六月丁巳，祖泽清以高州降。
秋七月庚子，郑锦将刘国轩自惠州犯东莞，尚之信大败之，贼将陈琏以惠州降。甲辰，上御便殿，召大学士等赐坐，论经史，因及前代朋党之弊，谕加警戒。以明珠、觉罗勒德洪为大学士。
八月丁未，明宗人朱统锠起兵陷贵溪、泸溪。己未，上御经筵。丙寅，册立贵妃钮祜禄氏为皇后，佟佳氏为贵妃。戊辰，傅弘烈等复梧州。
九月丙子，命宗室公温齐、提督周卜世赴湖广协剿。癸未，命额驸华善率师益简亲王军，科尔科代接驻江宁。丁亥，上发京师，谒孝陵，巡近边。丙申，次喀拉河屯。庚子，次达希喀布秦昂阿，近边蒙古敖汉部札穆苏等朝行在，敌驼马，赐金币。吴三桂将胡国柱、马宝寇韶州，将军莽依图、额楚夹击破之，贼遁，追之过乐昌，复仁化。
冬十月甲辰，上次汤泉。癸丑，还宫。傅弘烈败吴世琮於昭平，复浔州。福建按察使吴兴祚败朱统锠於光泽，其党执统锠降。癸亥，始设南书房，命侍讲学士张英、中书高士奇入直。
十一月己卯，吴三桂将韩大任陷万安，护军统领哈克山击败之。庚子，封长白山神，遣官望祭。是月，官兵复茶陵、攸县。
十二月乙巳，海寇犯泉州，提督段应举等御之。辛亥，海寇犯钦州，游击刘士贵击败之。命参赞勒贝、将军额楚进取郴、永。己巳，以冯甦为刑部侍郎。辛酉，金星昼见。辛未，祫祭太庙。
是岁，免直隶、江南、江西、陕西、湖广等省七十州县灾赋有差。朝鲜入贡。
十七年戊午春正月己丑，副都统哈当、总兵许贞击韩大任於宁都，大任遁之汀州，诣康亲王军前降，命执送京师。壬辰，以郭四海为左都御史。乙未，诏曰：“一代之兴，必有博学鸿儒振起文运，阐发经史，以备顾问。朕万几馀暇，思得博通之士，用资典学。其有学行兼优、文词卓越之士，勿论已仕未仕，中外臣工各举所知，朕将亲试焉。”於是大学士李霨等荐曹溶等七十一人，命赴京齐集请旨。
二月甲辰，傅弘烈疏言吴三桂兵犯广西，诏额楚、勒贝守梧州。己未，上御经筵，制四书讲疏义序。丁卯，皇后钮祜禄氏崩，谥曰孝昭皇后。辛未，莽依图及吴世琮战於平乐，失利，退守梧州。命尚之信及都统马九玉会师守梧州。
三月丙子，湖广官兵击杨来嘉、洪福，败之，复房县。丁丑，海寇犯石门，黄芳世击败之。癸巳，祖泽清复叛应吴三桂。
闰三月癸卯，上巡近畿。乙丑，命内大臣喀代、尚书马喇往科尔沁四十九旗莅盟。丁卯，吴三桂将林兴珠诣安亲王军前降，诏封建义侯，随军剿贼。逮问副都统甘度海、阿进泰，以在江西剿贼失机也。
夏四月庚午，海寇蔡寅陷平和，进逼潮州。甲戌，祖泽清犯电白，尚之信、额楚击之，泽清遁。庚寅，庆阳土贼袁本秀作乱，官兵击斩之。
五月庚子朔，海澄公黄芳世卒於军，命其弟芳泰袭爵。戊申，福建总督郎廷相、巡抚杨熙、提督段应举俱免，以姚启圣为福建总督，吴兴祚为福建巡抚，杨捷为福建水陆提督。甲寅，上幸西郊观禾。额鲁特部济农为噶尔丹所逼，入边，张勇逐出之。
六月壬申，尚善遣林兴珠败三桂舟师於君山。丁亥，上以盛夏亢旱，步祷於天坛。是日，大雨。壬辰，吴三桂将犯永兴，都统伯宜理布、统领哈克山与战，败殁。海寇犯廉州，总兵班绍明等击走之。吴三桂兵犯郴州，副都统硕岱与战，不利，奔永兴。丁酉，诏曰：“军兴以来，将士披坚执锐，盛暑祁寒，备极劳苦，朕甚悯焉。其令兵部察军中有负债责者，官为偿之，战殁及被创者恤其家。”
秋七月，郑锦陷海澄，前锋统领希佛、副都统穆赫林、提督段应举死之。甲辰，郑锦犯泉州。甲寅，以安珠护为奉天将军。壬戌，以魏象枢为左都御史。丙寅，召翰林院学士陈廷敬、侍读学士叶方蔼入直南书房。是月，吴三桂僣号於衡州。
八月己卯，安远靖寇大将军、贝勒尚善卒於军，命贝勒察尼代之。庚午，西洋国王阿丰肃使臣入贡。癸未，上御经筵，以御制诗集赐陈廷敬等。乙未，吴三桂死，永兴围解。颁行康熙永年历。丙申，诏曰：“逆贼倡乱，仰服天诛。絓误之徒，宜从宽典。其有悔悟来归者，咸与勿治。”
九月，上奉太皇太后幸汤泉，晋谒孝陵。姚启圣、拉哈达大败海寇於蜈蚣山，刘国轩遁，泉州围解。