承畴至军，疏言：“湖南驻重兵足备防剿，而各郡窎远，兵力所不及。郝摇旗、一只虎等窃伏湖北荆、襄诸郡，倘南窥澧、岳，则我军腹背受敌。臣与督臣、议臣宜往来长沙四应调度。督臣率提标兵驻荆州，别遣兵增武昌城守，以壮声援。”又疏言：“桂林虽复，李定国军距桂林仅二百里，满洲援剿官兵岂能定留？克复州县，何以分守？又使孙可望诇我兵出援，潜自靖、沅截粤西险道，则我首尾难顾。置孤军於徼外，其危易见。臣已分兵驰赴，俾佐战守，且当亲历衡、永，察机宜以闻。”十二月，上授固山额真陈泰为宁南靖寇大将军，及固山额真蓝拜、济席哈，摆牙喇纛章京苏克萨哈等率师镇湖南；十一年二月，命靖南王耿继茂率所部自广州移镇桂林：皆承畴疏发之也。
是岁孙可望劫桂王，杀大学士吴贞毓等，方内讧。十二年六月，可望遣刘文秀攻常德，分兵使卢明臣、冯双礼攻武昌、岳州。承畴、陈泰遣苏克萨哈迎击，破之。明臣堕水死。文秀、双礼皆走贵州。陈泰旋卒於军，以固山额真阿尔津为宁南靖寇大将军，率固山额真卓罗、祖泽润等分驻荆州、长沙。十三年，考满，加太傅，仍兼太子太师。李定国奉明桂王入云南，湖广无兵事。阿尔津议以重兵驻辰州，谋自沅、靖入滇、黔，承畴与异议。上召阿尔津还京师，以宗室罗讬代。十四年，可望叛其主，举兵攻云南，与定国战而败；十一月，诣长沙降。时上已允承畴解任还京师养疴，至是命承畴留任，督所部与罗讬等规取贵州，并命平西大将军吴三桂自四川、征南将军卓布泰自广西分道入。
十五年正月，复命信郡王多尼为安远靖寇大将军，帅师南征，於是承畴与罗讬会师常德，道沅州、靖州入贵州境，克镇远。卓布泰招南丹、那地、抚宁诸土司，下独山州，会克贵阳。三桂亦自重庆取遵义进攻开州、桐梓，以其师来会。承畴上疏筹军食，言：“贵州诸府、州、县、卫、所仅留空城，即有馀粮，兵过辄罄。惟省仓存米七千馀石、穀四千馀石，足支一月粮。臣所部兵，令分驻镇远、偏桥、兴隆、清平、平越诸处。降兵暂驻三五日，改屯天柱、会同、黔阳诸县及湖南沅州。四川兵驻遵义，广西兵驻独山，使分地就粮。闻信郡王大兵自六月初发荆州，需粮多且倍蓰。贵州山深地寒，收穫皆在九月。臣方遣吏劝谕军民须纳今岁秋粮之半，并檄下沅州运粮储镇远，又令常德道府具布囊、椶套、木架、绳索，思南、石阡诸府、州、县、卫、所及诸土司募夫役，具工糈，以赴军兴。”九月，授武英殿大学士。
信郡王多尼师至，驻平越杨老堡，承畴、三桂、卓布泰皆会，议多尼军出中路，经关岭铁索桥至云南省城，行一千馀里；三桂军自遵义经七星关，凡一千五百馀里，先中路十日行；卓布泰以南宁方有寇，自贵州、广西边境平浪、永顺坝、威透山，出安隆所、黄草坝、罗平州，凡一千八百馀里，先四川兵十五日行。既定议，承畴还贵阳，与罗讬驻守，遣提督张勇等从多尼军。明将李定国等拒战皆败，明桂王奔永昌。十六年正月乙未，三路师会，克云南省城，明桂王奔缅甸。承畴如云南，疏言：“云南险远，请如元、明故事，以王公坐镇。”上以命三桂。
三月，承畴至云南，疏言：“信郡王令贝子尚善及三桂等追剿至永昌、腾越。明将贺九义、李成爵、李如碧、廖鱼、邹自贵、马得鸣辈收集溃兵，分遁元江、顺宁、云龙、澜沧、丽江，处处窥伺。民间遭兵火，重以饥馑，近永昌诸处被祸更烈，周数百里杳无人烟，省城米价石至十三两有奇。诸军就粮宜良、富民、罗次、姚安、宾川、临安、新兴、澂江、陆凉诸处。上明察万里，自有宸断，俾边臣得以遵奉。”疏入，上命户部发帑三十万，以十五万赈两省贫民，十五万命承畴收贮，备军饷不给。
八月，承畴疏言：“兵部密咨令速攻缅甸。臣受任经略，目击民生彫敝，及土司降卒尚怀观望，以为须先安内，乃可剿外。李定国等窜伏孟艮诸处，山川险阻，兼瘴毒为害，必待霜降始消，明年二月青草将生，瘴即复起，其间可以用师不过四月，虑未能穷追。定国等觊自景东、元江复入广西，要结诸土司，私授劄印，歃血为盟。若闻我师西进，必且避实就虚，合力内犯。我军相隔已远，不能回顾；省城留兵，亦未遑堵御：致定国等纵逸，所关非细。臣审度时势，权其轻重，谓今岁秋冬宜暂停进兵，俾云南迤西残黎，稍藉秋收以延馀喘；明年尽力春耕，渐图生聚。我军亦得养锐蓄威，居中制外，俾定国等不能窥动静以潜逃，诸土司不能伺间隙以思逞。绝残兵之勾结，断降卒之反侧，则饥饱劳逸皆在於我。定国等潜藏边界，无居无食，瘴疠相侵，内变易生，机有可俟。是时刍粮辏备，苗、蛮辑服，调发将卒，次第齐集，然后进兵，庶为一劳永逸、安内剿外长计。”疏下议政王、贝勒、大臣会议，如所请暂停进兵。