是月柳原前光入京先谒李鸿章，鸿章遣道员孙士达往答拜，属以到京后勿言兵费及请觐两事。日本又遣大久保利通入京。美领事毕德格复出任调停，说鸿章仍允照柳原原议三条，并加抚恤赔命。
初，日人刘穆斋在花莲港遭风，破船失银，称社番盗劫。沈葆桢命夏献纶集讯其地居人及船户，查无劫掠失银之事。惟日人欲从生番租地，给有洋银，番目来益不受而止，并缴出日本前给旗物。葆桢因奏言：“日本和约第三条，禁商民不准诱惑土人；第十四条，约沿海未经指定口岸，不准驶入；第二十七条，船只如到不准通商口岸私作买卖，准地方官查拿。今台后歧莱地方，中国所辖，并非通商口岸。此次前赴歧莱之成富清风等，携游历执照，勾引土番，均违和约。现已确查歧莱各社并无窃盗银物。其缴出旗、扇各件，当即发交苏松太道，转给驻沪日本领事收回，将游历执照追销。其违约妄为之处，应由彼国自行查办。并录民、番供结，咨呈总署，牒其外务省，转饬日本领事照章办理，以弭衅端。”从之。命速修安平炮台，及筹办铁甲船。续谕：“日本虽未启兵端，然日久相持，终非了局。现淮军续抵凤山，罗大春业抵苏澳、沪尾、鸡笼等口，调兵扼紥。”葆桢於是设防益严，日人乃谋撤兵。而西乡从道仍迁延不即退，欲牡丹社赔给兵费。
柳原前光既至京，先递照会有“台湾生番为无主野蛮，本不必问之中国”之语。先请觐见。总署责以：“台湾生番系中国地，不应称为‘无主野蛮’。迭次来京，并未与中国商明，何以捏称中国允许日本自行办理？”柳原前光答辩。久之，始议定三条，给抚恤银十万，再给修道建房费四十万两，定期撤兵付银，互换条约。於是大久保往琅軿，命领事福岛九成谒沈葆桢陈五事：一，请派人受代；一，请撤销两国大臣来往公文；一，请被害遗骸於收埋处建碑表墓，并许日人以后登岸扫祭；一，请以后台湾交涉事件，由中国官交厦门领事。葆桢以抚局已成，允之。惟於登岸扫祭一节，覆以须有领事官钤印执照，祭毕即归。遂各遣员交代。事讫，西乡从道率兵去。
光绪元年八月，日本署公使郑永宁牒中国，请补正前约。李鸿章令津、沪两道详议，复将各条逐加查核，因致总署云：“通商章程第二十八款，进出口税未便一例，及日本进口税则第八十三条毼布类，又日入至日出不准开封锁舱，应行更正补载等事，可以照准。但换定之约，不便改写，祗可由总署另给照覆，附刊章程之后。至鸦片严定罚款一条，彼国既有各国贸易通例，或可权宜照办，无须补列。查曾国藩预筹日本议约奏内亦云，彼国严禁传教与鸦片，中国犯者即由中国驻员惩办，或解回本省审办，而郑署使照会末段，华民归彼地方官照料，是中国遣理事官一端，实有难再从缓之势。查横滨、长崎、神户三处华民最多，总理事官驻最要之口，各口即选各帮公正司事，俾为副理事官，遇事妥商办理，实与中外大局有裨，应主持早办。”总署亦以为然。会日使议改章，欲於鸦片进口照西例加倍严罚，李鸿章亦援西例与争。议久不决。
是秋，日本派使臣带兵船往朝鲜攻毁炮台，以朝鲜炮击日船，特遣森有礼为驻华公使，要求总署发给护照，派人前往，又欲代递文信。总署坚拒。李鸿章谓宜由总署致书朝鲜政府，劝其以礼接待，或更遣使赴日本报聘，辨明开炮轰船原委，以释疑怨，为息事宁人之计。总署即派办理大臣往问朝鲜政府。朝鲜政府颇不原与日本通商往来，而日使森有礼往谒李鸿章，则以高丽非中国属邦为词。因提出条件三：一，高丽以后接待日本使臣；一，日本或有被风船只，代为照料；一，商船测量海礁，不要计较。鸿章答以高丽系中国属国。事既显违条约，中国岂能不问，森使急求与高丽通好，鸿章请徐之。
二年八月，始命直隶候补道许钤身出使日本，拟设理事、副理事各员。日使森有礼诣李鸿章，谓中国商民向由日本地方官管理。中国若派领事官前往，恐日本不肯承认。鸿章答以同治十年修好条规第八条云，两国指定各口，彼此均可设理事官。兹照约选派理事，日本何能不认？日本自订约后，在上海、厦门、天津设立领事，中国无不照约招待。彼此一例，何能稍有区别？森使乃不复言。
是年，日本屯兵琉球。福建巡抚丁日昌以琉球距台北鸡笼，水程不过千里，请统筹全局以防窥伺，报可。三年三月，日本因内乱，来借士乃得枪子百万，政府以十万应之。五月，琉球国王密遣陪臣赍咨赴闽，诉日本阻贡物。闽浙总督何璟等以闻，并出使日本大臣何如璋。如璋乃往日本外务寺岛宗则商议，并照会其外务卿，延不答覆。五年正月，日人驱遣琉球官员之在日本者，令回琉球，并派内务大丞松田往琉球，废琉球为郡县，并令改用纪元。如璋函报总署，复亲往见其内务卿伊藤博文及外务卿，皆不得要领。时有美前总统格兰忒者，游历来华，又将有日本之行。鸿章因以琉球事相讬，格兰忒慨然以调处自任。及至日本，以琉球各岛本分三部，商拟将中部归球立君复国，中、东两国各设领事保护，其南部近台湾，为中国属地，割隶中国，北部近萨摩岛，为日本属地，割隶日本，冀可息事。而日本总称琉球为己属国，改球为县，系其内政。格兰忒请另派大员会商。李鸿章因达总署，请照会日本外务省，请其另派大员来华会商。而日本则欲中国另派大员前往东京，或如光绪二年在烟台会议。李鸿章执不许。