六年，师屡破明兵松山、杏山间，存仁复疏请相机度势，以时进兵。七年，既克锦州，存仁请招吴三桂降。上颁御劄抚谕，并命存仁遗以私书，略言：“明运将终，重臣大帅就俘归命。将军祖氏甥，虽欲逃罪，无以自明。大厦将倾，一木不能支。纵苟延岁月，智竭力穷，终蹈舅氏故辙。何若未困先降，勋名俱重？”六月，乌真超哈四旗始分置八固山，授存仁镶蓝旗梅勒额真。八年，从郑亲王济尔哈朗取前屯卫、中后所，加半个前程。
顺治元年，从入关，与固山额真叶臣率师徇山西，下府六、州二十四、县一百三十一，遂克太原。又从豫亲王多铎略河南，下江南，督所部以炮战，屡有克捷。二年六月，从贝勒博洛定浙江，以存仁领浙江总督。兵后民流亡，存仁集士绅使抚谕，民复其所。七月，疏言：“近有薙发之令，民或假此号召为逆。若反形既著，重劳大兵，莫若速遣提学，开科取士，下令免积逋，减额赋，使读书者希仕进，力田者逭追呼，则莫肯相从为逆矣。”得旨，谓“诚安民急务也”，令新定诸行省皆准恩诏施行。
十一月，授兵部右侍郎，兼都察院右副都御史，总督浙江、福建。时明鲁王以海保绍兴，号“监国”，其将方国安镇严州。故明福王由崧倚大学士马士英，用以亡国，士英走依国安。是岁九月，国安自富阳渡钱塘江窥杭州，存仁遣副将张杰、王定国率师御之，斩四千馀级。国安退保富阳。又令定国出屯馀杭，遇国安兵，与战，自关头至小岭，逐北二十里，斩国安子士衍。十月，士英复以兵至，去杭州十里为垒五。平南大将军贝勒勒克德浑帅师赴之，未至，士英引去，存仁与总兵官田雄追击之，斩五百馀级。十一月，士英、国安复以兵至，存仁与梅勒额真季什哈及雄等帅师击之，敌溺江死者无算。十二月，士英、国安屯赭山，掠朱桥、范村诸处。存仁与梅勒额真朱玛喇及雄、杰等分兵与战，国安所将水师数万人歼焉，馀众俘馘殆尽。三年二月，有姚志卓者，为乱於昌化，与国安相应。存仁遣杰等击走志卓，复昌化。五月，叙功，进三等昂邦章京。六月，遣副将张国勋等破敌太湖，获士英等，戮之。十一月，存仁请设水师五千，备钱塘江御海寇。四年五月，遣副将满进忠等收福州镇东卫，破海寇周鹤芝；遣副将李绣援浦城，逐鹤芝党岑本高。十二月，遣副将马成龙等破敌处州，克景宁、云和、龙泉三县。五年正月，明宜春王议衍率众自江西入福建，保汀州山寨，总兵官于永绂击破之。二月，分兵克连城、顺昌、将乐三县，获明侍郎赵士冕、总兵黄锺灵等。存仁自至浙江，屡以疾乞休，至是始得请，受代以去。
六年八月，起授兵部尚书，兼右副都御史，总督直隶、山东、河南三行省，巡抚保定诸府，提督紫金诸关，兼领海防。盗发榆园，为大名诸县害。存仁闻归德侯方域才，贻书咨治盗策，方域具以对。存仁用其计，盗悉平。七年，上令疆吏考校诸守令，以文艺最高下。存仁出按诸府县，廉能吏有一二语通晓，即注上考；非然者，文虽工亦乙之。监司请其故，存仁曰：“我武臣也，上命我校文，我第考实，文有伪，实难欺也。况诸守令多从龙之士，未尝教之，遽以文艺校短长，不寒廉能吏心乎？”屡遇恩诏，进一等精奇尼哈番兼拖沙喇哈番。九年，卒，赠太子太保，谥忠勤，祀直隶、山东、河南、浙江、福建五行省名宦。乾隆初，定封三等子。
存仁弟子瑞午，康熙间为福建邵武府知府。耿精忠叛，徇诸郡邑，瑞午不为下，死之。子飏、瑛、珍、珖、玳、瑜，子妇王、李皆从死。事定，赠瑞午太仆寺卿。存仁孙璲，康熙间以佐领从军，郑成功将刘国轩攻海澄，战死，赠拖沙喇哈番。
论曰：国初诸大政，皆定自太祖、太宗朝。世谓承畴实成之，诬矣。承畴再出经略，江南、湖广以逮滇、黔，皆所勘定；桂王既入缅甸，不欲穷追，以是罢兵柄。孟乔芳抚绥陇右，在当日疆臣中树绩最烈。张存仁通达公方，洞达政本。二人皆明将。明世武臣，未有改文秩任节钺者，而二人建树顾如此。资格固不足以限人欤，抑所遭之时异也？