，袭江陵城，腾之、康产皆被杀。桓谦先匿沮川，亦聚众应振。为玄举哀，立丧庭。谦率众官奉玺绶于安帝。刘毅、何无忌进及桓振战，败绩于灵溪。
十月，帝领青州刺史，甲仗百人入殿。
义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。三月甲子，晋帝至自江陵。庚子，诏进帝侍中、车骑将军、都督中外诸军、录尚书事。帝固让，旋镇丹徒。九月乙巳，加帝领兖州刺史。
卢循浮海破广州，获刺史吴隐之，即以循为广州刺史，以其党徐道覆为始兴相。
二年三月，进帝督交、广二州。十月，论匡复勋，封帝豫章郡公，邑万户，赐绢三万匹。其余封赏各有差。
三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。
四年正月，征帝入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。表解兖州。先是，帝遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而还。九月，帝以敬宣挫退，逊位，不许。十月，乃降为中军将军，开府如故。
五年二月，伪燕主慕容超大掠淮北。三月，帝抗表北讨，以丹阳尹孟昶监中军留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳。留船，步军进琅邪，所过筑城留守。
超大将公孙五楼请断大岘，坚壁清野以待，超不从。初，谋是役，议者以为贼若严守大岘，军无所资，何能自反？帝曰："不然。鲜卑性贪，略不及远，既幸其胜，且爱其谷，必将引我，且亦轻战。师一入岘，吾何患焉？"及入岘，帝举手指天曰："吾事济矣"。众问其故，帝曰："师既过险，士有必死之志，余粮栖亩，军无匮乏之忧，胜可必矣。"六月，超留羸老守广固，使其广宁王贺剌卢及公孙五楼悉力据临朐。去城四十里有巨蔑水，超告五楼急据之。比至，为龙骧将军孟龙符所保，五楼乃退。
大军分车四千两为二翼，方轨徐行，车张幰，御者执槊，以骑为游军，军令严肃。比及临朐，贼骑交至，帝命兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等陷其阵。日向昃，战犹酣，帝用参军胡藩策，袭克临朐，贼乃大奔。超遁还广固。获其玉玺、豹尾、辇等，送于都。丙子，克广固大城，超固其小城。乃设长围以守之，馆谷于青土，停江、淮转输。
七月，超尚书郎张纲乞师于姚兴，自长安反，泰山太守申宣执送之。纲有巧思，先是，帝修攻具，城上人曰："汝不得张纲，何能为也。"及至，升诸楼车以示之，城内莫不失色。超既求救不获，纲反见虏，乃求称藩，割大岘为界，献马千匹，不听。时姚兴遣使，声言将涉淮左，帝谓曰："尔报姚兴，我定青州，将过函谷，虏能自送，今其时矣。"录事参军刘穆之遽入曰："此言不足威敌，容能怒彼。若鲜卑未拔，西羌又至，公何以待之？"帝乃笑曰："此兵机也，非子所及。羌若能救，不有先声，是自强也。"十月，张纲修攻具成，设飞楼县梯，木幔板屋，冠以牛皮，弓矢无所用之。刘毅遣上党太守赵恢以千余人来援，帝夜潜遣军会之。明旦，恢众五千，方道而进，每晋使将到，辄复如之。
六年二月丁亥，屠广固，超逾城走，追获之，斩于建康市。杀其王公以下，纳生口万余，马二千匹。