总兵座船三艘，督阵舢板二艘，亲兵十二人。副将座船二艘，督阵舢板一艘，长龙二艘，亲兵十二人。游击座船二艘，督阵舢板一艘，长龙一艘，亲兵十二人。都司二人，各座船一艘，长龙一艘。守备二人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘。四哨千总八人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘。四哨把总九人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘。四哨外委十一人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘。又外委一人，管带督阵舢板，有座船一艘，无舢板。战船之大者，每艘或设兵二十人，为舵兵一人，头兵一人，炮兵二人，桨兵十六人；或设兵二十五人，为舵兵一人，舱兵一人，头兵一人，炮兵四人，桨兵十八人。舢板船每艘设兵十四人。
总兵以下各官，设稿书、书识，自七人至一人不等。以都司一人管驾长龙船为领哨，守备为副领哨。每哨战船十艘。惟岳州、汉阳系游击营制，而统战船三十三艘，视参将例。左哨都司专任钱粮，右哨都司专任船炮军械及巡查诸务。
大小战船咸设炮位。长龙船千斤头炮二位，七百斤边炮四位，艘炮一位。舢板船八百斤头炮一位，六、七百斤哨炮一位，船边五十斤转珠小炮二位。洋枪刀矛之属，随宜分配。旗帜以桅旗为主，悬方式长龙旗，凡长一丈二尺。舢板船旗长九尺，船艄悬尖式龙旗，书某标某营某哨。桅上小旗，或船首立旗，书驾船将弁之姓，以示区别。
凡驻师之处，渔船由水师编号稽查，以清盗源。其疏防之责，以哨官为专汛，营官为本辖，遇有盗劫，视汛地所辖题参。江、鄂各营，半年更调一次。副将与副将之营互调，参将、游击与参将、游击之营互调。每营调居客汛二次，又调回本汛一次，如承缉盗案未获，则不得更调。
凡副将、参将以下，由本境巡抚节制，总兵由总督节制。土匪猝发，须用战船，由督抚檄调境内水师往剿。总兵奉檄即发兵。督抚调水师操练，亦奉檄即行。其事涉重大者，督抚会同长江提督疏陈。其馀水营政务，由长江提督主持。
饷糈之制，将弁则视其职以定廉养公费。兵丁月饷，每名银三两有差。全军饷糈，由沿江釐捐局指定支拨。
设火药局於湖北、安徽，购硝斤於江苏、江西、湖南。设子弹局於湖南之长沙。设造船厂於湖北之汉阳，江西之吴城，江南之草鞋夹。战船均三年一修，十二年更换。
定水师事宜三十条，未尽者续定十条。银米有稽，铨补有章，训练有规。郑重江防，严申禁约，有犯必惩。自荆州以达海门，沿江数千里，称天堑雄师。至光绪季年，特命大臣查阅长江营伍，实存长龙、舢板战船七百六十二艘，飞划船六百四十二艘，水师弁兵一万有七十九人。
其自荆州以上，溯江至宜昌、巴东，汉阳以上，溯江至襄阳、郧阳，湖南之湘江、沅江，江西之吴城，以上诸河，各疆吏自设防营。其淮河一带，自正阳关至洪泽湖，及江苏境各支河水师，隶淮阳镇标，光绪间，改设江北提督。凡清江营、洋河营、庙湾营、佃湖营、洪湖营、苇荡营咸隶之。自镇江以东，内河各汛及太湖水师五营，则统以江南提督。凡各省内河有水师者，悉改旧式，一准长江水师。其海口原有之狼山镇、福山镇，仍如前制，由镇将督率大号战船，巡防内海。惟狼山镇兼隶长江水师提督，每营设大舢板船二十艘，并仿红单、拖罟船式，设大号战船数艘，多置炮位，为巡缉内洋之用。其长江水师营制防汛列后：
岳州设总兵官，置中军中营游击，战船三十三艘，仿参将营之例，分防自城陵矶至鹿角、垒石、泸陵潭、湘阴一带。沅江设参将，属岳州镇左营，分防君山、西湖及常德、龙阳、华容等河通洞庭湖之处。其沅、湘等水汛，由湖南省别行设防。荆州设副将，属岳州镇后营，分防自荆州以下江面，石首、监利一带，至荆河口止。陆溪口设游击，属岳州镇前营，分防自荆州河以下江面，螺山、新堤及倒口内之黄盖湖。
汉阳设总兵官，置中军中营游击，战船三十三艘，仿参将营之例，分防自沌口以下江面，至团风等处，并防省城两岸，后湖、青林湖。其汉水上通樊城千馀里及各河汊，由湖北省别行设防。簰洲设参将，属汉阳镇后营，分防自倒口以下江面至沌口，兼防金口以内之斧头湖。巴河设游击，属汉阳镇右营，分防自团风以下江面，黄州、兰溪至道士洑，兼樊口以内之梁子湖。田家镇设副将，属汉阳镇前营，分防自道士洑以下江面，湋源口、蕲州、武穴至陆家嘴，兼防湋源口及隆平以内之湖。