顺治元年，出为山东青州知府。初上官，总兵官柯永盛以戍青州之兵徇高密，而侍郎王鳌永以招抚至，主饷。赵应元者，从李自成为旗鼓，〈间见〉青州兵寡，阳就鳌永降，请置孥於城。既入，遂执杀鳌永。文衡见应元，为好语，具疏请留镇。应元喜，攫库金，群酗。会梅勒额真和讬、李率泰率禁旅略登、莱，道青州，营城西北。文衡惎应元出谒和讬等，慰劳遣还，密令兵从入，夜起戮应元及其党数十人。青州平。
二年，移淮安府知府。豫亲王多铎下扬州，道淮安。文衡请禁将吏毋扰市，糗粮刍秣应期立办。三迁，巡抚甘肃。五年二月上官，逾月而遘米喇印之乱。变未作，喇印诡言要文衡造其家集议。文衡行未至，贼环射杀之。总兵刘良臣，副将毛镔、潘云腾，游击黄得成、金印，都司王之俊，守备胡大年、李廷试、李承泽、陈九功皆死。参将翟大有与战，没於阵。贼挟西宁道副使林维造至北关，搤杀之。越日，陷凉州，戕西宁道参议张鹏翼。贼四出侵掠，破巩昌，戕临巩兵备道李絮飞；破岷州，戕知州杜懋哲、王札；破兰州，戕同知赵冲学，知州赵翀，训导白旗、国学锦；破临洮，戕同知徐养奇；破渭源，戕知县李淐；战通渭，围子山，知县周盛时被创死。事平，皆赠恤如例。
张存仁，辽阳人。明宁远副将，与总兵祖大寿同守大凌河。天聪五年，太宗自将攻大凌河，从大寿出降，仍授副将。六年正月，存仁与副将张洪谟、参将高光辉、游击方献可合疏请乘时进取，参将姜新别疏请令副将祖可法、刘天禄先取松、杏二城，则锦州自下。七年五月，新复请进兵，洪谟等及新皆大凌河降将也。
崇德元年五月，始设都察院，班六部上。以存仁为承政，并授世职一等梅勒章京。越数日，存仁上言：“臣自归国，默察诸臣贤否，政事得失，但不敢出位妄论列。今上创立此官，而以命臣。臣而正直，后之人正直必有过於臣者；臣而邪佞，后之人邪佞亦必有甚於臣者。所虑臣本心而行事，人不敢弹劾而臣弹劾之，人不敢更张而臣更张之，举国必共攻臣，使臣上无以报主恩，下无以伸己志，获戾滋甚。臣虽愚，岂不知随众然诺，其事甚易；发奸擿伏，其事甚难。诚见不如此，不足以尽职。敢於受任之始，沥诚以请：如臣苟且塞责，畏首畏尾，请以负君之罪杀臣；如臣假公行私，瞻顾情面，请以欺君之罪杀臣；如臣贪财受贿，私家利己，请以贪婪之罪杀臣。苟臣无此三罪，而奸邪诬陷，亦原上申乾断，以儆谗嫉。”上曰：“此或知有其人而为是言。朕素不听谗，惟亲见者始信之。且朕志定於上，而诸臣蒙泽於下，纵有奸邪，孰能售其术哉？”越数日，以阿什达尔汉为都察院满承政，尼堪为蒙古承政，并增置祖可法为汉承政。上御清宁宫，阿什达尔汉等前奏事，上因谕曰：“朕有过，亲王以下坏法乱纪，民左道惑众，皆当不时以闻。若举细而遗大，非忠直也。”可法对曰：“臣等惟上是惧，他复何忌？有闻必以奏。”存仁曰：“可法言非是。臣诚忠直为国，上前且犯颜直谏，况他人乎？”上曰：“然。人果正直，天地鬼神不能摇动，人主焉得而夺之？”是岁，都察院劾刑部承政郎球贪汙，论罪；劾工部夺民居授降人，复别造宅偿民，劳民非制。上以诸臣多未更事，事事加罪，反令惶惑，但诫毋更违令。
三年正月，可法、存仁疏言：“礼部行考试，令奴仆不得与。上前岁试士，奴仆有中式者，别以人畀其主。今忽更此制，臣等窃谓奴仆宜令与试，但限以十人为额。苟十人皆才，何惜以十人易之？”上曰：“昔取辽东，良民多为奴仆。朕令诸王下至民家，皆察而出之，复为良民。又许应试，少通文艺，拔为儒生。今满洲家奴仆，非先时滥占者比。或有一二诸生，非攻城破敌血战而得，即以战死被赉。昨岁克皮岛，满洲官兵争效命，汉官兵坐视不救。此行所得之人，苟无故夺之，彼死战之劳，捐躯之义，何忍弃也？若别以人相易，易者无罪，强令为奴，独非人乎？尔等但爱汉人，不知惜满洲有功将士及见易而为奴者也。”可法、存仁引罪谢。既，复论户部承政韩大勋盗帑，大勋坐夺职。四月，疏请敕户部立四柱年册，再疏请诛大勋，又劾吏部、刑部复用赃吏违旨坏法，皆与可法合疏上，上皆嘉纳之。七月，更定官制，可法、存仁皆改都察院右参政。汉军旗制定，隶镶蓝旗。
大寿既降，复入锦州为明守，攻数年不克。五年正月，存仁疏请屯兵广宁，扼宁远、锦州门户。四月，又疏言：“臣睹今日情势，锦州所必争。但略地得利易，围城见功难。原上振军心，与之坚持。截彼诇察，禁我逃亡。远不过一岁，近不过一月，当有机可乘。兵法全城为上，盖贵得人得地，不贵得空城也。我师压境，彼必弃锦州，保宁远；再急，彼必弃宁远，保山海关。大寿跋扈畏罪，岂肯轻去其窟？事缓则计持久，事急则虑身家。大寿背恩失信，人皆以为无颜再降。臣深知其心无定，惟便是图，急则悉置不顾。况彼所恃者蒙古耳，今蒙古多慕化而来，彼必疑而防之。防之严则思离，离则思变。伏原以屯耕为本务，率精锐薄城，显檄蒙古，纵俘宣谕，未有不相率出降者。此攻心之策，得人得地之术也。”十二月，复言：“兵事有时、有形、有势，三者变化无定，而用之在人。松山、杏山、塔山三城，乃锦州之羽翼，宁远之咽喉。塔山城倚西山之麓，自其巅发炮俯击，城易破也。既得此城，羽翼折，咽喉塞矣。兵法困坚城者，必留其隙。锦州虽不甚坚，当留山海关以为之隙。锦州辽兵少，西兵多，一人负箭入，群惊而思遁。能善用巧，山海关可下。”疏末并言乌真超哈每遇番上，辄令奴仆代，上为申禁。