湖口设总兵官，置中军中营游击，分防自陆家嘴以下江面，至九江老洲头。吴城设参将，属湖口镇左营，分防自湖口以内姑塘、南唐、渚矶一带。饶州设参将，属湖口镇后营，分防都昌、鄱阳、康山一带。其彭蠡湖东境各湖，南达省城赣江，由江西省别行设防。华阳镇设游击，属湖口镇右营，分防自老洲头以下江面，彭泽县、香口至东流等处，兼防吉水沟以内各湖。安庆府设副将，属湖口镇前营，分防自东流以下江面，黄石矶、李阳河至枞阳，兼防北岸盐河及枞阳以下，南岸通殷家汇之河。
太平府设长江水师提督衙署，置中军中营副将，分防金柱关以下江面至乌江。大通设参将，属提标后营，分防自枞阳以下江面，池州土桥至荻港。芜湖设游击，属提标右营，分防自荻港以下江面至裕溪口，并湾沚、青弋江等处。裕溪口设参将，属提标左营，分防东西梁山江面至金柱关，兼防运漕、无为州各内河，及巢湖百馀里水汛。金陵草鞋夹设参将，属提标前营，分防乌江以下江面至通江集，兼防江浦、六合内河。
瓜洲设总兵官，置中军中营游击，分防通江集以下江面至焦山，兼防内河至扬州。自扬州以上，高邮等湖，由淮扬镇别行设防。孟河营设游击，属瓜洲镇右营，分防南岸各夹江，自焦山至江阴口。其南岸内河，由松江提标别行设防。三江营设游击，属瓜洲镇左营，分防北岸各夹江，自焦山至靖江口。其北岸内河，由淮扬镇别行设防。江阴设副将，属瓜洲镇前营，分防自江阴以下江面，而至鹿苑港及寿兴等河。其鹿苑港以下，由福山镇标接防。
狼山镇总兵，循旧日之制，增水师二营，兼隶长江提督。原统中左右三营，盐捕、扬州、三江、泰州、泰兴、掘港各营，悉仍其旧。惟通州设绥通营，置游击各官，分防自靖江八团港以下江面至通州，凡长龙战船二艘，督阵舢板一艘，舢板十艘，大舢板十艘，仍酌增红单、拖罟等船。海门厅设绥海营，置副将各官，分防自狼山至海门北岸江口海汊，凡长龙战船二艘，督阵舢板二艘，大舢板二十艘，仍酌增兵轮船，及红单、拖罟等船。其崇明南岸海汊，由江南提督别行设防。
综长江经制水师，副将六营，参将七营，游击十一营，凡二十四营。