冬十月壬寅，以王之鼎为京口将军。己酉，上幸南苑行围。
十一月丁卯，故明宗室朱议潀以蓄发论死。得旨免死入旗，给与妻室房地。庚午，诏民间垦荒田亩，以十年起科。
十二月壬子，以姚文然为左都御史。吴三桂反，杀云南巡抚朱国治，贵州提督李本深、巡抚曹申吉俱降贼，总督甘文焜死之。丙辰，反问至，命前锋统领硕岱率禁旅守荆州。丁巳，召梁清标、陈一炳还，停撤二藩。命加孙延龄抚蛮将军，线国安为都统，镇广西。命西安将军瓦尔喀进守四川。京师民杨起隆伪称朱三太子，图起事。事发觉，起隆逸去。捕诛其党。诏奸民作乱已平，勿株连，民勿惊避。己未，命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，讨吴三桂。执三桂子额驸吴应熊下之狱。庚申，命副都统马哈达帅师驻兖州，扩尔坤驻太原，备调遣。辛酉，命直省巡抚仍管军务。壬戌，诏削吴三桂爵，宣示中外。命都统赫业为安西将军，会瓦尔喀守汉中。以倭内为奉天将军。吴三桂陷辰州。甲子，祫祭太庙。
是岁，免直隶、山东、安徽、浙江、湖广等省二十六州县卫灾赋有差。朝鲜、安南入贡。
十三年甲寅春正月乙亥，勒尔锦师行。庚辰，吴三桂陷沅州。丁亥，偏沅巡抚卢震弃长沙遁。己丑，以提督佟国瑶守郧阳。总兵吴之茂以四川叛，巡抚罗森、提督郑蛟麟降之。命总兵徐治都还守夷陵。庚寅，封世祖第七子隆禧为纯亲王。以席卜臣为镇西将军，守西安。
二月乙未朔，太皇太后颁内帑犒军。丁酉，钦天监新造仪象成。壬寅，贼犯澧州，守卒以城叛，提督桑峨退荆州，陷常德。命镇南将军尼雅翰率师守武昌。癸丑，上御经筵。以赵赖为贵州提督。甲寅，吴三桂陷长沙，副将黄正卿叛应之，旁陷衡州。命都统觉罗朱满守岳州，未至，岳州失。辛酉，命刑部尚书莫洛加大学士衔，经略陕西。孙延龄以广西叛，杀都统王永年，执巡抚马雄镇幽之。
三月乙丑，命整饬驿站，每四百里置一笔帖式，接递军报，探发塘报。命左都御史多诺等军前督饷。戊辰，吴三桂将犯夷陵，勒尔锦遣兵击败之。庚午，以额驸华善为安南将军，镇京口。庚辰，耿精忠反，执福建总督范承谟幽之，巡抚刘秉政降贼。癸未，郧阳副将洪福叛，提督佟国瑶击败之。壬辰，襄阳总兵杨来嘉以穀城叛。命希尔根为定南将军，尚书哈尔哈齐副之。命舒恕、桑遏、根特、席布率师赴江西。甲午，西安将军瓦尔喀克阳平关。
夏四月癸卯，调西安副都统德业立守襄阳。丁未，吴三桂子应熊、孙世霖伏诛。初，三桂仓卒起兵，而名义不扬，中悔。至澧州，颇前却。至是，方食闻报，惊曰：“上少年乃能是耶？事决矣！”推食而起。诏削孙延龄职。以阿密达为扬威将军，驻江宁，赖塔为平南将军，赴杭州。甲寅，潮州总兵刘进忠以城叛。戊午，以根特为平寇将军，赴广西讨孙延龄。河北总兵蔡禄谋叛，命阿密达袭诛之。辛酉，诏削耿精忠爵。癸亥，诏以分调禁旅遣将分防情形寄示平南王尚可喜。
五月丙寅，皇子胤礽生，皇后赫舍里氏崩。戊寅，安西将军赫业等败吴之茂於劄阁堡，复朝天关。壬午，浙江平阳兵变，执总兵蔡朝佐，应耿精忠将曾养性，围瑞安。命赖塔进兵讨之。壬辰，副都统德业立败洪福於武当。
六月丙午，命贝勒尚善为安远靖寇大将军，率师赴岳州，贝子准达赴荆州。庚戌，总兵祖弘勋以温州叛。金华副将牟大寅败耿精忠将於常山。壬子，命将军喇哈达守杭州。乙卯，命康亲王杰书为奉命大将军赴浙江，贝勒洞鄂为定西大将军赴四川。浙江温州、黄岩、太平诸营相继叛。命喇哈达守台、宁。
七月辛未，以郎廷佐为福建总督，段应举为提督。癸酉，赖塔败耿精忠将於金华。是时精忠遣其大将马九玉、曾养性犯浙江，白显忠犯江西，所至土匪蜂应，江西尤甚。南瑞总兵杨富应贼，董卫国诛之。丁亥，贝勒察尼大战贼将吴应麒於岳州七里山，败之。
八月壬寅，平寇将军根特卒於军，以哈尔哈齐代之。海澄公黄梧卒，子芳度袭爵，守漳州。乙巳，金光祖报孙延龄陷梧州，督兵复之。丙午，上幸南苑。
九月壬戌，上御经筵，命每日进讲如常。耿精忠将以土寇陷清谿、徽州，江宁将军额楚、统领巴尔堪击走之，连战入江西，复乐平等县。命硕塔等驻安庆。辛未，麻城土寇邹君升等作乱，知府于成龙讨平之。命简亲王喇布为扬威大将军，率师赴江西，侍卫坤为振武将军副之。广西提督马雄叛，命安亲王岳乐为定远平寇大将军，率师赴广东，宗室瓦山、觉罗画特副之。