七月，朱龄石平蜀，斩谯纵，传首建邺。
九月，晋帝以帝平齐、定卢循功，封帝次子义真为桂阳县公；并重申前命，授帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。将吏百僚敦劝，乃受羽葆、鼓吹、班剑，余固辞。
十年，息人简役，筑东府城，起府舍。帝以荆州刺史司马休之宗室之重，又得江、汉人心，疑其有异志；而休之子谯王文思在都，招聚轻侠，帝执送休之，令自为其所。休之表废文思，并与帝书陈谢。
十一年正月，帝收休之子文宝、兄子文祖，并赐死，率众西讨。复加黄钺，领荆州刺史。以中军将军道怜监留府事。休之上表自陈。并罪状帝。休之府录事参军韩延之有干用才，帝未至江陵，密书招之。延之报书曰："承亲率戎马，远履西偏，阖境士庶，莫不惶骇。辱疏，知以谯王前事，良增叹息。司马平西体国忠贞，款怀待物，以公有匡复之勋，家国蒙赖，推德委诚，每事询仰。谯王往以微事见劾，犹自表逊位；况以大过而当默邪！来示云'处怀期物，自有由来。'今伐人之君，啖人以利，真可谓'处怀期物'者矣。刘藩死于阊阖之门，诸葛毙于左右之手，甘言诧方伯，袭之以轻兵，遂使席上靡款怀之士，阃外无自信诸侯，以为得算，良所耻也。吾虽鄙劣，尝闻道于君子，以平西之至德，宁可无授命之臣乎？假天长丧乱，九流浑浊，当与臧洪游于地下。不复多云。"帝视书叹息，以示将佐曰："事人当如此。"三月，军次江陵。初，雍州刺史鲁宗之负力好乱，且虑不为帝容，常为谶曰："鱼登日，辅帝室。"与休之相结。至是，率其子竟陵太守轨会于江陵。帝济江，休之众溃，与轨等奔襄阳，江陵平。加领南蛮校尉。将拜南蛮，遇四废日，佐史郑鲜之等白迁日，不许。下书开宽大之恩。
四月，进军襄阳，休之等奔姚兴。晋帝复申前令，授太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，加前部羽葆、鼓吹，置左右长史、司马，从事中郎四人，封第三子义隆为北彭城县公。八月甲子，帝至自江陵，奉还黄钺，固辞太傅、州牧、前部羽葆、鼓吹，其余受命。
十二年正月，晋帝诏帝依旧辟士，加领平北将军、兖州刺史，增督南秦，凡二十二州。帝以平北文武寡少，不宜别置，于是罢平北府，以并太府。三月，加帝中外大都督。
初，帝平齐，仍有定关、洛意，遇卢循侵逼，故寝。及荆、雍平，乃谋外略。会姚兴死，子泓新立，兄弟相杀，关中扰乱。
四月乙丑，帝表伐关、洛，乃戒严北讨，加领征西将军、司豫二州刺史。以世子为徐、兖二州刺史。帝欲以义声怀远，奉琅邪王北伐。五月，庐江霍山崩，获六钟，献之天子。癸巳，加领北雍州刺史，前后部羽葆、鼓吹，增班剑为四十人。八月乙巳，率大众进发，以世子为中军将军，监太尉留府事，尚书右仆射刘穆之为左仆射，领监军、中军二府军司，入居东府，总摄内外。九月，帝至彭城，加领北徐州刺史。十月，众军至洛，围金墉，降之。修复晋五陵，置守卫。
十二月壬申，晋帝加帝位相国、总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备九锡之礼，加玺绂、远游冠、绿綟绶，位在诸侯王上。策曰：
朕以寡昧，仰缵洪基。夷羿乘衅，荡覆王室，越在南鄙，迁于九江。宗祀绝飨，人神无位，提挈群凶，寄命江浦。则我祖宗之烈，奄坠于地；七百之祚，剪焉既倾。若涉巨海，罔知攸济。天未绝晋，诞育英辅，振厥弛维，再造区宇；兴亡继绝，俾昏作明。元勋至德，朕实攸赖。
今将授公典策，其敬听朕命：乃者，桓玄肆僣，滔天泯夏，拔本塞源，颠蹶六位，庶僚俯眉，四方莫恤。公精贯朝日，气陵虹霓，奋其灵武，大歼群慝，克复皇邑，奉歆神祇。此公之大节，始于勤王者也。授律群后，顺流长骛，薄伐峥嵘，献捷南郢，大憝折首，群逆毕夷，三光旋采，旧物反正。此又公之功也。出藩入辅，弘兹保弼，阜财利用，繁殖黎元，编户岁滋，疆宇日启，导德明刑，四境有截。此又公之功也。鲜卑负众，僣盗三齐，介恃遐阻，仍为边害；公搜乘秣马，敻入远疆，冲橹四临，万雉俱溃，拓土三千，申威龙漠。此又公之功也。卢循祆凶，伺隙五岭，侵覆江、豫，矢及王城；国议迁都之规，家献徒卜之计。公乘辕南济，义形于色，运奇摅略，英谟不世，狡寇穷衄，丧旗宵遁，俾我畿甸，拯于将坠。此又公之功也。追奔逐北，扬旍江溃，偏旅浮海，指日遄至。番禺之功，俘级万数，左里之捷，鸟散鱼溃，元凶远窜，传首万里。此又公之功也。刘毅叛换，负衅西夏，陵上罔主，志肆奸暴；公御轨以刑，消之不日，罪人斯得，荆、衡宁晏。此又公之功也。谯纵怙乱，寇窃一隅，王化阻阂，三巴沦溺；公指命偏帅，授以良图，陵波凭湍，致届井络，僣竖伏锧，梁、岷草偃。此又公之功也。马休、鲁宗，阻兵内侮，驱率二方，连旗称乱；公投袂星言，研其上略，江津之师，势逾风电，回旆沔川，实繁震摄，二叛奔迸，荆、雍来苏。此又公之功也。永嘉不竞，四夷擅华，五都倾荡，山陵幽辱，祖宗怀没世之愤，遗氓有《匪风》之思；公远齐阿衡纳隍之仁，近同小白灭亡之耻，鞠旅陈师，赫然大号，分命群师，北徇司、兖，许、郑风靡，巩、洛载清，百年榛秽，一朝扫涤。此又公之功也。