顺治元年四月，睿亲王多尔衮帅师伐明，承畴从。既定京师，命承畴仍以太子太保、兵部尚书兼右副都御史，同内院官佐理机务。旋与同官冯铨启睿亲王，复明内阁故事，题奏皆下内阁拟旨，分下六科，钞发各部院。九月，上至京师，与铨及谢升奏定郊庙乐章。
二年，豫亲王多铎师下江南。闰六月，命承畴以原官总督军务，招抚江南各省，铸“招抚南方总督军务大学士”印，赐敕便宜行事。是时明唐王聿键称号福建，其大学士黄道周率师道广信、衢州向徽州，左佥都御史金声家休宁，募乡兵十馀万屯绩溪；诸宗姓高安王常淇保徽州，蕲水王术肸子常阘自号樊山王屯潜山、太湖间，由揾号金华王据饶州，谊石号乐安王、谊泐号瑞安王分屯溧阳、金坛、兴化诸县；荆本彻以舟师驻太湖，败，复入崇明：皆为明守。承畴至官，招抚江南宁国、徽州，江西南昌、南康、九江、瑞州、抚州、饶州、临江、吉安、广信、建昌、袁州诸府。十月，遣提督张天禄，总兵卜从善、李仲兴、刘泽泳等攻破绩溪。十二月，进破道周於婺源，声、道周见获，皆不屈，送江宁杀之；总兵李成栋破崇明，本彻走入海，杀其将李守库、徐君美。三年二月，遣总兵马得功、卜从善等击破司空寨，斩守寨石应琏、应璧等五人，获常阘。
既，谊石、谊泐合兵二万犯江宁。承畴先事诛内应西沟池万德华、郭世彦、尤琚等八十馀人。谊石等攻神策门，我分兵出朝阳、太平二门，截谊石等后，乃启神策门出城兵奋击，破之，追及摄山，斩馘无算。承畴疏请还京，以江南未大定，不允，赐其妻白金百、貂皮二百。八月，征南大将军贝勒博洛克金华，获谊石。九月，谊泐复犯江宁，承畴出御，追获谊泐及所置经略韦尔韬、总兵杨三贯、夏含章。十二月，天禄搜婺源严杭山，获常淇及所置监军道江于东、职方司许文玠等。四年二月，从善及总兵黄鼎攻宿松，获谊泐弟瑞昌王谊贵及所置军师赵正；下饶州，获由揾及其族人常洊、常沘、常涫：并请命斩之。江南众郡县以次定。
明鲁王以海转徙浙、闽海中，号监国，明诸遗臣犹密与相闻。是年四月，明给事中陈子龙家华亭，阴受鲁王官，谋集太湖溃兵举事。承畴遣章京索布图往捕，子龙投水死。是月，柘林游击陈可获谍者谢尧文，得鲁王敕封承畴国公，江宁巡抚土国宝为侯；又得鲁王将黄斌卿与承畴、国宝书；镇守江宁昂邦章京巴山、张大猷以闻。上奖巴山等严察乱萌，命与承畴会鞫谍者，别敕慰谕承畴。
粤僧函可者，为故明尚书韩日缵子，日缵於承畴为师生。函可将还里，乞承畴畀以印牌护行出城，守者讥察笥中，得文字触忌讳。巴山、张大猷以闻，承畴疏引咎，部议当夺职，上命贳之。
承畴闻父丧，请解任守制，上许承畴请急归，命治丧毕入内院治事。五年四月，还京师。六年，加少傅兼太子太傅，疏请定会推督、抚、提、镇行保举连坐法。得旨：“自后用督、抚、提、镇，内院九卿咸举所知。得人者赏，误举者连坐。”
八年闰二月，命管都察院左都御史。寻甄别诸御史为六等，魏琯等二十二人差用，陈昌言等二人内升，张煊等十一人外转，王世功等十七人外调，降黜有差。煊疏劾吏部尚书陈名夏，因及承畴尝与名夏及尚书陈之遴集火神庙，屏左右密议逃叛；承畴又尝私送其母归里。疏入，上方狩塞外，巽亲王满达海居守，集诸王大臣会鞫。承畴言：“火神庙集议，即议甄别诸御史定等差，非有他也。”并以送母未请旨引罪。名夏亦列辨，因坐煊诬奏，论死。未几，上雪煊冤，黜名夏。因谕：“承畴火神庙集议，事虽可疑，难以悬拟；送母归原籍未奏闻，为亲甘罪，情尚可原。留任责后效。”九年五月，承畴闻母丧，命入直如故，私居持服，赐其母祭葬。九月，达赖喇嘛来朝，上将幸代噶，待喇嘛至入觐。承畴及大学士陈之遴疏谏，上为罢行，并遣内大臣索尼传谕曰：“卿等以贤能赞密勿，有所见闻，当以时入告。朕生长深宫，无自洞悉民隐。凡有所奏，可行即行；纵不可行，朕亦不尔责也。”
十月正月，调内翰林弘文院大学士。明桂王由榔称号肇庆，频年转战，兵熸地蹙，至是居安隆所，云南、贵州二省尚为明守。诸将李定国、孙可望等四出侵略，南攻湖南南境诸州县，东陷桂林，西据成都，兵连不得息。五月，上授承畴太保兼太子太师、内翰林国史院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处地方，总督军务兼理粮饷。敕谕抚镇以下咸听节制，攻守便宜行事。满兵当留当撤，即行具奏。命内院以特假便宜条款详列敕书，宣示中外；并允承畴疏荐，起原任大学士李率泰督两广。以江西寇未尽，命承畴兼领，铸“经略大学士”印授之。临发，赐蟒朝衣、冠带、鞾衤蔑、松石嵌撒袋、弓矢、马五、鞍辔二，诸将李本深等八十七人朝衣、冠带、撒袋、弓矢、刀马、鞍辔有差。