二月辛酉朔，诏吴丹会赵良栋进取云南，王进宝镇四川，勒尔锦取重庆，徐治都守荆州。乙丑，佛尼勒收顺庆府，潼川、中江、南部、蓬县、广安、西充诸县悉下。丁卯，诏莽依图督马九玉、金光祖、高承荫进兵云南。己巳，上幸南苑。丙子，大阅。以于成龙为直隶巡抚。徐治都大败叛将杨来嘉，复巫山，进取夔州。杨茂勋复大昌、大宁。癸未，万正色败海寇於海坛。
三月辛卯，吴丹复重庆，达州、奉乡诸州县悉定。杨来嘉降，送京。乙未，以伊辟为云南巡抚。丁酉，安亲王岳乐师旋，上劳於芦沟桥。辛丑，马承荫诱执傅弘烈。先是，马雄踞柳州，死，其子承荫以柳州降。至是，复叛，执弘烈送贵阳，不屈，死之。平南将军赖塔复铜山，命守潮州备承荫。万正色击海寇於平海岙，克之，进克湄州、南日、崇武诸岙。朱天贵降。拉哈达击刘国轩，败之，遁厦门。伪将苏堪迎降，进平玉洲、石马、海澄、马州等十九寨，复偕吴兴祚取金门。己酉，察尼下辰龙关，蔡毓荣复铜仁。
夏四月庚申朔，以赖塔为满洲都统。癸亥，穆占、董卫国败吴应麒，复沅州、靖州，进复黎平。丁卯，上以学士张英等供奉内廷，日备顾问，下部优叙，高士奇、杜讷均授翰林官。己巳，命南书房翰林每日晚讲通鉴。丙子，上祈雨天坛，翌日，雨。己卯，颁行尚书讲义。王进宝以病回固原，以其子总兵用予统军驻保宁。庚辰，宗人府进玉牒。
五月壬辰，命甘肃巡抚治兰州。乙巳，莽依图会军讨马承荫，复降，命执送京师。己酉，山海关设关收税。
六月甲子，蔡毓荣复思南。丁丑，命五城粥厂再展三月，遣太医官三十员分治饥民疾疫。壬午，副都统马尔哈齐、营总马顺德以纵兵杀人论罪。
秋七月甲午，停捐纳官考选科道。褒恤福建总督范承谟、广西巡抚马雄镇，赠官予谥荫。乙巳，以折尔肯为左都御史。己酉，解顺承郡王勒尔锦大将军，撤还京。
八月戊辰，上御经筵。己巳，命赖塔移驻广州，以博济军益之。戊寅，大学士索额图免。壬午，将军莽依图卒於军，以勒贝代之。甲申，尚之信以属人王国光讦告其罪，擅杀之，诏赐之信死。其弟之节，其党李天植，皆伏诛，家口护还京师。
闰八月乙未，命各将帅善抚绿旗军士。壬子，以王永誉为广东将军。
九月癸亥，吴世璠使其将夏国柱、马宝潜寇四川，谭弘复叛应之，连陷泸州、永宁，夔州土匪应之。命将军吴丹、噶尔汉，提督范达理、徐治都分道讨之。乙丑，以赖塔为平南大将军，率师进云南。戊寅，吴丹复泸州。
冬十月，仁怀失守，罢吴丹，以鄂克济哈领其军。戊戌，以阿密达为蒙古都统。噶尔汉复巫山。壬寅，大将军康亲王杰书师旋，上郊劳之。戊申，彰泰、穆占败吴世璠於镇远。噶尔汉击谭弘於铁开峡，败之。是月，王大臣议上师行玩误之王贝勒大臣罪。得旨，勒尔锦革去王爵，籍没B4禁。尚善、察尼均革去贝勒。兰布革去镇国公。朱满革去都统，立绞。馀各褫官、夺世职、鞭责、籍没有差。
十一月丙辰朔，冬至，祀天於圜丘。彗星见，诏求直言。甲子，贝子彰泰进复平越，遂入贵阳。逆渠吴世璠及吴应麒等夜遁。安顺、石阡、都匀三府皆下。庚午，以达哈里为蒙古都统。丙子，川北总兵高孟败彭时亨於南溪桥，复营山，进围灵鹫寨，斩伪将魏卿武。甲申，提督周卜世复思南。
十二月壬辰，以徐元文为左都御史。甲午，高孟复渠县。乙未，提督桑峨大败吴世璠於永宁，追至铁索桥，贼焚桥遁。土官龙天祐、沙起龙造盘江浮桥济大军。壬寅，高孟复广安州。庚戌，以郝浴为广西巡抚。癸丑，祫祭太庙。
是岁，免直隶、江南、山东、山西、陕西、江西、福建、湖广等省一百八十六州县灾赋有差。朝鲜、琉球入贡。
二十年辛酉春正月壬申，叛将李本深降，械送京师。癸酉，总兵高孟复达州。甲戌，将军噶尔汉复云阳，谭弘死，进复忠州、万县、开县。乙亥，命侍郎温代治通州运河。丙子，将军穆占、提督赵赖击夏国相等，走之，复平远。辛巳，增置讲官。诏法司慎刑。是月，郑锦死，其子克塽继领所部。
二月己丑，贝子彰泰师至安南卫，击贼将线緎於江西坡。贼列象阵拒战。官兵分三队奋击，大破之。贼遁，公图、达汉泰追击，复败之，复普安州、新兴所。壬辰，副都统莽奕禄败贼张足法等於三山。甲午，诏凡三藩往事为民害者悉除之。蠲奉天盐引。大将军赖塔师至广西，大破贼於黄草壩，复安笼，入曲靖。高孟复东乡，败彭时亨於月城寨。戊戌，增钦天监满监副一员。都统希福、马缉、硕塔复马龙州、杨林城，入嵩明州，贼遁。穆占复黔西、大定，斩其伪将张维坚。乙巳，贝子彰泰、大将军赖塔、将军蔡毓荣先后入滇。贼将胡国柄、刘起龙迎拒，官军分击败之，斩国柄、起龙。辛亥，谒孝陵。