秀全力图外扰，乃命寇将窜皖南北及闽、浙诸省，冀大军分援，以牵我师。玉成勾结捻首张洛行、龚瞎子。众号十万人，踞麻城，四门筑五十八垒，沟堑重叠，据险自固。而安庆暨英、霍诸寇又陷黄安，冀窥汉阳、德安，取道北窜。官文檄续宾上援，以纾麻城之患。先是秀全命赖汉英掠江西，皖寇入福建，陷政和县、邵武府，遂陷浦城，分扰建宁。五月，我军克复黄安、麻城，斩伪丞相指挥数十人；追至商城，并进剿太湖、潜山、英山、霍山诸寇。其党窜踞东安者，图为江南北声势。和春督军立复县城，金陵寇愈形危蹙，急思溃窜。和春派水师分剿繁昌，毁其坚垒土桥，进破峨桥、鲁港等处。城寇愤恚，出太平、神策门分犯大营，张玉良、冯子材等陷阵败之，寇退。遂攻金川门，悉毁东北城外垒栅。
石达开乃自广丰陷江山县，金华、衢州、处州三府属邑焚掠殆遍。浙军败之寿昌七里亭。六月，寇窜全椒，踞滁州、九洑洲等处，浙军大败之，进克武义、永康、常山、江山、开化、缙云、宣平，衢围亦解。寇悉窜处州，陷之，周天受督军克复。会闽寇蜿蜒猖獗，所复各城旋失，又陷松溪、崇安、建阳等县，建宁府亦被围。浙江巡抚晏端书檄将驰援闽省，又出师江山界，剿浦城寇巢。
是时，上以浙、闽寇并起，乃起曾国藩率江西湘军援浙，旋命改援闽。国藩自铅山进军，寇大惧，图牵制之计，分万馀人犯江西，围广丰、玉山，入踞安仁。闽军遂克光泽，收建阳，解顺昌围，连复松溪、政和、宁化、崇安，破浦城老巢。复邵武府，闽省肃清。国藩移军弋阳，亲督水陆各军克复安仁县城。八月，克吉安，擒伪先锋李雅凤、伪丞相翟明海，正法。江西列城皆复。进攻太湖，前月寇陷庐州，巡抚翁同书告急於续宾，官文以太湖方血战有功，疏留之。时寇於东岸及枫香铺、小池驿、东山头各筑营垒，续宾等分段攻城，焚其火药库，寇众骇散，遂克太湖，乘胜抵潜山。潜山石牌为南北要冲，寇屡集党与援应，抗我东征之师。都兴阿等营北门彰法山，马步并进，寇败溃，毙七八千，遂复县城。我军分二路平上下石牌老巢。
九月，玉成自潜、太会九洑洲群寇下江浦，伺官军之虚，疾攻浦口，以冀解金陵之围。我军进退争一桥，遂大挫。和春派兵来援，寇分军缀之，仍力扑浦口。江北大营遂失陷。迭陷江浦、天长、仪徵。并分攻六合，德兴阿遁。扬州贼破南门入，扬州陷。进犯邵伯县，国樑率军渡江。会北军克复府城，移攻仪徵，亦克之。亟引兵救六合，阻於寇，不得骤进。寇穿地道陷城，补用道温绍原赴水死。寇渡江陷溧水，筑垒江蓝埠诸处，为扼要持久计。十月，和春遣总兵张玉良攻复溧水。寇夹攻高古山大营，国樑怒马陷阵，毙寇五六千。合兵追抵江宁镇，燬卡壁数十座。小丹阳以至采石矶老巢悉平。
初，胜保率皖军攻天长，捻首李昭寿以部众二千降，胜保奏请赏给花翎三品衔，赐名世忠，使为内应，遂克县城。大军之入皖也，克复桐城、舒城二县，寇悉遁三河。都兴阿会水师尽扫安庆城外寇垒。续宾追至三河，玉成、秀成、侍贤连江浦、六合、庐江众，又乞援捻匪，招颍、寿、光州群盗，合十馀万，围官军三重，众寡不能敌，续宾死之。溃军至桐城，前留防四城军溃，不旬日，桐、舒、潜、太复陷。都兴阿收溃卒，由石牌驻军宿松，进剿黄泥营寇众，败之；复督鲍超、多隆阿大战荆桥、陈家大屋，平三十馀垒，军势复振。玉成退还太湖，以为舒、桐已得而宿松不破，则安庆之守不固，与秀成谋再举。秀成知不可敌，不欲从，而玉成屡言有妙策，始与分道来犯，卒受大创而退。玉成留军太湖，而自还安庆。秀成率党还巢县、黄山。
是时江西寇复阑入闽界，蹂将乐县，并陷浦城、永吉、建阳、顺昌、宁化、长汀等城。国藩入闽，军建昌。诸陷城以次复。寇复窜回江西，惟连城尚聚万馀，复陷景德、东流，谋窜湖口、九江等处。国藩檄调道员张运兰倍道驰赴景德镇，屡战皆捷。初，寇踞景德镇，势焰薰炽，江右要冲之区，恣行无阻。国藩添派其弟国荃率湘军五千八百赴镇，助运兰攻剿。寇夜袭艇师刘于淳，燃火弹抛烧簰卡无数。寇弃镇窜浮梁，国荃等水陆进攻，复浮梁。寇走建德北去，江西稍定。
十一月，江南大营援军直隶通永镇总兵戴文英战死宁国湾沚。次日，帮办皖南军务浙江提督邓绍良，大营陷，死之。宁郡设防三百馀里，皆邻寇巢，近则芜湖、青阳、繁昌、铜陵，远则无为、和州、滁州，渡江即至。而禄口、秣陵、溧水败寇，勾合太平金柱关、东西梁山党众，潜山、太湖、舒、桐及枞阳土桥败党，皆以宁国为通薮；防军仅七千有奇，又多调援他处，寇众兵单，故及於败。国藩疏陈目前缓急，宜先攻景德镇，保全湖口，上是其议。胡林翼先以丁母忧回籍，会三河变起，朝旨迫起督师，十二月，渡江驻黄州。时寇之踞南安者有五支：一为伪翼府宰制陈亨容、傅忠信、何名标，一为伪渠帅萧寿璜、蔡次贤，一为伪尚书周竹坡，一为伪军略赖裕发，一为伪承宣刘逸才、张遂谋，众七八万，将由南康犯赣州，筑伪城於新墟，设卡垒，踞村庄，绵亘二十馀里。