湖北水师，武昌府城守营，旧有水师营，设守备以下各官。乾隆二年，拨入汉阳营，任江、汉巡防之责。武昌省城，存城守营内河巡哨船五艘，下游道士洑营巡江船三艘。汉阳城守营兼辖水师营，战船三艘，虎战船一艘，汉川虎战船二艘。黄州协营，巡江船三艘。蕲州城守营，巡江船二艘。荆州水师营，设守备以下各官，战船二十五艘，巡江船二艘。宜昌府水师，顺治十三年设彝陵镇，辖水师前后二营。康熙十九年，改为彝陵水师协标。乾隆元年，改为宜昌镇标，仍设水师前后二营，战船三十艘，小船十一艘。经粤寇之乱，旧制无存。同治间，设长江水师。其属湖北省者，为汉阳水师镇标，辖汉阳营、田镇营、簰洲营、巴河营。其战船、兵额，与各省长江水师同制。
江西水师，清初设九江镇标水师营，南湖水师营、鄱湖水师营，唬船二十艘，分防水巡，各营设塘船一艘。康熙元年，改九江镇标为九江协标，水师七百七十三人，增设沙船三十艘，水汛巡哨船十七艘。乾隆间，实存沙船八艘，唬船二十三艘。后改为城守营。同治八年，裁撤城守营。其南湖水师营、鄱湖水师营，自设长江水师后，亦皆裁撤。长江水师之属於江西省者，为湖口水师镇标，辖湖口营、吴城营、饶州营、华阳营、安庆营，战船、兵额，与各省长江水师同制。
安徽省水师，安庆镇标、寿春镇标及游兵营、泗州营，均有战船。顺治初年，安庆镇标游兵营隶操江巡抚标。康熙元年，改隶江南总督标。泗州营旧隶江南提督标，后改隶安徽巡抚标。安庆镇标，分防怀宁、桐城、望江、东流、贵池、铜陵及江西彭泽县等处，大唬船一艘，小唬船二十二艘。游兵营，分防和州、无为、含山、铜城、繁昌、芜湖、当涂等处及江苏之江宁县，大唬船一艘，小唬船二十七艘。寿春镇标，颍州营哨船二艘，泗州营扒唬船四艘。经粤寇之乱，师船尽毁。同治间，设长江水师，属安徽省者，为长江提督标中营，驻太平府，辖裕溪营、芜湖营、大通营、金陵营，战船、兵额，与各省长江水师同制。
湖南水师，清初设辰州、洞庭二营。康熙二十八年，裁辰州水师，改设岳州水师营，归岳州营参将兼辖，设守备各官，头舵战兵六十八人，水步战兵六十五人，水守兵一百四十八人，分防岳州府城及东西湖、上下江二汛。自雍正至嘉庆，迭有增减，存头舵战兵三十四人，水步战兵三十九人，水守兵一百四十二人，战船十八艘。
洞庭水师营，原设洞庭协标。嘉庆二年，以洞庭副将、都司移驻常德，改常德为协。以常德游击、守备移驻洞庭，改洞庭协为水师营，设游击各官，战兵一百九人，守兵四百三十六人，战船十二艘，分防小船、游巡小船各十艘，分驻龙阳县及东西湖各汛。承平日久，将弁兵丁，咸居陆地，船敝不修，旧制浸废。
咸丰三年，曾国藩治水师於湖南，造船练兵，以长龙船、舢板船尤为便利。粤寇定后，至同治八年，裁撤水勇，设长江水师。在湖南境者，设岳州镇标四营，为岳州营、沅江营、荆州协标营、陆溪营。原设之岳州水师，归并岳州城守营。原设洞庭水师，归并龙阳城守营。
咸丰军兴以后，常於省城驻水师二营，湘潭驻水师一营，衡州驻水师一营，益阳县则由省城拨师船驻防，常德驻水师一营，辰州驻一营，靖州之洪江驻一营，澧州则由常德拨师船驻防，又於岳州、安乡合驻水师一营，不在经制水师之列，而分地驻巡，参错布置，实与经制水师相辅云。
长江水师，道光季年，各省内河水师及沿江水师，船多朽敝，值操练之期，虚衍仪式。粤寇东犯，无以制之。咸丰三年，江忠源始建制舰练兵之议。四年，命侍郎曾国藩治水师於衡州，造拖罟、快蠏、长龙、舢板各船，惟舢板船尤为轻捷制胜，长龙船次之。大率水师一营，设长龙船一、二艘，舢板船或十馀艘，或二十馀艘，以拖罟船、快蠏船守营，不以出战。其后水师日增，悉废拖罟、快蟹旧式之船，专以舢板船摧敌。任彭玉麟、杨岳斌为水师统帅，循长江转战东下，克名城以百计，踣巨憝於金陵。
同治三年，东南底定，曾国藩、彭玉麟以江防重要，疏请设立长江经制水师。简授长江水师提督一人，得专摺奏事，隶两江、湖广总督节制，率提标五营驻安徽太平府。每岁於所辖湖南、湖北、江西、安徽、江南五省江面巡阅。设岳州、汉阳、瓜洲、湖口四总兵官。每镇标各统水师四营，惟湖口镇标五营，以狼山镇标水师二营并隶之，凡二十四营。总兵及参将、游击，於收泊战舰处所立汛建署，为营汛治事之地。以船为家，不得在署常居。都司、守备各官以至兵丁，不得陆居。