江南大营之退驻丹阳也，秀成踞句容，屡出窥伺。正月，国樑独率精卒间道抵城下，毁其外垒，毙寇千数百名，寇不敢复出。二月，金陵、安庆寇侦溧水势蹙，纠众至邬山，筑垒为援。和春乘寇营未定，邀而败之。寇渡河复结四垒，江南军三路败其众，合兵攻溧水城，前后平寇垒二十六座，歼三千，毙伪靠天侯以下十馀名。移营已及一年，战功此为最烈。四月，瓜洲以我军围攻久，势频危，乃出背城计，水陆并扑，战土桥西里铺，不胜；复以战舰分两路进：一沿港助势，一渡江他扰，均为我水师所歼。寇之聚溧水者，屡招援党攻大营，死万馀，复於邬山筑垒数十以抗我军。五月，总兵傅振邦破其外垒，继以火攻城。副将虎坤元乘内乱，斩守城悍酋而入，遂复其城。溧水既克，和春进规句容，与溧水相犄角。寇结外援，声势尚壮。国樑会军围攻，而自帅亲兵冲入，刺黄衣悍目数名，寇奔溃。和春进冲内壕，国樑首先登城，寇尸山积。闰五月二十五日，收复县城。九月，镇江寇出城至甘露寺，迳扑大营，和春迎剿败之。寇欲西窜接应金陵，国樑密於高资增营扼塞，寇亦筑垒，运粮河北。国樑遣参将余兆青等毁其炮台，而自率亲兵渡河，会水陆诸军鏖战六昼夜，沉巨船十馀艘，削壁垒二，生擒魏长仁等六名，斩俘无数。
寇之踞瓜洲者，遥联金陵，近接镇江，阻官军进剿之路，历五年矣。適南岸寇援创於和春，德兴阿乘其隙，檄大军逾城而入，遂下瓜洲。十二月，国樑大捷於瓜洲南岸，阵斩伪王，夺垒十七，遂围镇江。秀全四遣众援，均为虎坤元所破。国樑督军攻四门坏垣，夺复其城，逸出者沿江搜杀近万人。惟吴如孝溃围遁入金陵，复窜聚安庆。而潜山太湖之寇又陷霍山，旋退出，欲从罗田、麻城上窜，踞独山、西河口为营。官文调马步军兼程驰防豫、皖交界之处，以固楚疆。八月，皖寇纠豫捻谋援金陵，犯商、固，扰光州、六安，窥伺随、枣一路。而太湖、渡石牌等处寇党连营三十里，众六七万，乘我军度岁，窜近蕲州，寻又窜荆桥、好汉坡诸处。多隆阿迎剿，败之仙田铺、风火山，追抵太湖，连营宿、太以扼寇冲。而秦日纲遣其党北趋，避实击虚，谋犯蕲州。蕲水、六安之寇亦并力上窜，陷英山县，分七路窜罗田。罗田知县崔兰馨连日鏖战，收复英山。守备梁洪胜等督楚军擒伪丞相韦朝纲。寇出黄花岭，窜楚境枫树坳等处。都兴阿遣将往南阳河迎击。寇筑垒北岸，我军潜伏北岸山谷中，而列阵南岸。寇渡河而南，我军邀击之，乘胜北渡。寇阵山腰，溃寇踵至，伏兵起，毙寇无数。楚军势大振，宿、太诸营始纾后顾忧。
时秀全大会诸党，饬陈玉成为前军主将，以潜、太、黄、宿为根据，敌我上游楚师；杨辅清为中军主将，以殷家汇、东流为根据，敌我中路曾军；李侍贤为左军主将；李秀成为五军主将。二月，和春攻破秣陵关，关为金陵南面外蔽，寇所严守者也。三月，和春率张国樑等围攻金陵。会秀全张筵饮群党酒，流丸坠秀全膝下，群骇愕。秀全曰：“予已受天命，纵敌兵百万，弹丸雨下，又将如予何！况和春非吾敌也，诸将弄彼如小儿，特供一时笑乐耳，奚恐为？”初，寇屡伺我军懈，悉锐出犯，冀解其围，而雨花台争之尤力。和春严为防儆，寇果由雨花台攻大营，大败之。和春、张国樑作长围困寇，度地势险夷，沟而垣之，凿山越水，周城百馀里。诸营大小相维，绝寇应援，秀全大惧，诫各门严备。潜结垒於寿德州，屡突长围，不克，死者枕藉。当是时，石达开在蜀，杨辅清窜闽，林绍璋败於湘，林启荣围於九江，黄文玉坐困於湖口，张朝爵、陈得才孤守皖省，陈玉成坐守小孤山、华阳镇一带，秣陵又陷，金陵老巢声援殆绝。而粮食尚充足，上游诸州县皆为寇据，呼吸可通，故寇虽危蹙而未遽颠覆。
我军屡围金陵，玉成多方抗拒，而秀成出陷杭州，以掣围师之肘，我军不动。玉成乃自潜山、太湖下江浦，伺官军之虚，悉众攻大营，以冀解围。苏、常相继而陷。四月，李续宾、杨载福会攻九江，九江为金陵犄角，南岸肃清，专力攻九江。城寇被围久，以数千人撄城，植蔬种麦供军食，其守愈暇，频伤攻城军士。嗣地道成，城破而复完。杨载福督水陆十六营攻四门，地雷再发，城崩百馀丈，诸军跃登，毙寇万六七千。出城者水师扼之，俘斩无遗。林启荣、李兴隆均败死，磔其尸。九江既克，寇党无固志。楚南军先后收复新淦、崇仁，下抚州，克安乐、宜黄、安丰、新城诸县，收复建昌。国荃攻吉安，旁克吉水、万安二县。於是江西陷城收复八九矣。寇党畏慑，金陵寇亦穷蹙。