二十二年正月，商约开议，张荫桓将日使原稿駮删九款，駮改七款。惟第三十四款，日本官商财产，遇有办理案件，均照相待最优之国一律；第三十五款，日本商民所有事件，均照中国臣民、中国船、中国货并相待最优之国臣民、船货一律相待；第三十六款，他国国家官员、船货、人民得有利益，日本一律同获其美：此三款日本旧约皆不得与各国均霑，不能过拒，乃照英约第二十四款，改作一条，删此三款。遂定议。初，马关约准开四口，本有均照向开海口及内地镇市章程办理之言。中国欲以宁波办法为程，日本欲取法上海章程专管租界之条，乃不得不允矣。
是年开四口租界。初开沙市租界，因地洼下，要中国筑堤，中国以与各国通例不符，却之。又索汉口城外德国租界起沿江之地长三百丈作租界，中国以所索地在中国兴办铁路应用限内，不许，惟许在德界千丈以外，偪近铁路，让给租界三百丈。因声明两条入条款：“一，偪近铁路江岸，日本一年须自筑堤岸，以资保障；二，所给界内轨道穿过之处，已为铁路购用，若干方数内，应仍归铁路总公司管业，两不相碍”等语。二十四年三月，日使至总署，请沙市租界未定以前，日商运货暂免釐金，许之。
是月侨寓沙市湘人，因与招商局起衅，延烧日本领事馆，驻沙日领事永泷诉於日本公使矢野，要求五事；已，复提四条：一，索赔一万八千两；二，以八万六千馀两作沿江堤费，两国各半；三，专界内道路免价豁租；四，界内租地价酌行核减。张之洞即电总署，谓：“一条索赔一万八千两一节，拟允给一万两。第二条以八万六千馀两作沿江堤费两国各半一节，彼此两益，事属可行，当照允。第三条专界内道路免价豁租一节，其租可免，地价未便不给。第四条界内租地价酌行核减一节，可行，当照允。”案旋结。五月，准中国商民居住日本专界，援德界例也。六月，驻沙日领事请地价减一半，道路沟渠地价认十分之一，许之。七月，命派学生游学日本。十月，日使矢野又请中国南北洋、湖北三处各派武备学生前往肄业。
二十六年春，拳匪起，连戕日本使馆书记生杉山彬、德使克林德，各国皆出兵。日本福岛正安统兵赴津。六月，与各国联军攻天津城。七月二十日，入京师。时政府已特召李鸿章，未至而京师陷，两宫出狩。日本外部电告李鸿章等维持中国善后。福岛正安请速奕劻返京，奕劻遂有全权大臣之命，与李鸿章同议和。適盛京将军增祺与俄擅定暂约，日本外部谓公约未定，不应立私约，俄约应归公议，与英、德同。然劝俄讫不应。时祸首已惩办，公约亦定，朝廷因日本使馆书记生杉山彬被害，特简户部侍郎那桐为专使，赴日本道歉，所得偿款四百五十兆，日本应得三千七百九十三万一千两，惟以俄不退东三省、俄约不归公议为言。
二十八年三月，日本领事小田切奉其政府命诣张之洞：一，告阻止俄约情形；二，劝中国收买洋药；三，劝江、鄂会奏改东三省官制章程；四，欲与中国商人合开银行；五，欲与招商局合办推广江海轮船。既又谈商约三条：一曰美使不原加税，日本意与美同；二曰长沙、常德开口岸；三曰米穀出洋。张之洞分别答辨，并将所言致书商约大臣吕海寰等核议。未几，日本商税使日置益、小田切又送新约十款，大抵皆抽税、免釐、行轮、开埠、居住、合股等特殊利益。时方议英约，中国只欲於英约已允者照办，未允者不允。屡议不行。九月，改派伍廷芳充商约大臣，并派袁世凯会议。日本於加税免釐，仍不允如英约加至十二五，仅允值百抽十，并欲将由日本运进中国之煤炭、棉纱及一切棉货概不加税，尤与英约相背。中国不允。惟第三款川江设施拖揽，第四款内港行轮及修补章程，第七款中、日商民合股经营，第八款保护商牌，第九款改定国币，均为英约所有，允之。又於商牌款内议增保护版权一事，内港行轮款后议增照会声明，往来东三省轮船亦系照内港章程办理，不能駮拒。此外第五款索开各处口岸，第六款口岸城镇任便居住，第九款第二节釐饬度量权衡，第十款请运米穀出口，均駮拒不允。日使内田康哉赴部晤商，又提出北京开埠、加税免釐、米穀出口三条，欲在京与张之洞议，馀仍归沪定。时之洞在京，外务部答以不能两处分议，遂暂停。
十月，汉口因议给比利时界增日本租界。初，日本索租界三百方丈，止允给一百方丈，留二百方丈备中国公司之用。当时日使言明，日界外地如别有馀地让给他国，日本仍须照原议添索二百方丈。兹议给比界中仅馀地约三百丈，拟添给日本租界一百五十丈，仍画留约一百五十丈立作华业公司地界，以备中国官商自用。日本犹争不许。日本议设两湖轮船公司，欲华洋合股，不果。是月，撤驻氵扈日兵。