会俄因废约事，与中国肇衅。詹事府左庶子张之洞奏：“俄人恃日本为后路，宜速联络日本。所议商务，可允者早允，但得彼国两不相助，俄事自沮。”政府得奏，因徇日使户玑之请，以南部宫古、八重山二岛归中国，而加入内地通商照各国利益均霑之条。户玑又以本国现与西洋各国商议增加关税、管辖商民两事，美国已允，请一并加入条约。总署以日本既与各国商议，俟日本与各国订定后，再彼此酌议，暂不并加入约。已定议矣，而右庶子陈宝琛以俄事垂定，球案不宜遽结，日约不可轻许上言。两江总督刘坤一、出使日本大臣黎庶昌、内阁学士黄体芳各有建议，皆不果行。八年十二月，李鸿章复与总署议球案，欲就前议中国封贡议结，仍不决。
十年九月，日本公使榎本武扬请於登州、牛庄二口运豆饼。政府以非条约所有。李鸿章谓：“同治元年总署徇英使之请，暂弛豆禁，而已开竟难禁止。同治八年，沪上洋商雇用轮船径从牛庄装豆运往长崎，当经总署饬总税司查禁议罚，不果。以后豆石渐多流入东洋，旋值中、日订约，其时豆禁开已十年。日使援例为请，但允以通商别口买运，至登、牛两处，仍坚持不许。榎使所请，仅豆饼一项。中日通商章程载明年限届满，两国方可会商酌改。今尚未订改期，若婉辞以缓，至重修商办，似无不可。如仍哓渎，应予通融，声明原约其馀各款照旧信守，庶於羁縻之中，仍寓限制之义。”
会朝鲜乱，日本进兵，以保护使馆为名，又以中国兵枪伤日本兵为口实，十一年正月，派参议伊藤博文为全权大臣，来华议事，并递国书，进谒李鸿章。初日本敕书内有“议办前日案件，妥商善后方法”之语，李鸿章以为隐括朝案宗旨。伊藤开议要求三事：一，撤回华军；二，议处统将；三，偿恤难民。鸿章以撤兵一节尚可商议，议处统将、偿恤难民，力争不许。函致总署，谓议处、偿血卩两层，纵不能悉如所请，须求酌允其一。但我军入宫保护，名正言顺，交战亦非得已，断无再加惩处之理。伊藤强请三事皆允，鸿章只允撤兵，并要同撤，伊藤亦允。吴大澂拟四条，送交伊藤：一，一同撤兵；二，练兵各营，须有中国教习武弁若干人，定立年限，年满再行撤回；三，以后朝鲜与日本商民争端，日本派员查办，不得带兵，中国亦然；四，朝鲜如有内乱，朝王若请中国派兵，自与日本无涉，事定亦即撤兵，不再留防。伊藤不以为然，自出所拟条款：一，议定将来中、日两国永不派兵驻朝；二，前约款仍与中、日两国战时之权无干，若他国与朝鲜或有战争，或朝鲜有叛乱，亦不在前条之例；三，将来在朝鲜如有中、日两国交涉，或一国与朝鲜交涉，两国各派员商办；四，朝鲜教练兵士，宜由朝鲜选他国武弁一员或数员教练；五，两国驻朝兵，於画押盖印后四个月限尽撤。鸿章以伊藤所拟五条，意在将来彼此永不派兵驻朝，辨駮不允。旋奉旨：“撤兵可允，永不派兵不可允；至教练兵士一节，亦须言定两国均不派员为要。”鸿章奉旨后，与伊藤会议，因议将前五条改为三条：一，议定两国撤兵日期；二，中、日均勿派员在朝教练；三，朝鲜若有变乱重大事件，两国或一国要派兵，应先互行文知照。遂定议，而於议处、偿恤仍不许。惟因当时日兵实被我军击败伤亡，鸿章因牒日本致惋惜，并自行文戒饬官兵，以明出自己意，与国家不相干涉。三月初四日，立约画押，是为中日天津会议专条。
十二年五月，日本公使盐田议修约，李鸿章以为宜缓，因致总署，谓：“日廷现与欧、美各国改约，应俟彼商定后，我再与议，庶可将西国所订各款参酌办理。又球案亦当并商妥结，免致彼此久存芥蒂。请总署酌夺。”旋因长崎兵捕互斗案出，暂置未议，而琉球遂属於日，不复议及矣。
十三年正月，盐田因崎案已结，请催修约，总署仍令李鸿章核覆。鸿章谓：“原约分修好条规、通商章程为二。条规首段声明彼此信守，历久弗渝。通商章程第三十二款则声明现定章程十年重修。是章程可会商酌改，条规并无可改之说。至通商章程，大致本与西约无甚悬殊。惟第十四、五款，不准日人运洋货入内地、赴内地买土货，为最要关键。当时伊藤与柳原前光为此两款力争，鸿章坚持不改。今日稿第一款内，一曰遵守彼国通商章程，再曰遵守清国与各与国所缔通商章程，固寓一体均霑之意，实欲将十四、五款删除，关系甚大，请缓议。”时日本伊藤博文新秉政，仍欲中国派全权商议，卒不果。