巡抚标辖水师左右营、广州协左右营、三水营、前山营、顺德协左右营、新会左右营、增城左右营、大鹏营、永靖营。光绪二十九年，裁广东巡抚，以各营分隶提督标及广州城守协。
水师提督标，康熙元年设，驻惠州府，辖四营。嘉庆后移驻虎门，分中、左、右、前、后五营，香山协左右营，顺德协左右营，新会左右营，大鹏左右营，赤溪协左右营，清远右营，广海寨营，永靖营。凡六橹船十一艘，八橹船四艘，十橹船二艘，十二橹船二艘，米艇十一艘，捞缯船六艘，快桨船二十七艘，浅水桨船十二艘，巡船十四艘，二橹船六艘，四橹船十二艘，艍船四艘。嗣后裁广海寨营，以清远左右营隶三江口协标，以永靖营改隶抚标，又改隶城守协标，增设赤溪左右营。
南澳水师镇标，左营战船十艘，属福建省，右营赶缯船九艘，仔船六艘，八桨船二艘。澄海协，左营艍船二艘，膨仔船二艘，乌船一艘，快桨船三艘；右营赶缯船一艘，艍船二艘，仔船一艘，乌船一艘，快桨船二艘。海门营赶缯船二艘，艍船二艘，仔船四艘，快桨船四艘。达濠营艍船二艘，仔船一艘，快桨船一艘。
碣石水师镇标，康熙八年展界，分中左右三营，米艇十艘，哨船一艘。平海营，康熙元年，以惠州协右营驻平海所，雍正四年，设平海营，隶镇标，一号赶缯船一艘，二、三、四号艍船三艘，五、六、七、八号拖风船四艘，一号快船一艘。归善城守营，舢板哨船十三艘。惠来营，属陆路。潮州镇标，分中左右三营。城守营快船五艘。饶平营快船四艘。黄冈协左右营，左营哨船二艘，右营哨船二艘。
北海镇标及城守营，康熙初年设。二十三年，改设龙门水师协标，分左右二营，左营水师八百二十三人，右营八百十一人，共大米艇三艘，中米艇四艘，小米艇一艘，捞缯船三艘，艍船一艘。乾隆二十年后，实存赶缯船二艘，艍船四艘，拖风船一艘，快马船三艘。旧辖有硇州营，大小战船二十七艘，后改隶高廉水师镇标。
高廉镇标阳江营，嘉庆十五年，以南韶连镇标左翼兵移驻阳江，设阳江镇标，左营大米艇五艘，捞缯船二艘，右营大米艇三艘，捞缯船一艘，后改隶高廉镇标。电白营双篷艍船七艘。吴川营外海双篷艍船二艘，外海拖风船三艘，桨船二艘。硇州营旧为乾体营，大战船十三艘，龙艇六艘，哨船五艘。康熙四十二年，改为硇州营，存赶缯船三艘，艍船六艘，拖风船十二艘，外海双篷船四艘，快桨船七艘。东山营大米艇一艘，捞缯船二艘。
雷琼镇标，康熙二十七年设，分左右二营，赶缯船二艘，艍船六艘，快哨船六艘。雍正间，增快哨船十艘。嘉庆十五年，改称水师营，左营水师八百七十六人，右营水师八百八十八人。海安营，康熙初年，设副将各官。八年，改设游击，隶镇标，大小哨船凡二十艘。白鸽寨营，顺治初年，设参将各官，大小哨船九艘。康熙间裁撤，存哨船三艘。海口营，嘉庆十五年，设水师协标，左营水师四百九十二人，右营四百八十五人，后改参将，并左右营为一营。崖州水师协标，中营属陆路，右营水师一、二、三号拖风哨船三艘，四、五、六号艍船三艘。
又广东驻防八旗营水师，乾隆十年，设领催等三十人，水师四百七十人，分左右二营，匠役十二人，教习副工兵百人。
广西水师，旧设驻柳州，后移驻龙州。康熙二十一年，以梧州地居两广之中，扼三江之要，分额设弁兵之半，於浔、南一带，设哨船巡防。其后惟梧州、浔州、平乐、南宁、庆远各府有经制水师，为数无多。
至光绪初年，以漓江、左江、右江水程绵亘，盗贼充斥，设水师五营。嗣因饷绌，并为三营。旋增募勇丁，凡巡哨船一百四十艘，兵丁一千三百馀人。仍苦不敷分布，乃复设水师五军，以水程之长短，定师船之多少。自桂林府至平乐府，为中军汛地，设将领四人，巡船四十艘，兵五百人。自梧州府至浔州府，为前军汛地，设将领二人，巡船二十艘，兵三百五十二人。自太平府至南宁府，为左军汛地，设将领三人，巡船三十艘，兵三百七十六人。自庆远府至武宣，为右军汛地，设将领四人，拨车扒船四艘，巡船三十六艘，兵五百三十六人。自南宁府至百色等厅河面，为后军汛地，设将领三人，扒船八艘，巡船二十艘，兵四百二十四人。此光绪季年之制也。
其旧设水师弁兵船数列后：梧州府水师三营，设副将各官，水师千人，塘船十三艘，快船六艘，舢板船三十八艘。庆远府协标左营，兼辖水师哨船二艘。平乐府水师哨船四十七艘。广运营八桨哨船七艘，柳兵哨船七艘。大亮营八桨哨船一艘，柳兵哨船一艘。大定营八桨哨船一艘，柳兵哨船二艘。足滩营柳兵哨船十二艘。浔州府左营，兼辖来宾江口水师哨船，勒马汛水师哨船。南宁府隆安县水塘十八处，哨船十五艘，水师一百四十人，横州水塘二十处，哨船三艘，水师三十四人。永淳县水塘九处，哨船一艘，水师十人。