未几，间岛之争议又起。先是，康熙年间，政府与朝鲜划定国境，於鸭绿江、图们江水源之长白山上树立界碑，规定西以鸭绿江、东以图们江为两国国境。因图们江中有江通滩，地面不及二千亩，因地居江间，四面环水，故以“间岛”呼之。此岛向属吉林，惟皇室以长白山一带为发祥之地，不许人民移居，因之吉林东部所在人烟稀少，间岛愈形荒僻。同治间，朝鲜钟城岁饥，其民多渡图们江移居间岛，按年纳地租於我国光霁峪经历署。光绪初年，朝鲜人忽请免纳地租，政府以主权攸关，令朝鲜人退出间岛，不果，乃置延吉厅以治之，间岛仍准朝鲜人民居住，按纳地租。
日俄战后，日本伊藤统监命斋藤中佐率兵据之。政府与日使交涉，日使谓光霁峪以东为东间岛，和龙峪一带为西间岛，系两国未定之界。且谓长白山上界碑载土门江为界，朝鲜人称海兰河为“土门河”，图们江系豆满江，非“土门江”，中、韩国境实为海兰河。中国以“土门”、“豆满”、“图们”均系一音之转，图们江北岸界碑矻立，凿凿可据。且光绪十三年，朝鲜王致北洋大臣书，声明鸭绿江、豆满江为两国境界，是豆满江即土门江无疑，执不许。至是，日使伊集院彦吉与外务部尚书梁敦彦重提旧案，缔间岛条约：一，中、日两国协约以图们江为中、韩两国国境，其江源地方以界碑为起点，依石乙水为界；二，中国准外国人居住龙井村、局子街、头道沟、百草沟等处贸易，日本於此等地方得设置领事馆；三，中国准韩国人民在图们江北之垦地居住；四，图们江垦地之韩人，服从中国法权，归中国地方官管辖及裁判，中国官吏於此等韩人与中国人一律待遇，所有纳税及其他一切行政上处分，亦同於中国人；五，韩人诉讼事件，由中国官吏按中国法律秉公办理，日本领事或委员可任便到堂听审，惟人命重案，则须先行知日领事到堂，如中国有不按法律判断之处，日领事可请覆审；六，图们江杂居区域内韩人之财产，中国地方官视同中国人民财产，一律保护，该江沿岸，彼此人民得任便往来，惟无护照公文，不得持械过境；七，中国将吉长铁道延长至延吉南边界，与朝鲜会宁铁道联络，一切办理与吉长铁道同；八，本协约调印后，日本统监府派出所及文武人员於两月内完全撤退。是约既成，政府以吴禄贞为延吉边务大臣。
嗣议五案协约，即新法铁道，营口支线，抚顺、烟台炭矿，安奉铁道沿线及南满铁道幹路沿线之矿务是也。新法铁道者，新民屯至法库门之铁道，政府欲借英款筑造此路，以分南满铁道之势力，日本谓系南满铁道竞争线，极力抗议。营口支线者，光绪二十五年东清铁道会社规定筑造旅顺、哈尔滨间之铁道，得设营口支线，以运送材料，俟铁道落成后拆去。日俄战争后，南满铁道归日本，政府要求日本拆此支线，日本不允。抚顺炭矿，距奉天城东六十里，日公使以此地炭矿为东清铁道附属品，利权应归日本。政府以炭山在东清铁道三十里外，不认为附属财产，日使不允；并烟台炭矿均成悬案。因安奉铁道交涉，定约如下：一，中国如筑新法铁道时，当先与日本商议；二，中国允日本营口支路，俟南满铁道期限满，同时交还，并允将该支线延长至营口新市街；三，中国承认日本有开采抚顺、烟台两处炭矿之权，日本承认该两处开采之煤斤纳税与中国，惟税率应按照中国他处最轻煤税之例，另行协定，其矿界及一切章程，亦另委员定之；四，安奉铁道沿线及南满洲铁道幹路沿线之矿务，除抚顺、烟台外，应按照光绪三十三年东三省督抚与奉天日本总领事议定之大纲，归中、日合办；五，京奉铁道沿长至奉天城根一节，日本无异议。自此南满洲大势遂一变矣。
吉长、新奉两路借款细目，旋亦议定。其后锦齐铁道、渤海渔权与领海、鸭绿江架桥、南满铁道附属电线、收买日本辽东方面军用电线及旅顺芝罘间海底电线诸交涉，次第起焉。锦齐铁道者，即自锦州经洮南至齐齐哈尔之铁道也。日本原允中国自修，惟要求昌图洮南间之铁道归日本筑造。及满洲诸协约成，英、美争锦齐铁道借款，迭与中国交涉，事皆中阻。渤海渔业与领海交涉，自光绪三十二年，中国课关东渔业团渔税，迭经日本领事要求住关东之日本人有满洲沿岸渔业权，日本渔团因避税，全出距海岸三海里外海面。东督锡良通告日本领事，谓三海里外之海面系中国领海，应准中国渔业规则课税。日本领事以三海里外为公海，反抗之。鸭绿江驾桥，联络满、韩，议定依安奉铁道契约，十五年后卖还中国。南满铁道附属电线，原中国所设，日本占有之，后取供公用，中国抗争无效。又日俄战争时，日本在南满洲所设军用电线，战局终，应归中国收买，日本初起反抗，后始归中国收买。旅顺芝罘之海底电线，系俄国布设，战时皆断绝。至此，日本要求依该海底电线直通芝罘之日本电线局，为中国所拒。卒以距芝罘海岸七里半以内之一部归中国，馀尽属诸日本。其后复有日俄协约之议，於是东三省大势又一变矣。