三月甲辰，宣威将军鄂克济哈以失援建昌自劾。诏以觉罗纪哈里代之。辛酉，葬仁孝皇后、孝昭皇后於昌瑞山陵。诏行在批阅章奏，令大学士审校。壬戌，胡国柱犯建昌，将军佛尼勒击走之，复马湖。癸亥，马宝弃遵义，犯泸、叙。诏佛尼勒、赵良栋急击滇贼，勿令回援。丙寅，赠恤福建死事运使高天爵、知府张瑞午等官荫。戊辰，土官陆道清以永宁降。癸酉，上奉太皇太后幸遵化汤泉。
夏四月甲辰朔，王用予复纳谿、江安、仁怀、合江。己酉，贝子彰泰遣使招抚诸路，武定、大理、临安、永顺、姚安皆降。壬子，上奉太皇太后还宫。
五月癸丑朔，提督周卜世取遵义，降伪官金仕俊等，复真安州、仁怀、桐梓、绥阳等县。己未，遣官察阅蒙古苏尼特等旗被旱灾状。乙丑，诏行取州县曾陷贼中者勿选科道。辛巳，大将军贝子彰泰报抵云南省城，伪将李发美以鹤庆、丽江二府降。
六月戊子，除山西、陕西房号银。
秋七月丁巳，以礼部尚书郭四海兼管刑部。庚申，诏四川民田为弁兵所占者察还之。辛酉，都统希福、提督桑峨击马宝於乌木山，大败之。马宝降，械送京师诛之。乙丑，赵良栋遣总兵李芳述击败胡国柱，复建昌，入云南。戊辰，诏图海率王辅臣还京。壬申，赐宴瀛台，员外郎以上皆与焉，赐纟采币。己卯，以施琅为福建水师提督，规取台湾，改万正色陆路提督。
八月辛巳朔，日有食之。乙巳，上御经筵。
九月辛亥，上巡幸畿甸。故平南王尚可喜丧至通州，赐银八千两，遣官奠茶果。戊午，上次雄县，召见知州吴鉴，问浑河水决居民被灾状。丙寅，上还京。诏停本年秋决。壬申，复运丁工银。
冬十月癸未，偏沅巡抚韩世琦败贼将黄明於古州。甲申，额鲁特噶尔丹入贡。乙酉，大学士图海师旋，上嘉劳之。壬辰，诏撤平南、靖南两藩弁兵还京。癸卯，诏免吐鲁番贡犬马。
十一月辛亥，诏从贼诸人，除显抗王师外，馀俱削官放还。以诺迈为汉军都统。癸亥，定远平寇大将军贝子彰泰、平南大将军都统赖塔、勇略将军总督赵良栋、绥远将军总督蔡毓荣疏报王师於十月二十八日入云南城，吴世璠自杀，传首，吴三桂析骸，示中外，诛伪相方光琛，馀党降，云南平。是日，以昭告孝陵，车驾次蓟州。丁卯，祭孝陵。辛未，召贝子彰泰、将军赵良栋还京。乙亥，上猎於南山，发矢殪三虎。己卯，回銮。
十二月戊子，设满洲将军驻荆州，汉军将军驻汉中。癸巳，群臣请上尊号。敕曰：“自逆贼倡乱，莠民响应，师旅疲於征调，闾阎敝於转输。加以水旱频仍，灾异叠见。此皆朕躬不德所致。赖宗社之灵，削平庶孽。方当登进贤良，与民休息，而乃侈然自足，为无谓之润色，能勿恧乎！其勿行。”补广西乡试。戊戌，大学士图海卒。己亥，上御太和门受贺，宣捷中外。癸卯，加上太皇太后、皇太后徽号，颁发恩诏，赐宗室，赉外藩，予封赠，广解额，举隐逸，旌节孝，恤孤独，罪非常赦不原者悉赦除之。以于成龙为江南江西总督，吴兴祚为广东广西总督。丁未，祫祭太庙。
是岁，免直隶、江南、江西、山东、山西、浙江、福建等省七十五州县灾赋有差。丁户一千七百二十三万，徵银二千二百一十八万三千七百六十两有奇。盐、茶课银二百三十九万九千四百六十八两。铸钱二万三千一百三十九万。朝鲜、厄鲁特入贡。